6QTP

2.37A structure of gepotidacin with S.aureus DNA gyrase and uncleaved DNA

エンティティ

Entity ID	鎖名	説明	種類	鎖長	化学式量	分子数	データベース名(アクセス番号)	由来する生物種	エンティティの一般名
1	B, D	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B	polymer	202	22605.7	2	UniProt (P66937) Pfam (PF01751) Pfam (PF00986) In PDB	Staphylococcus aureus
2	A, C	DNA gyrase subunit A	polymer	490	55537.3	2	UniProt (Q99XG5) Pfam (PF00521) In PDB	Staphylococcus aureus
3	E, F	DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')	polymer	20	6150.0	2		synthetic construct
4	B, D	MANGANESE (II) ION	non-polymer		54.9	2	Chemie (MN)
5	B	SODIUM ION	non-polymer		23.0	1	Chemie (NA)
6	A	GLYCEROL	non-polymer		92.1	1	Chemie (GOL)
7	C	SULFATE ION	non-polymer		96.1	1	Chemie (SO4)
8	E	(3~{R})-3-[[4-(3,4-dihydro-2~{H}-pyrano[2,3-c]pyridin-6-ylmethylamino)piperidin-1-yl]methyl]-1,4,7-triazatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-6,8(12),9-triene-5,11-dione	non-polymer		448.5	1	Chemie (JHN)
9		water	water		18.0	602	Chemie (HOH)

配列変更

B, D: 410 - 543 (UniProt: P66937)

PDB	外部データベース	詳細
Met 409	-	initiating methionine

B, D: 580 - 644 (UniProt: P66937)

PDB	外部データベース	詳細
Thr 578	-	linker
Gly 579	-	linker

非対称単位の内容

タンパク質・ 核酸鎖	鎖の数	6
	化学式量合計	168586.0
タンパク質・ 核酸・ 糖鎖以外*	分子数	6
	化学式量合計	769.5
全て*	化学式量合計	169355.5

*水分子は含んでいません