新型コロナウイルスの構造情報

コロナウイルス, 2020. David S. Goodsell@RCSB PDB による原画を修正

最近、新型コロナウイルス感染症（Novel Coronavirus disease 2019: COVID-19）の拡大が世界中で深刻な問題となっています。早急にこの新型ウイルス（Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2: SARS-CoV-2）を理解し有効な薬を開発するため，関連するタンパク質の構造研究は既に始まっています。そして，解明された構造はPDBに登録されていっています。PDBjでは利用者の利便を図るため，新型コロナウイルス特集ページを作成しました。新たなエントリーが毎週水曜日の週次更新で公開されると、同時にこのページにも追加されます。

またこのウイルスのタンパク質に関する解説記事を以下の「今月の分子」ページに掲載しています。

「全エントリー」のタブでは，同じ著者によるグループ登録のエントリーも全て区別し，すべてのPDB IDを省略せず表示しています。 「代表構造」タブには最も分解能の高い代表構造のみを表示しており，アミノ酸配列が100%同じPDBエントリーはリガンドが異なるものも含め除外してあります。 「最新のエントリー」のタブは，今週公開された最も新しいエントリーです。

作成日: 2020-09-03 (最終更新日: more than 1 year ago)

全エントリー (5197)代表構造 (2266)最新のエントリー (44)

5RV1

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000251609
分子名称:	Non-structural protein 3, trifluoroacetic acid
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RV2

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000311783
分子名称:	N-benzylpyrazine-2-carboxamide, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.01 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RV3

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000057162
分子名称:	(5-methoxy-1H-indol-3-yl)acetic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.02 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RV4

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000039224
分子名称:	Non-structural protein 3, quinolin-3-amine
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RV5

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000008578948
分子名称:	BENZOFURO[3,2-D]PYRIMIDIN-4(3H)-ONE, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RV6

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000158540
分子名称:	1,3-benzodioxole-5-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RV7

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000003954002
分子名称:	1H-indazol-3-amine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RV8

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000039575
分子名称:	6-methylpyridine-3-carboxamide, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RV9

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000388150
分子名称:	4-tert-butylbenzene-1,2-diol, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-10-16
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVA

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000016343276
分子名称:	3-HYDROXY-2-METHYLQUINOLIN-4(1H)-ONE, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVB

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000014419577
分子名称:	2-aminopteridine-4,7(3H,8H)-dione, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVC

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000933940912
分子名称:	(1R,5R)-N-methyl-N-(1H-pyrazol-4-yl)bicyclo[3.1.0]hexane-1-carboxamide, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVD

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000263980802
分子名称:	4-[(2R)-2-cyclobutylpyrrolidin-1-yl]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVE

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000736709772
分子名称:	Non-structural protein 3, {[(2S)-1-oxo-1-(2-oxoimidazolidin-1-yl)propan-2-yl]sulfanyl}acetic acid
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVF

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000082473428_N3
分子名称:	3-{[(2R)-oxolan-2-yl]methyl}-3H-purin-6-amine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVG

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000400552187_N3
分子名称:	3-{3-[(3S)-oxolan-3-yl]propyl}-3H-purin-6-amine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVH

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000265642
分子名称:	Non-structural protein 3, quinoline-3-carboxylic acid
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (0.98 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVI

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000084843283
分子名称:	CHLORZOXAZONE, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (0.94 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVJ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000001612349
分子名称:	6-amino-2H-chromen-2-one, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.C, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-10-02
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.2 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVK

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000002977810
分子名称:	7-bromo-5-methyl-1H-indole-2,3-dione, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.C, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-10-02
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.46 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVL

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000149580
分子名称:	4-METHYLPYRIDIN-2-AMINE, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.C, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-10-02
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.36 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVM

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000157088
分子名称:	4-HYDROXYBENZAMIDE, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.C, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-10-02
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.03 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVN

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000332748
分子名称:	4-METHOXYBENZOIC ACID, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.C, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-10-02
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.26 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVO

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000013514509
分子名称:	2-AMINOQUINAZOLIN-4(3H)-ONE, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.C, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-10-02
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.52 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RVP

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000154817
分子名称:	ISOQUINOLIN-1-AMINE, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.C, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-10-02
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.04 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

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