構造因子ファイルの修正、公開計画について wwPDBは、アーカイブにある構造因子ファイルを、フォーマットの整合性と座標データとの対応に関して見直しました。 その結果、フォーマットの標準化とデータの修正を反映させるため、約43,800個の構造因子ファイルが更新されました。 変更点は、構造因子ファイルのaudit.detailsレコードに記載されています。 2013年1月16日より、修正済みの構造因子ファイルを週1000個の単位で公開し始める予定です。 構造因子ファイルは以下のFTPサイトからご利用頂け ...

EMDBヘッダファイルのフォーマットがバージョン1.9.0に更新されます 2013年1月16日に、EMDBアーカイブは、ヘッダファイル（各マップに付随するXMLファイル）のフォーマットをバージョン1.9.0に更新する予定です。 wwPDBパートナーサイトから配布されるEMDBヘッダファイルはバージョン1.9.0になり、 EMDataBankの登録・編集・検索サービスでも新しいバージョンが使用されます。 EMDBのヘッダファイルを利用するソフトウェアやサービスの開発者が必要な変更を行えるよう、事前にフ ...

新しい辞書 （BIRD ：Biologically Interesting molecule Reference Dictionary ） がFTPサイトから公開されました。 以前に予告していました、新しい辞書 BIRD が、下記のFTPサイトからご利用頂けるようになりました。 BIRD辞書についての詳細は、 10月19日のニュース をご覧ください。 ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/bird/prd/ （PDBj FTPサイト） ftp://ftp. ...

実験データの公開方針が明確になります 2013年2月6日以降にPDBに登録される座標と実験データは、同じ公開条件（ステータス）に従います。 ご不明な点は info@wwpdb.org までお問い合わせください。

wwPDB Outreach講演会（10月13日 開催）の動画（抜粋）をYouTubeで公開しました。（ 詳細... ）

サイエンスアゴラ2012 （11月10日、11日開催）における PDBj の出展内容 を掲載しました。

2012年11月2日（金）に行われました、CCP4講習会における 発表内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧下さい。

2012年10月26日（金）に行われました 平成24年度日本結晶学会年会 におけるランチョンセミナーの 発表内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧下さい。

PDBの新しい辞書（BIRD）が、2012年12月にFTPサイトで公開されます。 wwPDBは、PDBアーカイブ中の、ペプチド様の抗生物質や阻害剤分子の表現について再検討し、こういった生物学的に興味ある分子(biologically interesting molecules)の定義に役立つ、新しい辞書(BIRD)を構築しました。 BIRD ( B iologically I nteresting molecule R eference D ictionary)には、化学的な説明や配列及び結合情報 ...

2012年10月13日（土）に行われました wwPDB Outreach講演会の 講演内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧ください。

wwPDB/RDF公開のお知らせ これまでPDBj のサービスとして提供して来たRDF（Resource Description Framework）形式のデータをwwPDB のサービスとして提供します。これに伴い、RDFデータ内でこれまで pdbj.org ドメインであったURL が rdf.wwpdb.org ドメインに代わります。 例： - http://pdbj.org/rdf/1GOF → http://rdf.wwpdb.org/pdb/1GOF - http://pdbj.org/ ...

2012年9月23日（日）に行われました第50回日本生物物理学会年会におけるランチョンセミナーの 発表内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧ください。

ftp / rsyncの URL を以下の通り変更しました。但し従来のURLも当面はご利用になれます。 - pdb.protein.osaka-u.ac.jp → ftp.pdbj.org - snapshots.pdbj.org → snapshots.pdbj.org ftp コマンドにより、PDBjの匿名 FTP サーバへ接続できます。 ftp ftp.pdbj.org FTP を使用して、様々な PDB データ、又はEMDB データを取得するURLは下記の通りです。 PDBアーカ ...

[化学シフト] 2010年12月6日より、NMRによって解析された構造を登録する際には、化学シフトの登録が必須となっています。 登録時には、 NMR-STAR v3.1形式の化学シフトファイルと座標ファイル内の原子の命名法が矛盾していないかが検証されます。 登録前に化学シフトを事前チェックするためには、PDBj-BMRBの検証サービスをご利用頂けます。 http://bmrb.pdbj.org/validate/ 公開済みの化学シフトファイルは、PDB IDの中間の2文字でグループ分けされ、 ...

[NMR距離制限情報] 2008年2月1日より、NMRによって解析された構造を登録する際には、NMR制限情報の登録が必須となっています。 （バージョン１） データ形式に制限はなく、登録者が計算機で使用したそのままの形式で提供されています。 （Discover, Emboss, CYANA, X-PLORの出力フィル形式が推奨されています） 登録者のNMR距離制限情報の上部にPDBヘッダの一部、下部にPDBの水素原子座標を加えた形で公開されます。 （バージョン２） NMR-STAR 3.1のフ ...

[構造因子] mmCIFフォーマットで表現された構造因子データ 2008年2月1日より、Ｘ線結晶解析による構造を登録する際には、構造因子ファイルの登録が必須となっています。 各項目の説明と例は、RCSB PDBのmmCIFディクショナリを参照して下さい。 http://mmcif.pdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx.dic/Categories/refln.html (英語)

2012年8月9日（木）に行われましたバイオインフォマティクス講習会における 発表内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧ください。

ASHをご利用の皆さまへ、 2024年2月より、ゲノムインフォマティクス研究室（Daron Standley研究室）では当サービスの提供を停止しています。主な理由は、セキュリティとデータ更新の作業を行うIT技術者の不足です。ASHウェブサービスを提供できるITリソースがあり、その上でサービス提供することに関心をお持ちの方がいらっしゃいましたらDaron（standley@biken.osaka-u.ac.jp）までご連絡ください。話し合いを歓迎します。 以上、よろしくお願いいたします。 ...

Spannerをご利用の皆さまへ、 2024年2月より、ゲノムインフォマティクス研究室（Daron Standley研究室）では当サービスの提供を停止しています。主な理由は、セキュリティとデータ更新の作業を行うIT技術者の不足です。Spannerウェブサービスを提供できるITリソースがあり、その上でサービス提供することに関心をお持ちの方がいらっしゃいましたらDaron（standley@biken.osaka-u.ac.jp）までご連絡ください。話し合いを歓迎します。 以上、よろしくお願いい ...

MAFFTashをご利用の皆さまへ、 2024年2月より、ゲノムインフォマティクス研究室（Daron Standley研究室）では当サービスの提供を停止しています。主な理由は、セキュリティとデータ更新の作業を行うIT技術者の不足です。MAFFTashウェブサービスを提供できるITリソースがあり、その上でサービス提供することに関心をお持ちの方がいらっしゃいましたらDaron（standley@biken.osaka-u.ac.jp）までご連絡ください。話し合いを歓迎します。 以上、よろしくお願 ...

SFASをご利用の皆さまへ、 2024年2月より、ゲノムインフォマティクス研究室（Daron Standley研究室）では当サービスの提供を停止しています。主な理由は、セキュリティとデータ更新の作業を行うIT技術者の不足です。SFASウェブサービスを提供できるITリソースがあり、その上でサービス提供することに関心をお持ちの方がいらっしゃいましたらDaron（standley@biken.osaka-u.ac.jp）までご連絡ください。話し合いを歓迎します。 以上、よろしくお願いいたします。 ...

DASHをご利用の皆さまへ、 2024年2月より、ゲノムインフォマティクス研究室（Daron Standley研究室）では当サービスの提供を停止しています。主な理由は、セキュリティとデータ更新の作業を行うIT技術者の不足です。DASHウェブサービスを提供できるITリソースがあり、その上でサービス提供することに関心をお持ちの方がいらっしゃいましたらDaron（standley@biken.osaka-u.ac.jp）までご連絡ください。話し合いを歓迎します。 以上、よろしくお願いいたします。 ...

SeSAWをご利用の皆さまへ、 2024年2月より、ゲノムインフォマティクス研究室（Daron Standley研究室）では当サービスの提供を停止しています。主な理由は、セキュリティとデータ更新の作業を行うIT技術者の不足です。SeSAWウェブサービスを提供できるITリソースがあり、その上でサービス提供することに関心をお持ちの方がいらっしゃいましたらDaron（standley@biken.osaka-u.ac.jp）までご連絡ください。話し合いを歓迎します。 以上、よろしくお願いいたします ...

構造ゲノミクス（Structural Genomics、SG）は、ある特定のゲノムに情報が含まれているタンパク質の立体構造を全て決定することを目指す一分野です。 広義では、個々の構造にとどまらず、 配列相同性を利用したタンパク質構造モデルによる、 代表的なタンパク質構造の組み合わせの解明も含まれます。 タンパク質分子の立体構造を明らかにすることは、 そのタンパク質が持つ生物学的な働きや化学的機能を解明する助けとなります。 構造ゲノミクスの取り組みは国際的に行われており、 現在の進捗状況は ターゲットDB で ...

[目次] - 目次 - URL - CRNPREDとは？ - CRNPREDサーバーの利用方法 - CRNPREDからのメールが届かない時 - CRNPREDからのメールが届かない時 - CRNPREDの一次構造予測の方法 - CRNPREDはどのぐらい正確なのか？ - ローカル環境へのCRNPREDインストール - 参考文献 - CRNPREDへのRESTインターフェイス - CGIパラメータ クエリの送信 結果の取り出し - CGIパラメータ - クエリの送信 - 結果の取り出し [URL] ...