PDB-6amx: Crystal Structure of Nucelotide Binding Domain of O-antigen polys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6amx

タイトル

Crystal Structure of Nucelotide Binding Domain of O-antigen polysaccharide ABC-transporter

要素

ABC transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Nucleotide Binding Domain from abcT4

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Zimmer, J. / Bi, Y.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Architecture of a channel-forming O-antigen polysaccharide ABC transporter.
著者: Bi, Y. / Mann, E. / Whitfield, C. / Zimmer, J.

履歴

登録	2017年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6amx.cif.gz	115.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6amx.ent.gz	89 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6amx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/6amx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/6amx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6an5C 6oihC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ebr-d 4j8l-d 3byt-2 5q4w-d 2aq1-2 1k2e-d 2hle-d 5q9t-d 2aq1-1 3hm8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: ABC transporter

ヘテロ分子

30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.220, 96.220, 60.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	ABC transporter 分子量: 27660.098 Da / 分子数: 1 / 断片: Nucelotide Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア) 株: VF5 / 遺伝子: abcT4, aq_1094 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: O67181
#2: 化合物	ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 398.489 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₉ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.84 % / Mosaicity: 0.58 °
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 41% PEG400, 0.05 M sodium acetate, 0.15 M magnesium acetate, 47 mM octyl-glucoside

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月24日 / 詳細: 4*4 mosiac

放射

モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→31.5 Å / Num. obs: 20289 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 96755 / Scaling rejects: 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 解像度: 2.05→2.11 Å

冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all	R_merge(I) obs
4.7	1607	0.824	0.614	1.37	99.3
3.7	197	0.999	0.016	0.034	70.8	0.03

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
Aimless		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.05→27.776 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 30.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2343	1004	4.65 %
R_work	0.2024	-	-
obs	0.204	20289	95.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 175.12 Å² / B_iso mean: 67.4949 Å² / B_iso min: 32.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→27.776 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1919	0	63	39	2021
B_iso mean	-	-	77.82	59.02	-
残基数	-	-	-	-	239

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2015
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.859	2682
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	291
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	331
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.437	1210

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.0502-2.1056		0.4363	143		2842	97
2.1056-2.1675		0.3382	160		2756	97
2.1675-2.2375		0.3065	98		2901	97
2.2375-2.3174		0.3201	120		2829	97
2.3174-2.4101		0.2895	151		2769	96
2.4101-2.5197		0.2427	164		2747	95
2.5197-2.6525		0.2798	134		2801	96
2.6525-2.8185		0.2583	140		2789	97
2.8185-3.0359		0.2335	134		2781	96
3.0359-3.341		0.2416	127		2807	96
3.341-3.8233		0.2009	126		2777	95
3.8233-4.8129		0.1883	141	0.1561	2754	95
	4.8129	0.2261	128	0.18	2623	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3222	0.2859	-0.309	4.1503	0.914	3.4696	0.2515	-0.4887	0.8503	0.1229	-0.1028	-0.1492	-1.9366	0.1194	-0.0716	0.979	-0.1362	-0.0209	0.5407	-0.0223	0.7066	33.926	-10.2408	4.9775
2	3.6221	0.5838	-1.1035	1.1187	-0.758	3.9786	-0.1222	0.3197	0.182	-0.2451	0.1842	0.3437	0.3173	-0.7786	-0.0455	0.3929	-0.0823	-0.0659	0.4339	-0.0021	0.322	14.7277	-32.1079	-2.4176
3	2.3915	2.9926	-0.3679	6.2109	1.0623	1.5994	0.1193	-0.2583	-0.7635	0.7022	-0.1583	-0.0062	0.9454	0.273	0.0928	0.6472	-0.0844	0.0067	0.6306	0.0523	0.4301	21.2296	-37.6995	-2.3135
4	9.7443	1.7303	-2.9586	6.3913	-2.3919	8.0006	-0.1589	0.2082	-1.1516	0.3205	0.0964	-0.0487	1.0511	-0.2825	0.0587	0.6829	-0.1468	-0.024	0.3595	-0.065	0.523	19.5022	-45.0262	-7.8345
5	8.6526	1.5517	0.3636	3.7754	0.1346	3.3371	0.232	0.015	-0.2534	0.0663	-0.1701	-0.2978	0.6699	0.3576	0.0233	0.3986	0.0444	-0.0069	0.4421	0.0263	0.2278	35.7111	-35.7217	-5.9843
6	-0.0325	0.0234	0.0599	1.3321	2.8251	8.1908	0.2139	-0.1201	-0.5636	0.0247	-0.4661	-0.8518	0.695	1.4675	-0.3395	0.5157	0.1146	-0.1148	0.8047	0.1	0.4766	46.5589	-36.2292	-0.1087

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 40 )	A	2 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 41 through 157 )	A	41 - 157
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 158 through 175 )	A	158 - 175
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 176 through 189 )	A	176 - 189
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 190 through 224 )	A	190 - 224
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 225 through 240 )	A	225 - 240

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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