代表配列 代表配列(Sequence representative)は、 Structure Navigator において 全ての構造組み合わせについてあらかじめ計算した BLAST スコアから作られたものです。 あるしきい値よりも大きい組み合わせ (配列類似度 Sequence identity が 30% より大きく、かつE値が 0.1 より大きい組み合わせ) については関連づけ(リンク)が設定されます。 その関連づけられた組み合わせはまず、 単一結合クラスタリングを使ってグループ化します。 次に、その集まりを以 ... |
NER NERはアミノ酸残基の一致数(Number of Equivalent Residues)のことを示し、 タンパク質構造の類似度を評価する指標の1つとして使われています。 NER構造類似度はNERスコアを最大にする回転と変換に相当します。 NERは1から残基数までの範囲の値をとります。 |
RMSD RMSDは平均二乗偏差(Root Mean Square Deviation)のことで、タンパク質構造の非類似性や誤りの指標としてよく使われています。 RMSDは対応する2点の距離それぞれを二乗し、その相加平均の平方根として定義されます(標準偏差(SD)は各値と 平均との差 の二乗を相加平均し平方根をとったもの)。 RMSD = √{(Σ x^2)/n} SD = √[{Σ(x - xm)^2}/n] x:各値 n:値の数 xm:相加平均 |
アライメント バイオインフォマティクスにおいて、アライメントは2つの分子の構成要素がどれだけ似ているかの度合いをさします。タンパク質ではアミノ酸、DNAまたはRNAでは核酸がその構成要素にあたります。 タンパク質のアライメントでは、2種類の基本的なアライメントがよく使われます。 1つは配列アライメントで、アミノ酸配列だけを比較するものです。 もう1つは構造アライメントで、立体構造を比較するものです。 両者を組み合わせた方法や、二次構造、溶媒などの他の情報と組み合わせた方法もあります。 |
構造の重ね合わせ 構造の重ね合わせ(structural superposition)とは、他の構造との類似度合いをみるために、分子を回転したり移動したりすることを指します。 元々の定義は構造の類似度合いを指標化したもので、 最適な重ね合わせとはこの類似度合いの尺度を最大化するものです。 構造の重ね合わせの代わりに、二乗平均偏差( RMSD )のような別の尺度で重ね合わせを定義することもできます。 この場合、最適な重ね合わせはRMSDを最小化したものになります。 ASH プログラムは、 NER スコアによる前者の方針を使った ... |
PDB ID PDB IDは重複しない4文字のコードで、タンパク質データバンクの各エントリーに割り振られます。最初の文字は必ず1から9までの数字で、残りの3文字はアルファベットまたは数字が使われます。 |
BLAST BLASTは基本的な類似配列検索ツール(Basic Alignment Search Tool)で、 速度と信頼性の高さから類似配列検索に非常に広く用いられているプログラムです。 BLASTの類似配列検索の精度は期待値またはE値で評価されます。 スコアを用いた配列検索のE値は「スコアが、偶然データベースから見つかると期待できるS値以上となる配列の件数」として定義されます。 出展: NCBIのBLAST用語辞典 |
MAFFTash MAFFTash URL: http://pdbj.org/mafftash/ ※この文書は、MAFFTashに関する文書 1, 2 に基づいて作成しました。 - 概要 - 使い方 - 使っている手法 - 立体構造比較 配列比較 - 立体構造比較 - 配列比較 - Prep-MAFFTash - MAFFTash の出力結果 - 参照文献 [概要] MAFFTash は配列と構造を組み合わせて複合配列比較(multiple sequence alignment)の計算を行うサービスを提供します ... |
SeSAW Tutorial ※旧版ヘルプページはこちら このチュートリアルではPDBjのサービスの1つとして提供されている SeSAW について解説しています。 用いている手法など基本的なことについては SeSAWに関する文書 をご覧下さい。 - PDB IDによる構造指定 - ファイル送信による構造指定 - 実験的に決定された構造の場合 構造モデルの場合 - 実験的に決定された構造の場合 - 構造モデルの場合 - 実験的に決定された構造の例 - 2czl 1wjk 1wj5 - 2czl - 1wjk - 1wj5 ... |
構造ドメイン 構造ドメイン は、分子の2次構造と3次構造の間に位置する構造階層を指しますが、 1つのドメインで構成されている分子では、構造ドメインは3次構造に等しいものと考えられます。 構造ドメインを考える上で、その順序と構造は中心的な要素となりますが、 残念ながら1つに定まった構造ドメインの定説はなく、 実際はいくつかある構造ドメインの定義に頼らざるをえません。 PDBj Mine では、 SCOP と CATH 両方のデータベースへのリンクを提供しています。この2つのデータベースは比較的広く受け入れられている方法 ... |
事例紹介(1uan) [機能注釈] 1uan PDBエントリー1uan(好熱性細菌 Thermus thermophilus の HB8株から得られた TT1542 )は、日本のタンパク3000プロジェクトの一環として構造が解明された、 構造ゲノミクス (SG)対象の1つです[1]。 構造が解明された当初は、PDBエントリーの中に似た配列を持つものはありませんでしたが、分子表面に位置するアミノ酸残基の保存性と対称性から、 N末端付近にある「HPDDGE」ループ周辺が活性部位ではないかと推測されました。 そこで著者たちは、 ... |
PDBj Mine:XPath XPath は X ML Path Languageの略で、XML文書の一部を指定するための共通文法を取り決めたものです。内容はW3Cコンソーシアムで勧告されています→ こちら (英語)。 このXPathの表記法を用いて、指定したエントリー(PDB ID)対して、目的の情報をPDBMLのデータ集合から抽出するツールが、Mineで提供している「Entry-wise XPath」検索ツールです。 http://pdbj.org/mine このツールによる検索で返る結果は1種類だけです。複数の要素を検 ... |
eProtS 日本語版: http://eprots.pdbj.org/eprots/index_ja.cgi 英語版: http://eprots.pdbj.org/eprots/index_en.cgi eProtS(タンパク質構造百科事典)とは、生物学的に重要なタンパク質を選び、その立体構造を表示するとともに、タンパク質の構造と機能についてわかりやすく解説したものです。タンパク質構造の専門家でない方にも利用しやすいように、日本語版と英語版を用意しています。 jV という表示ソフトを使えるシステムでは、マウス ... |
Sequence Navigator URL: https://pdbj.org/seqNavi [概要] Sequence Navigator はPDBjエントリに対する BLAST 検索を行うサイトです。 PDB ID やアミノ酸配列を入力して検索することができます。結果を類似性の度合いによってクラスタリングする機能もあります。また PDB ID を入力した時は、各配列( アライメント )に対して 構造の重ね合わせ を実行できます。 [例] ここでは「ウシ膵臓トリプシン阻害剤」を例に、類似配列検索の方法を説明します。 基本的な使い方 ... |
jV Web ページ : http://pdbj.org/jv/index_j.html オリジナルマニュアル(英語) : http://ef-site.hgc.jp/eF-site/jV/jV_manual.html 日本語翻訳+事例等追加版 : http://pdbj.org/jv/manual/index_ja.html 英語版ヘルプページ: http://ef-site.hgc.jp/wiki/jV/index.php 詳しくは上記リンク先のマニュアル等をご覧下さい。 |
ニュース (2012年06月26日) 2012年6月20日に行われました第12回蛋白質科学会年会におけるランチョンセミナーの 発表内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧ください。 |
ニュース (2012年06月05日) 今月の分子 の記事数が150件に達しました。 David S. Goodsell博士(スクリプス研究所)によって執筆されている今月の分子(Molecule of the Month)は2000年1月に掲載が始まり、今月の記事「 スライディングクランプ 」(Sliding Clamp)で150件目の記事となりました。現在PDBjでは全ての記事について日本語訳を提供しています。 RCSB PDB の News もご覧下さい。 050:解糖系酵素 001:ミオグロビン 025: ... |
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