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6ZOT	Crystal structure of YTHDF3 YTH domain in complex with m6A RNA 分子名称: RNA, YTH domain-containing family protein 3 著者 Bedi, R.K, Caflisch, A. 登録日 2020-07-07 公開日 2020-10-28 最終更新日 2024-01-31 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.7 Å) 主引用文献 Structural and Dynamic Insights into Redundant Function of YTHDF Proteins. J.Chem.Inf.Model., 60, 2020
6ZD9	Crystal structure of YTHDC1 apo purified using GST tag 分子名称: DI(HYDROXYETHYL)ETHER, SULFATE ION, YTHDC1 著者 Bedi, R.K, Caflisch, A. 登録日 2020-06-14 公開日 2020-07-29 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.51 Å) 主引用文献 Atomistic and Thermodynamic Analysis of N6-Methyladenosine (m 6 A) Recognition by the Reader Domain of YTHDC1. J Chem Theory Comput, 17, 2021
6ZCN	Crystal structure of YTHDC1 with m6A 分子名称: N6-METHYLADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE, SULFATE ION, YTHDC1 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-06-11 公開日 2020-07-29 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.6 Å) 主引用文献 Atomistic and Thermodynamic Analysis of N6-Methyladenosine (m 6 A) Recognition by the Reader Domain of YTHDC1. J Chem Theory Comput, 17, 2021
6ZCM	Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_180 分子名称: 6-[[cyclopropyl-[(7-methoxy-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]amino]methyl]-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione, SULFATE ION, YTHDC1 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-06-11 公開日 2020-07-29 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.24 Å) 主引用文献 Atomistic and Thermodynamic Analysis of N6-Methyladenosine (m 6 A) Recognition by the Reader Domain of YTHDC1. J Chem Theory Comput, 17, 2021
6YOQ	Crystal structure of YTHDC1 with compound VVR_DC1_002 分子名称: 6-methyl-~{N}-[2-(methylsulfonylamino)ethyl]-2-oxidanylidene-3~{H}-pyridine-3-carboxamide, SULFATE ION, YTHDC1 著者 von Roten, V, Bedi, R.K, Caflisch, A. 登録日 2020-04-14 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.3 Å) 主引用文献 Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1 Eur J Med Chem Rep, 5, 2022
6YNP	Crystal structure of YTHDC1 with compound T96C1 分子名称: CHLORIDE ION, SULFATE ION, YTHDC1, ... 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-14 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.1 Å) 主引用文献 Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1 Eur J Med Chem Rep, 5, 2022
6YNO	Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_139 分子名称: 6-[[methyl-[(1-phenylpyrazol-3-yl)methyl]amino]methyl]-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione, SULFATE ION, YTHDC1 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-14 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.4 Å) 主引用文献 Atomistic and Thermodynamic Analysis of N6-Methyladenosine (m 6 A) Recognition by the Reader Domain of YTHDC1. J Chem Theory Comput, 17, 2021
6YNN	Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_135 分子名称: 6-[[(2-chloranyl-6-fluoranyl-phenyl)methyl-methyl-amino]methyl]-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione, SULFATE ION, YTHDC1 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-14 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.2 Å) 主引用文献 Atomistic and Thermodynamic Analysis of N6-Methyladenosine (m 6 A) Recognition by the Reader Domain of YTHDC1. J Chem Theory Comput, 17, 2021
6YNM	Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_096 分子名称: 1-[(2~{R},5~{S})-2-(3-chlorophenyl)-5-methyl-morpholin-4-yl]-3-methoxy-propan-2-ol, SULFATE ION, YTHDC1 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-14 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.5 Å) 主引用文献 Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1 Eur J Med Chem Rep, 5, 2022
6YNL	Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_078 分子名称: 3-[(2~{R})-5,5-dimethyl-2-phenyl-morpholin-4-yl]-~{N}-(methylcarbamoyl)propanamide, SULFATE ION, YTHDC1 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-14 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.5 Å) 主引用文献 Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1 Eur J Med Chem Rep, 5, 2022
6YNK	Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_068 分子名称: 6-[[furan-2-ylmethyl(methyl)amino]methyl]-5~{H}-pyrimidine-2,4-dione, DI(HYDROXYETHYL)ETHER, SULFATE ION, ... 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-13 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.3 Å) 主引用文献 Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1 Eur J Med Chem Rep, 5, 2022
6YNJ	Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_046 分子名称: (2~{R})-2-(2-chlorophenyl)-5,5-dimethyl-morpholine, SULFATE ION, YTHDC1 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-13 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.5 Å) 主引用文献 Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1 Eur J Med Chem Rep, 5, 2022
6YNI	Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_036 分子名称: (2~{R},3~{R})-2-(3-chlorophenyl)-3,5,5-trimethyl-morpholine, SULFATE ION, YTHDC1 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-13 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.36 Å) 主引用文献 Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1 Eur J Med Chem Rep, 5, 2022
6YM8	Crystal structure of YTHDC1 with compound YLI_DC1_002 分子名称: 2-chloranyl-~{N}-methyl-9~{H}-purin-6-amine, SULFATE ION, YTHDC1 著者 Bedi, R.K, Li, Y, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-07 公開日 2021-04-14 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.5 Å) 主引用文献 Crystal structure of YTHDC1 with compound YLI_DC1_002 To Be Published
6YM2	Crystal structure of YTHDC1 with compound ADO_AC_25 分子名称: SULFATE ION, YTHDC1, ~{N},9-dimethylpurin-6-amine 著者 Bedi, R.K, Li, Y, Dolbois, A, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-07 公開日 2021-04-14 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.7 Å) 主引用文献 Crystal structure of YTHDC1 with compound ADO_AC_25 To Be Published
6YL9	Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_085 分子名称: 3-[(2~{R},5~{S})-2-(2,5-dimethylphenyl)-5-methyl-morpholin-4-yl]propane-1-sulfonamide, SULFATE ION, YTHDC1 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-06 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.5 Å) 主引用文献 Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1 Eur J Med Chem Rep, 5, 2022
6YL8	Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_011 分子名称: (2~{R},5~{S})-2-(2-chlorophenyl)-5-methyl-morpholine, SULFATE ION, YTHDC1 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-06 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.5 Å) 主引用文献 Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1 Eur J Med Chem Rep, 5, 2022
6YL0	Crystal structure of YTHDC1 with compound T_96 分子名称: DI(HYDROXYETHYL)ETHER, SULFATE ION, YTHDC1, ... 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-06 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.2 Å) 主引用文献 Crystal structure of YTHDC1 with compound T_96 To Be Published
6YKZ	Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_234 分子名称: SULFATE ION, YTHDC1, ~{N}-methyl-1,4,5,6-tetrahydrocyclopenta[c]pyrazole-3-carboxamide 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-06 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.2 Å) 主引用文献 Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1 Eur J Med Chem Rep, 5, 2022
6YKJ	Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_125 分子名称: SULFATE ION, YTHDC1, ~{N}-methyl-4-(methylamino)pyridine-2-carboxamide 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-06 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.6 Å) 主引用文献 Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1 Eur J Med Chem Rep, 5, 2022
6YKI	Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_092 分子名称: SULFATE ION, YTHDC1, ~{N}-ethyl-2-[(2~{S},5~{R})-5-methyl-2-phenyl-morpholin-4-yl]ethanamine 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-06 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.3 Å) 主引用文献 Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1 Eur J Med Chem Rep, 5, 2022
6YKE	Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_038 分子名称: (2~{R})-2-(3-fluorophenyl)-5,5-dimethyl-morpholine, SULFATE ION, YTHDC1 著者 Bedi, R.K, Huang, D, Wiedmer, L, Caflisch, A. 登録日 2020-04-06 公開日 2020-07-15 最終更新日 2024-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.52 Å) 主引用文献 Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1 Eur J Med Chem Rep, 5, 2022
6WEA	YTH domain of human YTHDC1 with a 10mer Oligo Containing N6mA 分子名称: 1,2-ETHANEDIOL, DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*GP*(6MA)P*CP*TP*TP*C)-3'), SODIUM ION, ... 著者 Horton, J.R, Cheng, X. 登録日 2020-04-01 公開日 2020-07-15 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.8 Å) 主引用文献 Biochemical and structural basis for YTH domain of human YTHDC1 binding to methylated adenine in DNA. Nucleic Acids Res., 48, 2020
6WE9	YTH domain of human YTHDC1 with 11mer ssDNA Containing N6mA 分子名称: 1,2-ETHANEDIOL, DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*GP*(6MA)P*CP*TP*CP*TP*G)-3'), GLYCEROL, ... 著者 Horton, J.R, Cheng, X. 登録日 2020-04-01 公開日 2020-07-15 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.59 Å) 主引用文献 Biochemical and structural basis for YTH domain of human YTHDC1 binding to methylated adenine in DNA. Nucleic Acids Res., 48, 2020
6WE8	YTH domain of human YTHDC1 分子名称: 1,2-ETHANEDIOL, GLYCEROL, SULFATE ION, ... 著者 Horton, J.R, Cheng, X. 登録日 2020-04-01 公開日 2020-07-15 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.18 Å) 主引用文献 Biochemical and structural basis for YTH domain of human YTHDC1 binding to methylated adenine in DNA. Nucleic Acids Res., 48, 2020

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