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- PDB-6an5: Crystal Structure of The Nucelotide Binding Domain of an O-antige... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6an5
タイトルCrystal Structure of The Nucelotide Binding Domain of an O-antigen polysaccharide ABC-transporter
要素ABC transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Nucleotide Binding Domain of abcT4
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Wzt, C-terminal / Wzt C-terminal domain / ABC transporter, teichoic acids export TagH-like / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities ...Wzt, C-terminal / Wzt C-terminal domain / ABC transporter, teichoic acids export TagH-like / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.512 Å
データ登録者Zimmer, J. / Bi, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Architecture of a channel-forming O-antigen polysaccharide ABC transporter.
著者: Bi, Y. / Mann, E. / Whitfield, C. / Zimmer, J.
履歴
登録2017年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter
B: ABC transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3202
ポリマ－55,3202
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.210, 97.210, 103.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 45 or resid 47...
21(chain B and (resid 2 through 11 or resid 34...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEGLUGLU(chain A and (resid 2 through 45 or resid 47...AA2 - 451 - 44
12GLYGLYASPASP(chain A and (resid 2 through 45 or resid 47...AA47 - 13246 - 131
13PHEPHEGLYGLY(chain A and (resid 2 through 45 or resid 47...AA134 - 172133 - 171
14ALAALAALAALA(chain A and (resid 2 through 45 or resid 47...AA174173
15PHEPHELYSLYS(chain A and (resid 2 through 45 or resid 47...AA176 - 236175 - 235
21ILEILETYRTYR(chain B and (resid 2 through 11 or resid 34...BB2 - 111 - 10
22LEULEUGLUGLU(chain B and (resid 2 through 11 or resid 34...BB34 - 4533 - 44
23GLYGLYASPASP(chain B and (resid 2 through 11 or resid 34...BB47 - 13246 - 131
24PHEPHEGLYGLY(chain B and (resid 2 through 11 or resid 34...BB134 - 172133 - 171
25ALAALAALAALA(chain B and (resid 2 through 11 or resid 34...BB174173
26PHEPHELYSLYS(chain B and (resid 2 through 11 or resid 34...BB176 - 236175 - 235

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter


分子量: 27660.098 Da / 分子数: 2 / 断片: Nucelotide Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: abcT4, aq_1094 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: O67181

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 % / Mosaicity: 0.81 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: The crystal was grew in the presence of 0.4M Magnesium Nitrate, 17.5% PEG 8000, 0.1M Tris pH8.5 by sitting-drop vapor diffusion at 17C. The cryo-protection condition is 25% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月24日 / 詳細: 4*4 mosiac
放射モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.51→39.25 Å / Num. obs: 13640 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 解像度: 3.51→3.85 Å

冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible allRmerge(I) obs
5.517410.6280.4020.942100
4.85380.9970.0260.06396.50.057

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Aimlessデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.512→27.119 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 34.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3054 395 5.29 %
Rwork0.2449 --
obs0.2484 13640 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 210.55 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.512→27.119 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3585 0 0 0 3585
残基数----451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8134898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.2132194
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1952X-RAY DIFFRACTION6.66TORSIONAL
12B1952X-RAY DIFFRACTION6.66TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.5121-3.78260.39781500.326925532703
3.7826-4.1620.36951440.286226082752
4.162-4.76150.28841290.227625862715
4.7615-5.98830.32071560.246725772733
5.9883-27.11990.2571430.214925942737
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.13522.252-1.63451.8856-0.38684.2867-0.16-0.6175-1.30310.44160.04850.64620.44570.07780.11910.96370.14680.470.91230.31851.0996-40.187723.3918-3.3631
26.65442.0485-0.36795.81280.19835.84920.124-0.4821-0.1359-0.3941-0.07770.70270.37120.45990.2320.37710.0745-0.03250.57720.00190.6649-20.532138.49-17.5876
33.34321.1625-1.4685.65480.29940.71160.0231-1.4224-0.12561.48990.20460.4532-0.26030.4547-0.16080.8947-0.03580.14511.5211-0.00070.8016-33.2135.83243.5634
43.13590.9583.11592.8587-0.04094.0479-0.36931.05690.12270.07050.2716-0.47890.42341.383-0.00090.44410.18920.18410.98820.05630.7922-2.598536.1171-27.4296
53.51412.35250.03677.03010.75340.7486-0.344-0.5429-1.72820.29740.36940.0104-0.01140.5231-0.05420.80180.4596-0.10581.14890.29221.0154-1.726125.9338-8.7022
67.519-1.08136.30741.5752-0.31685.4045-0.4792-1.4644-0.4685-0.1143-0.7185-1.00540.0052-0.3583-1.8011.68440.46520.60160.70631.1831.8462-15.555812.271.2669
75.67163.5102-0.57112.3140.20022.61180.3853-1.6344-0.47850.1604-0.63070.08480.37380.66330.22271.03540.29710.00861.4080.34371.0471-4.848128.33935.6952
87.21270.8188-0.91476.34011.46323.6332-0.8288-0.66480.54280.74220.87080.2004-0.41210.562-0.11180.92710.311-0.22191.6142-0.24490.96214.601444.6468-2.9363
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 84 )A2 - 84
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 85 through 157 )A85 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 158 through 236 )A158 - 236
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 40 )B2 - 40
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 41 through 99 )B41 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 100 through 158 )B100 - 158
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 159 through 207 )B159 - 207
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 208 through 239 )B208 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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