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- PDB-4ebr: Crystal structure of Autophagic E2, Atg10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ebr
タイトルCrystal structure of Autophagic E2, Atg10
要素Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG10
キーワードLIGASE / E2-Conjugating enzyme / Autophagy / protein binding / Atg3 / Atg5 / Atg7 / Atg12 / Thiolation
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg12 transferase activity / protein modification by small protein conjugation / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / phagophore assembly site membrane / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / macroautophagy
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like-conjugating enzyme Atg10 / Yope Regulator; Chain: A, - #50 / Ubiquitin-like-conjugating enzyme Atg3/Atg10 / Autophagocytosis associated protein, active-site domain / Yope Regulator; Chain: A, / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Hong, S.B. / Kim, B.W. / Kim, J.H. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure of the autophagic E2 enzyme Atg10
著者: Hong, S.B. / Kim, B.W. / Kim, J.H. / Song, H.K.
履歴
登録2012年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG10
B: Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6204
ポリマ－40,2192
非ポリマー4012
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area16020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.833, 127.833, 169.589
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-317-

HOH

21B-304-

HOH

31B-315-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG10 / Autophagy-related protein 10


分子量: 20109.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508, S288c / 遺伝子: ATG10, APG10, YLL042C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q07879, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50mM bis-Tris-HCl (pH 6.15), 3M NaCl, 1mM 1,4-diacetoxymercury-2,3-dimetoxybutane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 4A10.97951, 0.97966, 0.96
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2009年11月7日
ADSC QUANTUM 2102CCD2010年2月8日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monochromatorMADMx-ray1
2double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979511
20.979661
30.961
411
反射解像度: 2.701→27.835 Å / Num. all: 23338 / Num. obs: 23007 / % possible obs: 98.58 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.701→27.835 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2511 1886 8.67 %random
Rwork0.2107 ---
obs0.224 21751 94.34 %-
all-23056 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.819 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7844 Å20 Å2-0 Å2
2--0.7844 Å20 Å2
3----1.5688 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→27.835 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2604 0 2 36 2642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4183636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.726964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007450
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7012-2.77420.36011210.316129582
2.7742-2.85580.32751240.3086136086
2.8558-2.94780.33351440.2662153896
2.9478-3.05310.27961440.253155098
3.0531-3.17520.30191460.2412152796
3.1752-3.31940.24961470.2319150494
3.3194-3.49410.24811410.2129146793
3.4941-3.71260.26291440.2097154495
3.7126-3.99850.20461520.1779154596
3.9985-4.39940.19391500.1653156997
4.3994-5.03280.17431520.1482161598
5.0328-6.32850.21171570.2088164399
6.3285-27.83670.24991640.2386170896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.2972-3.81390.486.21772.07026.42290.0233-0.0441.1589-0.61320.5121-0.8412-1.12390.6925-0.52420.7524-0.13290.08550.4343-0.13790.47466.748460.9172113.8053
23.9434-3.757-3.40383.79533.60625.13650.0363-0.0538-0.0463-0.11160.2254-0.09190.11230.7918-0.25750.50720.0344-0.01550.5105-0.05680.355669.176245.0089108.3175
31.6746-0.9461-0.9330.59840.46930.53230.0703-1.7062-0.41720.5579-0.4314-1.3010.492-0.14870.25371.21570.0436-0.03321.03040.25431.040261.554438.783119.4785
44.194-0.08971.90457.7535.67168.9192-0.0218-0.51560.11590.47650.31770.0563-0.2252-0.3791-0.28640.41290.1028-0.00390.47040.06330.316961.71252.9009118.7661
53.9089-2.90681.07483.1390.79344.743-0.2503-1.21760.37591.09220.06860.92750.479-0.1020.42260.48140.18130.08760.5446-0.01810.452137.039542.6006121.6993
65.3534-0.0882-1.07836.7761.29743.9116-0.09060.4659-0.6392-0.0844-0.4680.99810.6096-0.45340.44010.33160.10230.07530.3602-0.12840.608536.89435.6351108.5384
71.4547-2.4525-1.43675.23814.81076.87560.36190.3039-0.2359-0.52980.0375-0.0207-0.29940.1642-0.48020.46380.13970.02170.49-0.06950.637145.195134.918995.7244
80.2013-0.0921-0.43450.10340.4772.33040.33211.68060.4826-1.3565-1.2013-0.35150.4556-0.83081.43871.02060.1968-0.04650.9618-0.21791.120244.97149.917498.7665
97.042-3.3638-2.42042.71923.55836.4189-0.14810.03530.34370.49880.264-0.55410.10810.4563-0.2380.3867-0.0070.0280.4949-0.04510.434247.212442.6096107.7213
108.1702-3.6846-2.796.84071.41538.6991-0.5371-0.12540.43380.0382-0.13080.3783-0.89190.28050.32530.30.07630.040.3003-0.04960.516833.363649.8118113.2625
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ -1:31)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 32:106)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 107:118)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 119:165)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ -1:17)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 18:74)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 75:105)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 106:118)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 119:137)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 138:165)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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