[wwPDB] PDB登録への5つのステップ 構造をPDBへ登録する準備ができていますか? OneDepシステムを使った登録には、新しいガイドが役に立ちます。 OneDepによるPDB登録への5つのシンプルなステップをまとめたパンフレットを、 wwPDBサイトからダウンロード頂けます。 [ wwPDB ニュース ] |
[wwPDB] OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。 PDBアーカイブ中のモデル構造ファイルが V5.0の PDBx/mmCIFディクショナリに従うよう更新されました。 PDBx/mmCIFフォーマットとXMLフォーマットの両方が更新されています。 これらのファイルは、利用者が確認及びテストが行えるように、 すでにテストサイトから公開されてきました。 旧フォーマットである PDBフォーマットのファイルは、変更されません。 従って、PDBフォーマットのファイルには、修正情報が含まれない場合があります。 V5.0には、以下のような変更点があります: - ... |
PDBjサービスへのPDBx/mmCIF辞書更新による影響について 2017年7月12日に、FTPのPDBエントリーは全て、PDBx/mmCIF辞書の新しいバージョン V5 (http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/)に準拠したファイルへと更新されます (PDBj ニュース)。 この更新によって、以下のPDBj サービスに影響があります。 Mine 2 RDB 全てのエントリーが更新されるため、毎週の差分(デルタファイル)は膨大な量になります。そのため、7月12日には、差分ファイルは提供 ... |
ニュース (2017年5月8日) 三島市民文化会館(ゆうゆうホール)にて、All-in-one 合同講習会 2017 ~生命科学の最先端に触れてみよう~が開催されます。" /> 5月27日(土)、三島市民文化会館(ゆうゆうホール)にて一般向けのデータベース講習会を開催します。 日時: 2017年5月27日(土)13:00~16:30 (受付は 12:30 〜 ) 会場: 三島市民文化会館(ゆうゆうホール)小ホール(静岡県三島市) 参加データベース: - バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) - ライ ... |
二次データベース eF-site eF-site (エフサイト)は蛋白質の機能部位に関する電子表面形状を見るためのデータベースです。活性部位のコノリー表面(Connolly surface)上に静電ポテンシャルと疎水性を表示します。分子認識機構の解析に用いることができます。 URL: https://pdbj.org/eF-site/ eF-seek eF-seek (エフシーク)は似たリガンド結合部位を検索するウェブサービスです。eF-siteデータベースの代表結合部位を、クリーク検索 ... |
6月22日(木)、 第17回日本蛋白質科学会年会 にて、ランチョンセミナーを開催します。 <PDBj ランチョンセミナー> 第17回日本蛋白質科学会年会にて、 PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 平成29年6月22日(木)11:15-12:05 会場(部屋名) 仙台国際センター E会場(展示棟 会議室4) 席数 100席 <演者・演題> - 栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所) "Recent activities of PDBj and wwPDB" (PDBjとwwPDBの最近の活動について) - Gert-Jan Bekker(大阪大学蛋白質研 ... |
ニュース (2017年4月20日) 『大阪大学いちょう祭』で生体分子をより知っていただくための展示などを行います。" /> 大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント ※このイベントは終了しました。 |
Firefoxブラウザでの表示に問題があります。 -FAQ Firefox 52.0.xをご利用の場合、ウェブページ内のプルダウンメニューが正常に動作しない場合があります。 Firefox 53ではこの問題は修正されていますので、最新版のFirefoxブラウザをご利用ください。 対応ブラウザについては、こちらのページもご覧ください。 [FAQページ] に戻る |
PDBjのウェブインターフェースについて 新PDBjウェブサイトでは、最先端の機能を実装しています。 高度な機能の使用やパフォーマンスの改善、セキュリティの向上など、機能を最大限にご利用頂くために、 下記いずれかの対応をご検討下さい。 1. ご利用のウェブブラウザのバージョンアップ 2. 他のウェブブラウザのインストール (下記の"推奨ウェブブラウザ"を参考にしてください) *上記いずれの対応もできない場合は、従来のPDBjウェブサイトをご利用下さい。 推奨ウェブブラウザ 完全な動作を保証するために、以下のウェブブラウザの最新版でのご利 ... |
PDBアーカイブファイルのPDBx/mmCIF辞書のバージョンが、V4からV5へ更新されます。 PDBアーカイブファイルのPDBx/mmCIF辞書のバージョンが、V4からV5へ更新されます。 wwPDBは、PDBアーカイブの全てのエントリーのPDBx/mmCIF構造データを、PDBx/mmCIF辞書のV5バージョンに従ったもの へ更新する準備を進めています。 更新が完了すると、全てのエントリーは、より整理された内容になり、wwPDBのOneDepシステムで使用されている改定データモデルに従うようになります。 変更点の一覧は、wwPDBウェブサイトからご覧頂けます (https://www. ... |
ニュース (2017年3月16日) PDBアーカイブで公開している検証レポートを更新しました。 wwPDBパートナーは、 2017年3月15日に、X線、NMR、電子顕微鏡法によって解析された全ての構造に対する検証レポートが更新されたことを報告します。 新しい統計グラフに、2016年12月31日時点での、PDBアーカイブの構造情報が反映されていることや、 更新版のMogulソフトウェア(2017)やCSDアーカイブ (as538be)が使用されたことが、検証レポートの主な更新点となります。 更新されたレポートは、以下の ... |
データ管理:中核データを維持するための国際的な連携 データ管理:中核データを維持するための国際的な連携 2016年11月18-19日に、ヒューマン・フロンティア・サイエンス・プログラム組織 (Human Frontier Science Program Organization, HFSPO)は、 重要なデータリソースのシニアマネージャー(wwPDBのメンバーを含む)や 複数の主要な資金援助組織のリーダーとともに会議を開催し、 生物学的、生物医学的な(すなわち、生命科学の)データリソースと、関連したインフラ基盤を持続させるための課題を議論しました。 ... |
ペーパーモデル PDBに登録されている分子の構造データから作ったペーパーモデルです。 生き物の設計図・DNA ウシなどに病気を起こす・口蹄疫ウイルス 蚊が媒介するウイルスの一つ・ジカウイルス HIVゲノムの収納箱・HIVカプシド 光るタンパク質・緑色蛍光タンパク質(GFP) |
緑色蛍光タンパク質(GFP) - ペーパーモデル ペーパーモデル緑色蛍光タンパク質(GFP) 光るタンパク質・緑色蛍光タンパク質(GFP) ここでは緑色蛍光タンパク質(GFP)のペーパーモデルを作って、GFPの構造と機能について学びます。 1. GFPって何? - 分子の紹介 2. GFPのペーパーモデルを作る - ペーパーモデルの型紙とその作り方 1. GFPって何? 緑色蛍光タンパク質(Green Fluorescent Protein、GFP)は1980年代の初め、オワンクラゲ(Aequorea victoria)から初めて単離 ... |
HIVカプシド − ペーパーモデル ペーパーモデルHIVカプシド HIVゲノムの収納箱・HIVカプシド ウイルスには様々な形や大きさのものがあります。RNAかDNAが入ったタンパク質の殻だけでできた単純なウイルスもあれば、膜に包まれた区画を持った細胞に匹敵するような複雑さを持つウイルスもあります。HIV(ヒト免疫不全ウイルス、エイズウイルス)は複雑な方に分類されるウイルスの一種で、膜に囲まれた区画の中にはウイルス由来の分子と宿主細胞由来の分子がいろいろ入っています。 上図をクリックすると、HIVカプシドのペーパーモデルのPDFデータ ... |
ジカウイルス - ペーパーモデル ペーパーモデルジカウイルス 蚊が運ぶ・ジカウイルス 2015年、ジカウイルスによって引き起こされるジカ熱がアメリカ大陸で流行し、世界に広まりつつあります。 重い症状になることはあまりありませんが、妊娠中の方が感染すると胎児に先天性疾患を引き起こす恐れがあると言われています。 このジカウイルスの分子構造が電子顕微鏡を使って解かれました。この情報を使ってジカウイルスワクチンの開発が期待されています。 上図をクリックすると、ジカウイルスのペーパーモデルのPDFデータをダウンロードできます。 関連情報 ... |
口蹄疫ウイルス - ペーパーモデル ペーパーモデル口蹄疫ウイルス ウシなどに病気を起こす・口蹄疫ウイルス 2010年、牛などの動物がかかるおそろしい病気が宮崎県南部を中心に流行し、たくさんの牛が死んでしまいました。その病気をひきおこす病原体が口蹄疫ウイルス(FMDV)です。 口蹄疫ウイルスはウイルスの設計図であるRNAと、そのRNAを包みこむこの丸い殻とでできています。 上図をクリックすると、口蹄疫ウイルスのペーパーモデルのPDFデータをダウンロードできます。 関連情報 - Dengue virus - PDB-101 ... |
DNA - ペーパーモデル ペーパーモデルDNA 生き物の設計図・DNA 親と子が似ていること、けがをしても同じような細胞が増えてきずをふさいでくれること、このような現象は生き物の設計図である遺伝情報が受け継がれていることに基づいています。それぞれの細胞は、DNA(デオキシリボ核酸)という分子のかたちで遺伝情報をもっています。DNAは2本のくさりが互いに巻き付き合ったかたちをしています。 これは1周分のDNA二重らせんのペーパーモデルです。10塩基で1周すること、二重らせんの溝には大きな溝と小さな溝があることを確認しまし ... |
wwPDBのOneDepシステムに関する論文が公開されました。 wwPDBのOneDepシステムに関する論文が公開されました。 OneDepシステムについて紹介した 論文がオンラインで公開されました。 wwPDBは、今後数十年間にわたって増え続ける研究者の要望に対応するため、生体高分子構造の登録・アノテーション・検証について、 wwPDB、EMDB及びBMRBの登録サイトにまたがる、統合化されたシステムを開発し、公開しました。 OneDepシステムは、使いやすい登録インターフェースと、改善された検証機能を提供します。 構造の検証は、各実験手法の研究者を代表 ... |
PDBアーカイブの2017年1月1日付けのスナップショットを公開しました。 PDBアーカイブの2017年1月1日付けのスナップショットを公開しました。 2017年1月1日現在の、PDBアーカイブ (ftp://ftp.pdbj.org) のスナップショットを、 ftp://snapshots.pdbj.org/に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。 「20170101」という名前のディレクトリは、125,463件の実験的に決定された座標ファイルと、関連する実験デ ... |
7-2) 精密化した電子密度マップの調査では、残基が電子密度によく一致しているのに、 検証レポートではなぜ、RSRZ外れ値が指摘されるのでしょうか? - validation FAQ - 現在、検証レポートでは、EDS手続きの中で、REFMACプログラムを使って計算したマップを使って、電子密度への一致度を評価しています (一つ前のFAQをご覧ください)。 もし、あなたの電子密度マップの調査ではよく一致しているのに、検証レポートではRSRZ外れ値が指摘される場合、 たいていの原因は、REFMACがマップを正しく計算しなかったということにあります。 大変申し訳ありませんが、こういった事態はしばしば起こります。 現在、以下の構造の場合に、問題が起こることがわかっています。 - 水素原子を含 ... |
7-1) PDBでは、RSRZをどのように計算していますか? - validation FAQ - RSRZは、 Uppsala EDSサーバ*1)によって使用されるソフトウェアの再実装である、 検証パイプライン中のEDS (電子密度サーバ、Electron-Density Server)コンポーネントによって計算されます (Kleywegt et al., 2004)。 計算は、以下の一連の過程に従います。 - REFMACプログラムを使用して、アップロードされたモデル座標と構造因子に基づいた電子密度マップを計算します。 - モデルと2Fo-Fc電子密度マップの重なりは、実空間のR因子 (RSR ... |
6-5) なぜ、Mogulの統計は解析に利用できないのでしょうか? - validation FAQ - 検証レポートと一緒に生成されたXMLファイルは、結合長と角度の外れ値に関しての、Mogulの追加情報を含んでいます。 あるリガンドに関するMogulの全出力情報の公開については、CCDCの許可が必要になるでしょう。 (データマイニング問題のため) 最新情報は、wwPDBサイト原文 (英語)もご覧ください。 [質問一覧に戻る] |
6-4) リガンドの検証において、登録・検証サーバの初期のレポートと、 アノテーション後にスタッフから送付される最終版のレポートで、結果に多くの矛盾があるのはなぜですか? - validation FAQ - 例えば、リガンドの外れ値は、一般向けの検証サーバや、登録サーバでは、指摘されませんが、PDBのアノテーション処理の中で、指摘されました。 Mogulが妥当な結果を出すためには、リガンドの正しい結合配置をプログラムに提供することが必要です。 最終的なレポートに対しては、結合次数が定義された、PDBの化合物辞書が使用されます。 現在は、初期の検証レポートでは、CCDCのプログラムGold_utilsを使用して、結合性を見つけ、ユーザが提供した座標のみから、結合性と結合次数を割り当てています。 こ ... |
6-3) PDBが使用している、リガンド分子の幾何構造の基準を教えてください。また、REFMAC/PHENIX/BUSTERなどと異なるのはなぜですか? - validation FAQ - wwPDBの検証レポートは、Mogulを使用して、 リガンド幾何学のレポートを作成しています。 低分子構造からの情報を含むリガンドの制限情報を引き出すためには、以下のような良い方法があります。 - CCP4のACEDRGプログラム (別の低分子構造のオープンデータベースCODを使う) - Phenix Elbow (ライセンスを持つMogulプログラムをインストール済の場合は特に) - Global Phasing Gradeプログラム (ライセンスを持つMogulプログラムがインストール済みであ ... |