2ZIY |
Crystal structure of squid rhodopsin |
| Chain | GOid | namespace | contents |
| A | 0016021 | cellular_component | integral component of membrane |
| A | 0004930 | molecular_function | G protein-coupled receptor activity |
| A | 0009881 | molecular_function | photoreceptor activity |
| A | 0016918 | molecular_function | retinal binding |
| A | 0007602 | biological_process | phototransduction |
| A | 0018298 | biological_process | protein-chromophore linkage |
| A | 0007601 | biological_process | visual perception |
| site_id | Number of Residues | Details | ||||||||||||||
| AC1 | 6 | BINDING SITE FOR RESIDUE RET A 380 | ||||||||||||||
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| AC2 | 1 | BINDING SITE FOR RESIDUE PLM A 381 | ||||||||||||||
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| AC3 | 3 | BINDING SITE FOR RESIDUE PLM A 382 | ||||||||||||||
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| site_id | Number of Residues | Details | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PLM_2ziy_A_381 | 2 | PALMITIC ACID binding site | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| RET_2ziy_A_380 | 20 | RETINAL binding site | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| PLM_2ziy_A_382 | 8 | PALMITIC ACID binding site | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| site_id | Number of Residues | Details | ||||||
| PS00237 | 17 | G-protein coupled receptors family 1 signature. [GSTALIVMFYWC]-[GSTANCPDE]-{EDPKRH}-x-{PQ}-[LIVMNQGA]-{RK}-{RK}-[LIVMFT] | ||||||
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| PS00238 | 17 | Visual pigments (opsins) retinal binding site. [LIVMFWAC]-[PSGAC]-x-{G}-x-[SAC]-K-[STALIMR]-[GSACPNV]-[STACP]-x(2) | ||||||
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| site_id | Number of Residues | Details | ||||||
| SWS_FT_FI1 | 28 | Helical; Name=5; (Potential). | ||||||
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| SWS_FT_FI2 | 27 | Helical; Name=2; (Potential). | ||||||
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| SWS_FT_FI3 | 25 | Helical; Name=7; (Potential). | ||||||
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| SWS_FT_FI4 | 24 | Helical; Name=4; (Potential). | ||||||
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| SWS_FT_FI5 | 25 | Helical; Name=1; (Potential). | ||||||
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| SWS_FT_FI6 | 24 | Helical; Name=6; (Potential). | ||||||
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| SWS_FT_FI7 | 20 | Helical; Name=3; (Potential). | ||||||
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| site_id | Number of Residues | Details |
