1WAJ
DNA POLYMERASE FROM BACTERIOPHAGE RB69
GO(遺伝子オントロジー)由来の情報
鎖名 | GO(遺伝子オントロジー)id | 名前空間 | 内容 |
A | 0000166 | molecular_function | nucleotide binding |
A | 0003676 | molecular_function | nucleic acid binding |
A | 0003677 | molecular_function | DNA binding |
A | 0003887 | molecular_function | DNA-directed DNA polymerase activity |
A | 0004527 | molecular_function | exonuclease activity |
A | 0006260 | biological_process | DNA replication |
A | 0006261 | biological_process | DNA-templated DNA replication |
A | 0008408 | molecular_function | 3'-5' exonuclease activity |
A | 0039686 | biological_process | bidirectional double-stranded viral DNA replication |
A | 0039693 | biological_process | viral DNA genome replication |
A | 0046872 | molecular_function | metal ion binding |
PDBデータベースに由来する情報
site_id | AC1 |
残基数 | 10 |
詳細 | BINDING SITE FOR RESIDUE 5GP A 904 |
鎖名 | 残基 |
A | TYR33 |
A | ILE380 |
A | SER36 |
A | PHE38 |
A | GLY84 |
A | MET85 |
A | ASP95 |
A | LYS374 |
A | LYS378 |
A | VAL379 |
UniProtにおけるモチーフ・データベースPROSITEからの機能情報
site_id | PS00116 |
残基数 | 9 |
詳細 | DNA_POLYMERASE_B DNA polymerase family B signature. YGDTDSIYV |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | TYR619-VAL627 |
SwissProt/UniProtに記載されている蛋白質分子機能情報
site_id | SWS_FT_FI1 |
残基数 | 2 |
詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000255|HAMAP-Rule:MF_04100 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | ASP114 | |
A | GLU116 |
site_id | SWS_FT_FI2 |
残基数 | 2 |
詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000255|HAMAP-Rule:MF_04100, ECO:0000305|PubMed:23214497 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | ASP222 | |
A | ASP327 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | ASP411 |
site_id | SWS_FT_FI4 |
残基数 | 1 |
詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000255|HAMAP-Rule:MF_04100, ECO:0000269|PubMed:17718515, ECO:0000269|PubMed:21566148, ECO:0000269|PubMed:21923197, ECO:0000305|PubMed:18503083, ECO:0000305|PubMed:23214497, ECO:0000305|PubMed:23921641, ECO:0007744|PDB:2OZM, ECO:0007744|PDB:2OZS, ECO:0007744|PDB:3KD5, ECO:0007744|PDB:3SI6, ECO:0007744|PDB:3SNN, ECO:0007744|PDB:3SPY |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | LEU412 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | SER414 | |
A | ARG482 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | LYS560 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | ASP623 |
site_id | SWS_FT_FI8 |
残基数 | 1 |
詳細 | SITE: Optimization of metal coordination by the polymerase active site => ECO:0000255|HAMAP-Rule:MF_04100, ECO:0000305|PubMed:15057283, ECO:0000305|PubMed:20166752, ECO:0000305|PubMed:22571765, ECO:0000305|PubMed:24116139 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | ASP621 |
site_id | SWS_FT_FI9 |
残基数 | 1 |
詳細 | SITE: Optimization of metal coordination by the polymerase active site => ECO:0000255|HAMAP-Rule:MF_04100, ECO:0000269|PubMed:15057283, ECO:0000269|PubMed:22571765 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | LYS706 |
site_id | SWS_FT_FI10 |
残基数 | 1 |
詳細 | SITE: Essential for viral replication => ECO:0000255|HAMAP-Rule:MF_04100, ECO:0000269|PubMed:24116139 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | ASP714 |