新型コロナウイルスの構造情報

コロナウイルス, 2020. David S. Goodsell@RCSB PDB による原画を修正

最近、新型コロナウイルス感染症（Novel Coronavirus disease 2019: COVID-19）の拡大が世界中で深刻な問題となっています。早急にこの新型ウイルス（Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2: SARS-CoV-2）を理解し有効な薬を開発するため，関連するタンパク質の構造研究は既に始まっています。そして，解明された構造はPDBに登録されていっています。PDBjでは利用者の利便を図るため，新型コロナウイルス特集ページを作成しました。新たなエントリーが毎週水曜日の週次更新で公開されると、同時にこのページにも追加されます。

またこのウイルスのタンパク質に関する解説記事を以下の「今月の分子」ページに掲載しています。

「全エントリー」のタブでは，同じ著者によるグループ登録のエントリーも全て区別し，すべてのPDB IDを省略せず表示しています。 「代表構造」タブには最も分解能の高い代表構造のみを表示しており，アミノ酸配列が100%同じPDBエントリーはリガンドが異なるものも含め除外してあります。 「最新のエントリー」のタブは，今週公開された最も新しいエントリーです。

作成日: 2020-09-03 (最終更新日: more than 1 year ago)

全エントリー (4459)代表構造 (1984)最新のエントリー (16)

5SPX

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with REAL250003958539
分子名称:	(5M)-5-(3-ethyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl)-1,3-dimethyl-1H-pyrazole-4-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPY

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with REAL300019621104
分子名称:	1-(5-bromo-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)-2-[(1H-tetrazol-5-yl)sulfanyl]ethan-1-one, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SPZ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with REAL250001448407 - (S) isomer
分子名称:	(3S)-3-(fluoromethyl)-1-(6-oxo-1,6-dihydropyridazine-4-carbonyl)pyrrolidine-3-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQ0

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with REAL300007260658 - (S,S) isomer
分子名称:	(2S,4S)-1-(6-fluoro-2-hydroxyquinoline-4-carbonyl)-4-methylazetidine-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQ1

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC001601221314 - (S) isomer
分子名称:	1-(2-aminopyrimidine-5-sulfonyl)-4,4-difluoro-L-proline, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQ2

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z2976440814 - (S) isomer
分子名称:	7-fluoro-4-{(3R)-3-[(3-methyl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)methyl]piperidin-1-yl}-9H-pyrimido[4,5-b]indole, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQ3

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5028367848 - (R) isomer
分子名称:	Non-structural protein 3, [(2R)-4-(7-fluoro-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl)morpholin-2-yl]acetic acid
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQ4

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z2364980062 - (R) isomer
分子名称:	7-fluoro-4-[(3R)-3-(methanesulfonyl)piperidin-1-yl]-9H-pyrimido[4,5-b]indole, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQ5

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010894407 - (R,S) and (S,S) isomers
分子名称:	(1R,2S)-1-[4-(cyclopropylcarbamamido)benzamido]-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, (1S,2S)-1-[4-(cyclopropylcarbamamido)benzamido]-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQ6

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010894406
分子名称:	3-{[4-(cyclopropylcarbamamido)benzamido]methyl}-1H-indole-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQ7

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z1445235880
分子名称:	3-{[4-(cyclopropylcarbamamido)benzamido]methyl}-1-benzofuran-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQ8

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z1445261766
分子名称:	3-{[4-(cyclopropylcarbamamido)benzamido]methyl}-1-benzothiophene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQ9

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010894420 - (R,R) and (S,S) isomers
分子名称:	(1R,2R)-4-hydroxy-1-{4-[(propan-2-yl)carbamamido]benzamido}-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, (1S,2S)-4-hydroxy-1-{4-[(propan-2-yl)carbamamido]benzamido}-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQA

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010894395 - (R,R) and (S,S) isomers
分子名称:	(1R,2R)-4-hydroxy-1-[(3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-7-carbonyl)amino]-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, (1S,2S)-4-hydroxy-1-[(3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-7-carbonyl)amino]-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQB

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010894390 - (R,R) and (S,S) isomers
分子名称:	(1R,2R)-1-({6-[(cyclopropylmethyl)amino]pyridine-3-carbonyl}amino)-4-hydroxy-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, (1S,2S)-1-({6-[(cyclopropylmethyl)amino]pyridine-3-carbonyl}amino)-4-hydroxy-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQC

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010894388 - (R,R) and (S,S) isomers
分子名称:	(1R,2R)-4-hydroxy-1-({5-[(oxan-4-yl)amino]pyrazine-2-carbonyl}amino)-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, (1S,2S)-4-hydroxy-1-({5-[(oxan-4-yl)amino]pyrazine-2-carbonyl}amino)-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQD

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010894382 - (R,R) and (S,S) isomers
分子名称:	(1R,2R)-4-hydroxy-1-{[2-(hydroxymethyl)-1H-benzimidazole-5-carbonyl]amino}-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, (1S,2S)-4-hydroxy-1-{[2-(hydroxymethyl)-1H-benzimidazole-5-carbonyl]amino}-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQE

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010894392- (S,S) isomer
分子名称:	(1S,2S)-4-hydroxy-1-{4-[(1H-imidazol-1-yl)amino]benzamido}-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQF

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with REAL250000548538 - (R) isomer
分子名称:	(3R)-1-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine-4-carbonyl)piperidine-3-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQG

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010894430 - (R,R) and (S,S) isomers
分子名称:	(1R,2R)-1-{[6-(cyclopropylcarbamamido)pyridine-3-carbonyl]amino}-4-hydroxy-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, (1S,2S)-1-{[6-(cyclopropylcarbamamido)pyridine-3-carbonyl]amino}-4-hydroxy-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQH

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5010894431- (S,S) isomer
分子名称:	(1S,2S)-1-[2-chloro-4-(cyclopropylcarbamamido)benzamido]-4-hydroxy-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQI

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5016127255 - (R,R) and (S,S) isomers
分子名称:	(1R,2R)-4-hydroxy-1-[4-(methylcarbamamido)benzamido]-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, (1S,2S)-4-hydroxy-1-[4-(methylcarbamamido)benzamido]-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQJ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z5021668601
分子名称:	(1R,2R)-1-[4-(cyclopropylcarbamamido)benzamido]-4-hydroxy-2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid, DIMETHYL SULFOXIDE, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQK

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z2479782408 - (R,S) isomer
分子名称:	(1R,3S)-3-[(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)amino]cyclopentan-1-ol, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

5SQL

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with Z2689779890
分子名称:	3-{[(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)amino]methyl}-1lambda~6~-thietane-1,1-dione, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Fraser, J.S.
登録日	2022-06-09
公開日	2022-07-06
最終更新日	2023-09-20
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Iterative computational design and crystallographic screening identifies potent inhibitors targeting the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 120, 2023

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