+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6oih | |||||||||
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Title | Crystal structure of O-antigen polysaccharide ABC-transporter | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN / O-antigen polysaccharide ABC transporter | |||||||||
Function / homology | Function and homology information lipopolysaccharide transport / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Aquifex aeolicus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.85 Å | |||||||||
Authors | Bi, Y. / Zimmer, J. | |||||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2018 Title: Architecture of a channel-forming O-antigen polysaccharide ABC transporter. Authors: Bi, Y. / Mann, E. / Whitfield, C. / Zimmer, J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6oih.cif.gz | 424.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6oih.ent.gz | 356.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6oih.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6oih_validation.pdf.gz | 465.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6oih_full_validation.pdf.gz | 488.2 KB | Display | |
Data in XML | 6oih_validation.xml.gz | 37 KB | Display | |
Data in CIF | 6oih_validation.cif.gz | 49.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/6oih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/6oih | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27660.098 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: nucleotide-binding domain (UNP residues 3-236) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aquifex aeolicus (strain VF5) (bacteria) Strain: VF5 / Gene: abcT4, aq_1094 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O67181 #2: Protein | Mass: 29825.596 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aquifex aeolicus (strain VF5) (bacteria) Strain: VF5 / Gene: abcT3, aq_1095 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O67182 #3: Chemical | ChemComp-LDA / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.35 Å3/Da / Density % sol: 71.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 32% PEG400, 0.05 M sodium acetate, 0.1 M magnesium acetate, 3.6 mM decyl beta-D-maltoside |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 24, 2016 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.85→25 Å / Num. obs: 19830 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 9.6 % / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 3.85→4.22 Å / Num. unique obs: 4618 / Rpim(I) all: 0.727 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.85→24.889 Å / SU ML: 0.56 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 31.34
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.85→24.889 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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