新型コロナウイルスの構造情報

コロナウイルス, 2020. David S. Goodsell@RCSB PDB による原画を修正

最近、新型コロナウイルス感染症（Novel Coronavirus disease 2019: COVID-19）の拡大が世界中で深刻な問題となっています。早急にこの新型ウイルス（Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2: SARS-CoV-2）を理解し有効な薬を開発するため，関連するタンパク質の構造研究は既に始まっています。そして，解明された構造はPDBに登録されていっています。PDBjでは利用者の利便を図るため，新型コロナウイルス特集ページを作成しました。新たなエントリーが毎週水曜日の週次更新で公開されると、同時にこのページにも追加されます。

またこのウイルスのタンパク質に関する解説記事を以下の「今月の分子」ページに掲載しています。

「全エントリー」のタブでは，同じ著者によるグループ登録のエントリーも全て区別し，すべてのPDB IDを省略せず表示しています。 「代表構造」タブには最も分解能の高い代表構造のみを表示しており，アミノ酸配列が100%同じPDBエントリーはリガンドが異なるものも含め除外してあります。 「最新のエントリー」のタブは，今週公開された最も新しいエントリーです。

作成日: 2020-09-03 (最終更新日: more than 1 year ago)

全エントリー (4406)代表構造 (1944)最新のエントリー (19)

5SRB

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5198562532 - (R) and (S) isomers
分子名称:	(8R)-8-fluoro-6-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)-2-oxa-6-azaspiro[3.4]octane-8-carboxylic acid, (8S)-8-fluoro-6-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)-2-oxa-6-azaspiro[3.4]octane-8-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRC

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5198562500 - (R,R) and (R,S) isomers
分子名称:	(2R)-[(3R)-1-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)piperidin-3-yl](hydroxy)acetic acid, (2S)-[(3R)-1-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)piperidin-3-yl](hydroxy)acetic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRD

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5373433723 - (S) isomer
分子名称:	(8S)-8-fluoro-6-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)-N-(methanesulfonyl)-6-azaspiro[3.4]octane-8-carboxamide, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRE

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5198562530 - (R) isomer
分子名称:	(5R)-7-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)-7-azaspiro[3.5]nonane-5-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRF

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z4175156780 - (R) isomer
分子名称:	(3R)-3-[(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)(methyl)amino]-1lambda~6~-thiane-1,1-dione, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRG

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5265428403
分子名称:	7-fluoro-N-methyl-N-[(pyridin-2-yl)methyl]-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-amine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRH

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5265470867 - pyrimido-indole core only
分子名称:	7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-amine, DIMETHYL SULFOXIDE, Non-structural protein 3, ...
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRI

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5278734565 - pyrimido-indole core only
分子名称:	7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-amine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRJ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5265428226
分子名称:	3-{[(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)amino]methyl}-1lambda~6~-thietane-1,1-dione, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRK

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5373433775 - (R) isomer
分子名称:	(2R)-4-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)-N-(methanesulfonyl)morpholine-2-carboxamide, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRL

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5352447655 - (R,R) isomer
分子名称:	Non-structural protein 3, [(2R,6R)-4-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)-6-(hydroxymethyl)morpholin-2-yl]acetic acid
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRM

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z3860662215 - (R) and (S) isomers
分子名称:	Non-structural protein 3, [(2R)-6,6-dimethyl-4-(9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)morpholin-2-yl]acetic acid
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRN

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z2466029596 - (R) and (S) isomers
分子名称:	Non-structural protein 3, [(2R)-4-(9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)morpholin-2-yl]acetic acid, [(2S)-4-(9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)morpholin-2-yl]acetic acid
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRO

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5198562509 - (R) and (S) isomers
分子名称:	(8R)-6-(7-bromo-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)-8-fluoro-6-azaspiro[3.4]octane-8-carboxylic acid, (8S)-6-(7-bromo-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)-8-fluoro-6-azaspiro[3.4]octane-8-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRP

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5340019182 - (R) isomer
分子名称:	(8R)-6-(9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)-6-azaspiro[3.4]octane-8-carboxylic acid, Non-structural protein 3, trifluoroacetic acid
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRQ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z3831836449 - (R) isomer
分子名称:	Non-structural protein 3, [(6R)-8-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)-5-oxa-8-azaspiro[3.5]nonan-6-yl]methanol
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRR

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z4158218973 - (S,S) isomer
分子名称:	Non-structural protein 3, [(2S,6S)-4-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)-6-methoxymorpholin-2-yl]methanol
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRS

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z2614735107 - (R) and (S) isomers
分子名称:	3-[(3R)-1-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)pyrrolidin-3-yl]-1,3-oxazolidin-2-one, 3-[(3S)-1-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)pyrrolidin-3-yl]-1,3-oxazolidin-2-one, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRT

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5198562791 - (R) isomer
分子名称:	7-fluoro-4-[(2R)-2-(1H-tetrazol-5-yl)morpholin-4-yl]-9H-pyrimido[4,5-b]indole, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRU

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5198562523 - (S) isomer
分子名称:	(8S)-6-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)-6-azaspiro[3.4]octane-8-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRV

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5198562533 - (R,R) isomer
分子名称:	(3R,4R)-4-cyclopropyl-3-fluoro-1-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)pyrrolidine-3-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRW

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z2364914118 - (S) isomer
分子名称:	Non-structural protein 3, methyl [(2S)-4-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)morpholin-2-yl]acetate
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRX

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5198562503 - (R) isomer
分子名称:	3-[(2R)-4-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)morpholin-2-yl]propanoic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRY

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5265428218
分子名称:	1-[(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)amino]pyrrolidin-2-one, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SRZ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5281440906 - (R,S) and (S,R) isomers
分子名称:	(1R,2S)-2-[(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)amino]cyclohexane-1-carboxylic acid, (1S,2R)-2-[(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)amino]cyclohexane-1-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

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