新型コロナウイルスの構造情報

コロナウイルス, 2020. David S. Goodsell@RCSB PDB による原画を修正

最近、新型コロナウイルス感染症（Novel Coronavirus disease 2019: COVID-19）の拡大が世界中で深刻な問題となっています。早急にこの新型ウイルス（Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2: SARS-CoV-2）を理解し有効な薬を開発するため，関連するタンパク質の構造研究は既に始まっています。そして，解明された構造はPDBに登録されていっています。PDBjでは利用者の利便を図るため，新型コロナウイルス特集ページを作成しました。新たなエントリーが毎週水曜日の週次更新で公開されると、同時にこのページにも追加されます。

またこのウイルスのタンパク質に関する解説記事を以下の「今月の分子」ページに掲載しています。

「全エントリー」のタブでは，同じ著者によるグループ登録のエントリーも全て区別し，すべてのPDB IDを省略せず表示しています。 「代表構造」タブには最も分解能の高い代表構造のみを表示しており，アミノ酸配列が100%同じPDBエントリーはリガンドが異なるものも含め除外してあります。 「最新のエントリー」のタブは，今週公開された最も新しいエントリーです。

作成日: 2020-09-03 (最終更新日: more than 1 year ago)

全エントリー (4587)代表構造 (2051)最新のエントリー (14)

5RUC

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000005878
分子名称:	NICOTINAMIDE, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUD

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000008615114
分子名称:	4-chloro-1,3-benzothiazol-2-amine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUE

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000000922
分子名称:	2-HYDROXY-4-AMINOBENZOIC ACID, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.02 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUF

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000016989831
分子名称:	6-chloro-1,3-benzothiazol-2-amine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUG

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000038389
分子名称:	NAPHTHYLOXYACETIC ACID, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUH

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000123600
分子名称:	(2,6-dichlorophenoxy)acetic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUI

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000332651
分子名称:	Non-structural protein 3, isoquinolin-1(2H)-one
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUJ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000404314
分子名称:	(5-bromo-1H-indol-3-yl)acetic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.01 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUK

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000161692
分子名称:	2-(1,2-benzoxazol-3-yl)ethanoic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUL

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000163774
分子名称:	4,6-dimethylpyrimidin-2-amine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUM

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000008861082
分子名称:	3-(3-oxo-3,4-dihydroquinoxalin-2-yl)propanoic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUN

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000194295
分子名称:	3-(1H-benzimidazol-1-yl)propanoic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUO

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000001683100
分子名称:	4-chloro-1H-indole-2-carboxylic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUP

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000004976927
分子名称:	Non-structural protein 3, [3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl]acetic acid
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUQ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000032199226
分子名称:	1H-indole-4-carboxamide, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUR

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000017744334
分子名称:	6-fluoro-1,3-benzothiazol-2-amine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUS

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000388081
分子名称:	HISTAMINE, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUT

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000161958
分子名称:	ATROLACTIC ACID (2-PHENYL-LACTIC ACID), Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUU

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000438614
分子名称:	N-(1,3,4-thiadiazol-2-yl)benzenesulfonamide, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.01 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUV

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000019015194
分子名称:	1-(pyridin-2-yl)-1,4-diazepane, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUW

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000045014941
分子名称:	3-{[(3-methyl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)methyl]carbamoyl}benzoic acid, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUX

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000002020050
分子名称:	1,3-dihydro-2H-indol-2-one, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUY

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000013517187
分子名称:	Non-structural protein 3, XANTHINE
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RUZ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000019685960
分子名称:	4-(1H-pyrazol-3-yl)piperidine, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

5RV0

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ZINC000000039994
分子名称:	N-(1,3-thiazol-2-yl)benzamide, Non-structural protein 3
著者	Correy, G.J, Young, I.D, Thompson, M.C, Fraser, J.S.
登録日	2020-09-28
公開日	2020-12-16
最終更新日	2024-05-22
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1 Å)
主引用文献	Fragment binding to the Nsp3 macrodomain of SARS-CoV-2 identified through crystallographic screening and computational docking. Sci Adv, 7, 2021

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