+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6q1e | |||||||||
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Title | Inferred precursor (UCA) of the human antibody lineage 652 | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody | |||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | |||||||||
Authors | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2019 Title: Affinity maturation in a human humoral response to influenza hemagglutinin. Authors: McCarthy, K.R. / Raymond, D.D. / Do, K.T. / Schmidt, A.G. / Harrison, S.C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6q1e.cif.gz | 175 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6q1e.ent.gz | 144.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6q1e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6q1e_validation.pdf.gz | 431 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6q1e_full_validation.pdf.gz | 433.6 KB | Display | |
Data in XML | 6q1e_validation.xml.gz | 17.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6q1e_validation.cif.gz | 23.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6q0eC 6q0hC 6q0iC 6q0lC 6q0oC 6q18C 6q19C 6q1aC 6q1gC 6q1jC 6q1kC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 22960.219 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): 293T / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 25935.922 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): 293T / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 / Details: 5% (v/v) PEG 400, 1.4M sodium citrate pH 5.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 18, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→44.738 Å / Num. obs: 15923 / % possible obs: 99.67 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1316 / Net I/σ(I): 10.85 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.589 Å / Rmerge(I) obs: 1.031 / Num. unique obs: 1576 / CC1/2: 0.579 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→44.738 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.49
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 120.22 Å2 / Biso mean: 44.6372 Å2 / Biso min: 16.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→44.738 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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