新型コロナウイルスの構造情報

コロナウイルス, 2020. David S. Goodsell@RCSB PDB による原画を修正

最近、新型コロナウイルス感染症（Novel Coronavirus disease 2019: COVID-19）の拡大が世界中で深刻な問題となっています。早急にこの新型ウイルス（Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2: SARS-CoV-2）を理解し有効な薬を開発するため，関連するタンパク質の構造研究は既に始まっています。そして，解明された構造はPDBに登録されていっています。PDBjでは利用者の利便を図るため，新型コロナウイルス特集ページを作成しました。新たなエントリーが毎週水曜日の週次更新で公開されると、同時にこのページにも追加されます。

またこのウイルスのタンパク質に関する解説記事を以下の「今月の分子」ページに掲載しています。

「全エントリー」のタブでは，同じ著者によるグループ登録のエントリーも全て区別し，すべてのPDB IDを省略せず表示しています。 「代表構造」タブには最も分解能の高い代表構造のみを表示しており，アミノ酸配列が100%同じPDBエントリーはリガンドが異なるものも含め除外してあります。 「最新のエントリー」のタブは，今週公開された最も新しいエントリーです。

作成日: 2020-09-03 (最終更新日: more than 1 year ago)

全エントリー (4476)代表構造 (1994)最新のエントリー (17)

5SP6

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z4718398580
分子名称:	9-{[(2P)-2-(5-methylfuran-2-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}-9H-purine-2,6-diamine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.07 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SP7

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010903509 - (S,S) isomer
分子名称:	(1S,2S)-1-[4-(cyclopropylcarbamamido)benzamido]-1,2,3,4-tetrahydronaphthalene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SP8

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010894415 - (S) isomer
分子名称:	(6~{S})-7-[4-(cyclopropylcarbamoylamino)phenyl]carbonyl-3-methyl-6,8-dihydro-5~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyrazine-6-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SP9

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z3508769536 - (S) isomer
分子名称:	(3S)-1-[4-(cyclopropylcarbamamido)benzoyl]-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-3-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPA

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010894417 - (R,R) and (S,S) isomers
分子名称:	(1R,2R)-1-(4-carbamamidobenzamido)-4-hydroxy-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, (1S,2S)-1-(4-carbamamidobenzamido)-4-hydroxy-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPB

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010894404 - (R,R) and (S,S) isomers
分子名称:	(1R,2R)-4-hydroxy-1-[4-(phenylcarbamamido)benzamido]-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, (1S,2S)-4-hydroxy-1-[4-(phenylcarbamamido)benzamido]-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPC

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010894387 - (R,R) and (S,S) isomers
分子名称:	(1R,2R)-4-hydroxy-1-[(5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridine-3-carbonyl)amino]-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, (1S,2S)-4-hydroxy-1-[(5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridine-3-carbonyl)amino]-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPD

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z4718398539 - (R,R) and (S,S) isomers
分子名称:	(1R,2R)-1-[4-(cyclopropylcarbamamido)benzamido]-4-hydroxy-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, (1S,2S)-1-[4-(cyclopropylcarbamamido)benzamido]-4-hydroxy-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPE

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z4718398531 - (S,S) isomer
分子名称:	(1S,2S)-1-{4-[(methoxycarbonyl)amino]benzamido}-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPF

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z4718398569
分子名称:	9-[(2-methyl-1,3-thiazol-4-yl)methyl]-9H-purine-2,6-diamine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPG

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z4718398585
分子名称:	9-[(2-cyclopropyl-1,3-thiazol-4-yl)methyl]-9H-purine-2,6-diamine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPH

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z4718398515 - (R,S) isomer
分子名称:	(1R,2S)-1-[4-(methylcarbamamido)benzamido]-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPI

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z4574659604 - (R,R) and (S,S) isomers
分子名称:	(1R,2R)-1-{4-[(cyclopropanecarbonyl)amino]benzamido}-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, (1S,2S)-1-{4-[(cyclopropanecarbonyl)amino]benzamido}-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPJ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000893101964
分子名称:	5-chloro-N~3~-[(4-cyclopropyl-5-methyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]pyrazine-2,3-diamine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPK

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with REAL250003296134 - (R) isomer
分子名称:	3-[(3R)-1-(6-amino-5-chloropyrimidin-4-yl)piperidin-3-yl]propanoic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPL

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000611664196 - (S,S) isomer
分子名称:	Non-structural protein 3, [(2S,4S)-4-methyl-2-(5-methylfuran-2-yl)piperidin-1-yl](7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)methanone
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPM

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with FRESH00002410346
分子名称:	4-hydroxy-6-(3-hydroxy-1-methyl-1,4,5,7-tetrahydro-6H-pyrazolo[3,4-c]pyridine-6-carbonyl)-2H-pyran-2-one, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPN

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with FRESH00010608284
分子名称:	1-cyclopentyl-3-methyl-N-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl)-1H-pyrazole-5-sulfonamide, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPO

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with FRESH00020289192 - (S) isomer
分子名称:	6-chloro-4-{(8S)-8-[(4H-1,2,4-triazol-4-yl)methyl]-6-azaspiro[3.4]octan-6-yl}pyrimidin-2(1H)-one, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPP

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with REAL250002155324
分子名称:	4-[methyl(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-4-carbonyl)amino]butanoic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPQ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with FRESH00014134848 - (R) isomer
分子名称:	(3R)-1-[(4-chloro-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)acetyl]-3-methylpyrrolidine-3-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPR

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with REAL250002852032 - (S) isomer
分子名称:	Non-structural protein 3, [(3S)-1-(7H-purin-6-yl)piperidin-3-yl]acetic acid
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPS

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with FRESH00012962804 - (S) isomer
分子名称:	(3S)-6,6-dimethyl-1-(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-4-carbonyl)piperidine-3-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPT

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000850008207
分子名称:	2-(2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl)ethyl 7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-4-carboxylate, DIMETHYL SULFOXIDE, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPU

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC001364774273 - (S) isomer
分子名称:	(3S)-1-(6-amino-5-methylpyridine-3-sulfonyl)piperidine-3-carboxamide, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-13
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

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