PDB: 5515 件ウェブページステータス検索Chemie searchBIRD

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2ZGD	Asn-hydroxylation stabilises the ankyrin repeat domain fold 分子名称: 3 repeat synthetic ankyrin, CADMIUM ION, CHLORIDE ION 著者 McDonough, M.A, Schofield, C.J. 登録日 2008-01-21 公開日 2008-02-05 最終更新日 2023-11-01 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.9 Å) 主引用文献 Asparagine beta-hydroxylation stabilizes the ankyrin repeat domain fold Mol Biosyst, 5, 2009
2ZGG	Asn-hydroxylation stabilises the ankyrin repeat domain fold 分子名称: 3 repeat synthetic ankyrin, CADMIUM ION, COBALT (II) ION 著者 McDonough, M.A, Schofield, C.J. 登録日 2008-01-21 公開日 2008-02-05 最終更新日 2023-11-01 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2 Å) 主引用文献 Asparagine beta-hydroxylation stabilizes the ankyrin repeat domain fold Mol Biosyst, 5, 2009
1EZZ	CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI ASPARTATE TRANSCARBAMOYLASE P268A MUTANT IN THE T-STATE 分子名称: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN, ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN, ZINC ION 著者 Jin, L, Stec, B, Kantrowitz, E.R. 登録日 2000-05-12 公開日 2000-11-22 最終更新日 2024-02-07 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.7 Å) 主引用文献 A cis-proline to alanine mutant of E. coli aspartate transcarbamoylase: kinetic studies and three-dimensional crystal structures. Biochemistry, 39, 2000
8FWD	Fast and versatile sequence- independent protein docking for nanomaterials design using RPXDock 分子名称: O43-rpxdoc-EK1_A, O43-rpxdoc-EK1_B 著者 Skotheim, R, Borst, A.J, Baker, D. 登録日 2023-01-20 公開日 2023-05-10 最終更新日 2024-06-19 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.67 Å) 主引用文献 Fast and versatile sequence-independent protein docking for nanomaterials design using RPXDock. Plos Comput.Biol., 19, 2023
3WL9	HLA-A24 in complex with HIV-1 Nef126-10(8I10F) 分子名称: Beta-2-microglobulin, HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain, ... 著者 Shimizu, A, Fukai, S, Yamagata, A, Iwamoto, A, Han, C. 登録日 2013-11-08 公開日 2014-06-11 最終更新日 2023-11-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.66 Å) 主引用文献 Switching and emergence of CTL epitopes in HIV-1 infection Retrovirology, 11, 2014
8FJE	The five-repeat design E8 分子名称: E8 著者 Bera, A.K, An, L, Baker, D. 登録日 2022-12-19 公開日 2023-09-27 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3 Å) 主引用文献 Hallucination of closed repeat proteins containing central pockets. Nat.Struct.Mol.Biol., 30, 2023
8FJF	The three-repeat design H10 分子名称: H10 著者 Bera, A.K, An, L, Baker, D. 登録日 2022-12-19 公開日 2023-09-27 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.6 Å) 主引用文献 Hallucination of closed repeat proteins containing central pockets. Nat.Struct.Mol.Biol., 30, 2023
8FJG	The two-repeat design H12 分子名称: H12 著者 Bera, A.K, An, L, Baker, D. 登録日 2022-12-19 公開日 2023-09-27 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.13 Å) 主引用文献 Hallucination of closed repeat proteins containing central pockets. Nat.Struct.Mol.Biol., 30, 2023
1KEE	Inactivation of the Amidotransferase Activity of Carbamoyl Phosphate Synthetase by the Antibiotic Acivicin 分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE, CHLORIDE ION, Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, ... 著者 Miles, B.W, Thoden, J.B, Holden, H.M, Raushel, F.M. 登録日 2001-11-15 公開日 2001-12-21 最終更新日 2023-08-16 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.1 Å) 主引用文献 Inactivation of the amidotransferase activity of carbamoyl phosphate synthetase by the antibiotic acivicin. J.Biol.Chem., 277, 2002
1F1B	CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI ASPARTATE TRANSCARBAMOYLASE P268A MUTANT IN THE R-STATE IN THE PRESENCE OF N-PHOSPHONACETYL-L-ASPARTATE 分子名称: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN, ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN, N-(PHOSPHONACETYL)-L-ASPARTIC ACID, ... 著者 Jin, L, Stec, B, Kantrowitz, E.R. 登録日 2000-05-18 公開日 2000-11-22 最終更新日 2024-02-07 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 A cis-proline to alanine mutant of E. coli aspartate transcarbamoylase: kinetic studies and three-dimensional crystal structures. Biochemistry, 39, 2000
8FAR	Accurate computational design of genetically encoded 3D protein crystals 分子名称: I432-1-CC 著者 Bera, A.K, Li, Z, Baker, D. 登録日 2022-11-28 公開日 2023-11-01 最終更新日 2023-12-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.66 Å) 主引用文献 Accurate computational design of three-dimensional protein crystals. Nat Mater, 22, 2023
1L2Y	NMR Structure of Trp-Cage Miniprotein Construct TC5b 分子名称: TC5b 著者 Neidigh, J.W, Fesinmeyer, R.M, Andersen, N.H. 登録日 2002-02-25 公開日 2002-05-29 最終更新日 2024-05-08 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Designing a 20-residue protein. Nat.Struct.Biol., 9, 2002
3ZOF	Crystal structure of FMN-binding protein (YP_005476) from Thermus thermophilus with bound benzene-1,4-diol 分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE, FLAVOREDOXIN, benzene-1,4-diol 著者 Pavkov-Keller, T, Steinkellner, G, Gruber, C.C, Steiner, K, Winkler, C, Schwamberger, O, Schwab, H, Faber, K, Gruber, K. 登録日 2013-02-21 公開日 2014-05-14 最終更新日 2023-12-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.15 Å) 主引用文献 Identification of Promiscuous Ene-Reductase Activity by Mining Structural Databases Using Active Site Constellations. Nat.Commun., 5, 2014
1MFT	Crystal Structure Of Four-Helix Bundle Model 分子名称: Four-helix bundle model, ZINC ION 著者 Lahr, S.J, Stayrook, S.E, North, B, Kaplan, J, Geremia, S, DeGrado, W. 登録日 2002-08-13 公開日 2004-01-20 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Analysis and Design of Turns in alpha-Helical Hairpins J.Mol.Biol., 346, 2005
6WMK	Crystal structure of beta sheet heterodimer LHD29 分子名称: Beta sheet heterodimer LHD29 - Chain A, Beta sheet heterodimer LHD29 - Chain B 著者 Bera, A.K, Sahtoe, D.D, Kang, A, Sankaran, B, Baker, D. 登録日 2020-04-21 公開日 2021-11-10 最終更新日 2024-04-03 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.2 Å) 主引用文献 Reconfigurable asymmetric protein assemblies through implicit negative design. Science, 375, 2022
1M02	NMR Structure of PW2 Bound to SDS Micelles: A Tryptophan-rich Anticocidial Peptide Selected from Phage Display Libraries 分子名称: HIS-PRO-LEU-LYS-GLN-TYR-TRP-TRP-ARG-PRO-SER-ILE 著者 Tinoco, L.W, da Silva Jr, A, Leite, A, Valente, A.P, Almeida, F.C. 登録日 2002-06-11 公開日 2002-08-14 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 NMR structure of PW2 bound to SDS micelles. A tryptophan-rich anticoccidial peptide selected from phage display libraries J.Biol.Chem., 277, 2002
1MJ0	SANK E3_5: an artificial Ankyrin repeat protein 分子名称: 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL, SANK E3_5 Protein, SULFATE ION 著者 Kohl, A, Binz, H.K, Forrer, P, Stumpp, M.T, Plueckthun, A, Gruetter, M.G. 登録日 2002-08-26 公開日 2003-01-21 最終更新日 2011-07-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.031 Å) 主引用文献 Designed to be stable: Crystal structure of a consensus ankyrin repeat protein Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 100, 2003
8GQP	Complex of D-protein binder D-19437 and L-target L-Pep-1 分子名称: D-binder, L-pep1 著者 Liang, M.F, Li, S.C, Wang, T.Y, Liu, L, Lu, P.L. 登録日 2022-08-30 公開日 2023-09-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2 Å) 主引用文献 Structure of D-protein binder D-19437 and L-target L-Pep-1 To Be Published
8GEL	Cryo-EM structure of synthetic tetrameric building block sC4 分子名称: sC4 著者 Redler, R.L, Huddy, T.F, Hsia, Y, Baker, D, Ekiert, D, Bhabha, G. 登録日 2023-03-07 公開日 2024-03-13 最終更新日 2024-04-10 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.9 Å) 主引用文献 Blueprinting extendable nanomaterials with standardized protein blocks. Nature, 627, 2024
1L2U	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from E. coli 分子名称: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase 著者 Harris, P, Poulsen, J.C, Jensen, K.F, Larsen, S. 登録日 2002-02-25 公開日 2002-03-13 最終更新日 2023-08-16 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Substrate binding induces domain movements in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase J.Mol.Biol., 18, 2002
1M6V	Crystal Structure of the G359F (small subunit) Point Mutant of Carbamoyl Phosphate Synthetase 分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE, CHLORIDE ION, L-ornithine, ... 著者 Thoden, J.B, Huang, X, Raushel, F.M, Holden, H.M. 登録日 2002-07-17 公開日 2002-07-31 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.1 Å) 主引用文献 Carbamoyl-phosphate synthetase. Creation of an escape route for ammonia J.Biol.Chem., 277, 2002
1FME	SOLUTION STRUCTURE OF FSD-EY, A NOVEL PEPTIDE ASSUMING A BETA-BETA-ALPHA FOLD 分子名称: FSD-EY PEPTIDE 著者 Sarisky, C.A, Mayo, S.L. 登録日 2000-08-16 公開日 2001-04-21 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 The beta-beta-alpha fold: explorations in sequence space. J.Mol.Biol., 307, 2001
1LE0	NMR structure of Tryptophan Zipper 1: a stable, monomeric beta-hairpin with a type II' turn 分子名称: Tryptophan Zipper 1 著者 Cochran, A.G, Skelton, N.J, Starovasnik, M.A. 登録日 2002-04-09 公開日 2002-04-24 最終更新日 2022-02-23 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Tryptophan zippers: stable, monomeric beta -hairpins. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 98, 2001
8FIQ	Multi-state design of two-state switchable hinge proteins 分子名称: cs207AB 著者 Bera, A.K, Leung, P.J.Y, Baker, D. 登録日 2022-12-16 公開日 2023-08-16 最終更新日 2024-03-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.66 Å) 主引用文献 Design of stimulus-responsive two-state hinge proteins. Science, 381, 2023
8FVT	Multi-state design of two-state switchable hinge proteins 分子名称: 3hb12 著者 Bera, A.K, Broerman, A, Baker, D. 登録日 2023-01-19 公開日 2023-08-16 最終更新日 2024-03-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.07 Å) 主引用文献 Design of stimulus-responsive two-state hinge proteins. Science, 381, 2023

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