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- PDB-3r8b: Crystal structure of Staphylococcal Enterotoxin B in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r8b
タイトルCrystal structure of Staphylococcal Enterotoxin B in complex with an affinity matured mouse TCR VBeta8.2 protein, G5-8
要素
  • Enterotoxin type B
  • G5-8
キーワードTOXIN/IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin-like / OB-fold / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enterotoxin type B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Bonsor, D.A. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Molecular basis of a million-fold affinity maturation process in a protein-protein interaction.
著者: Bonsor, D.A. / Postel, S. / Pierce, B.G. / Wang, N. / Zhu, P. / Buonpane, R.A. / Weng, Z. / Kranz, D.M. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2011年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Enterotoxin type B
B: G5-8
C: Enterotoxin type B
D: G5-8
E: Enterotoxin type B
F: G5-8
G: Enterotoxin type B
H: G5-8
I: Enterotoxin type B
J: G5-8
K: Enterotoxin type B
L: G5-8
M: Enterotoxin type B
N: G5-8
O: Enterotoxin type B
P: G5-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,02355
ポリマ－337,86116
非ポリマー2,16239
水00
1
A: Enterotoxin type B
B: G5-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5668
ポリマ－42,2332
非ポリマー3336
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area16020 Å2
手法PISA
2
C: Enterotoxin type B
D: G5-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5358
ポリマ－42,2332
非ポリマー3036
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area16080 Å2
手法PISA
3
E: Enterotoxin type B
F: G5-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4295
ポリマ－42,2332
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16040 Å2
手法PISA
4
G: Enterotoxin type B
H: G5-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4646
ポリマ－42,2332
非ポリマー2324
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area16010 Å2
手法PISA
5
I: Enterotoxin type B
J: G5-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6019
ポリマ－42,2332
非ポリマー3687
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area16630 Å2
手法PISA
6
K: Enterotoxin type B
L: G5-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4646
ポリマ－42,2332
非ポリマー2324
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16090 Å2
手法PISA
7
M: Enterotoxin type B
N: G5-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5007
ポリマ－42,2332
非ポリマー2675
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area16050 Å2
手法PISA
8
O: Enterotoxin type B
P: G5-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4646
ポリマ－42,2332
非ポリマー2324
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.954, 160.370, 186.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
51I
61K
71M
81O
12B
22D
32F
42H
52J
62L
72N
82P

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 16
2111C1 - 16
3111E1 - 16
4111G1 - 16
5111I1 - 16
6111K1 - 16
7111M1 - 16
8111O1 - 16
1216A17 - 32
2216C17 - 32
3216E17 - 32
4216G17 - 32
5216I17 - 32
6216K17 - 32
7216M17 - 32
8216O17 - 32
1311A33 - 55
2311C33 - 55
3311E33 - 55
4311G33 - 55
5311I33 - 55
6311K33 - 55
7311M33 - 55
8311O33 - 55
1416A56 - 61
2416C56 - 61
3416E56 - 61
4416G56 - 61
5416I56 - 61
6416K56 - 61
7416M56 - 61
8416O56 - 61
1511A62 - 85
2511C62 - 85
3511E62 - 85
4511G62 - 85
5511I62 - 85
6511K62 - 85
7511M62 - 85
8511O62 - 85
1616A86 - 111
2616C86 - 111
3616E86 - 111
4616G86 - 111
5616I86 - 111
6616K86 - 111
7616M86 - 111
8616O86 - 111
1711A112 - 174
2711C112 - 174
3711E112 - 174
4711G112 - 174
5711I112 - 174
6711K112 - 174
7711M112 - 174
8711O112 - 174
1816A175 - 179
2816C175 - 179
3816E175 - 179
4816G175 - 179
5816I175 - 179
6816K175 - 179
7816M175 - 179
8816O175 - 179
1911A180 - 204
2911C180 - 204
3911E180 - 204
4911G180 - 204
5911I180 - 204
6911K180 - 204
7911M180 - 204
8911O180 - 204
11016A205 - 211
21016C205 - 211
31016E205 - 211
41016G205 - 211
51016I205 - 211
61016K205 - 211
71016M205 - 211
81016O205 - 211
11111A212 - 239
21111C212 - 239
31111E212 - 239
41111G212 - 239
51111I212 - 239
61111K212 - 239
71111M212 - 239
81111O212 - 239
1121B1 - 25
2121D1 - 25
3121F1 - 25
4121H1 - 25
5121J1 - 25
6121L1 - 25
7121N1 - 25
8121P1 - 25
1226B26 - 32
2226D26 - 32
3226F26 - 32
4226H26 - 32
5226J26 - 32
6226L26 - 32
7226N26 - 32
8226P26 - 32
1321B33 - 45
2321D33 - 45
3321F33 - 45
4321H33 - 45
5321J33 - 45
6321L33 - 45
7321N33 - 45
8321P33 - 45
1426B46 - 58
2426D46 - 58
3426F46 - 58
4426H46 - 58
5426J46 - 58
6426L46 - 58
7426N46 - 58
8426P46 - 58
1521B59 - 62
2521D59 - 62
3521F59 - 62
4521H59 - 62
5521J59 - 62
6521L59 - 62
7521N59 - 62
8521P59 - 62
1626B63 - 73
2626D63 - 73
3626F63 - 73
4626H63 - 73
5626J63 - 73
6626L63 - 73
7626N63 - 73
8626P63 - 73
1721B74 - 113
2721D74 - 113
3721F74 - 113
4721H74 - 113
5721J74 - 113
6721L74 - 113
7721N74 - 113
8721P74 - 113

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Enterotoxin type B / SEB


分子量: 28411.064 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: entB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01552
#2: タンパク質
G5-8


分子量: 13821.528 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Gel-filtered SEB/G5-8 complex at 2.5 mg/ml in 100 mM sodium chloride, 50 mM Tris, pH 7.5. 1:1 protein to reservoir solution containing 6.5% PEG8000, 10 mM zinc sulfate, 100 mM ammonium ...詳細: Gel-filtered SEB/G5-8 complex at 2.5 mg/ml in 100 mM sodium chloride, 50 mM Tris, pH 7.5. 1:1 protein to reservoir solution containing 6.5% PEG8000, 10 mM zinc sulfate, 100 mM ammonium sulfate, 1% glycerol, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5. Microseeded using crystals grown in same condition without ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月4日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→121.531 Å / Num. all: 69820 / Num. obs: 66122 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.9 % / Rsym value: 0.199 / Net I/σ(I): 16.75
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.793 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3SEB AND 2ICW

3seb

2icw


解像度: 2.95→46.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 19.399 / SU ML: 0.363 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.489 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26547 3244 5 %RANDOM
Rwork0.24607 ---
all0.24705 66380 --
obs0.24705 61375 92.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.936 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å20 Å20 Å2
2--0.93 Å20 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→46.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21868 0 43 0 21911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02222378
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0215152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.95130192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.852336891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4152668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.16724.7281123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.7153911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1961584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.23176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0224840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5181.513383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.081.55460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.009221554
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.22238995
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1194.58638
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
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11C2435tight positional0.030.05
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11M2435tight positional0.030.05
11O2435tight positional0.040.05
22B968tight positional0.040.05
22D968tight positional0.040.05
22F968tight positional0.040.05
22H968tight positional0.030.05
22J968tight positional0.040.05
22L968tight positional0.040.05
22N968tight positional0.040.05
22P968tight positional0.030.05
11A663loose positional0.035
11C663loose positional0.035
11E663loose positional0.035
11G663loose positional0.035
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11O663loose positional0.035
22B443loose positional0.035
22D443loose positional0.035
22F443loose positional0.045
22H443loose positional0.035
22J443loose positional0.045
22L443loose positional0.035
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11A2435tight thermal0.080.5
11C2435tight thermal0.060.5
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11I2435tight thermal0.060.5
11K2435tight thermal0.060.5
11M2435tight thermal0.060.5
11O2435tight thermal0.080.5
22B968tight thermal0.070.5
22D968tight thermal0.070.5
22F968tight thermal0.070.5
22H968tight thermal0.070.5
22J968tight thermal0.070.5
22L968tight thermal0.070.5
22N968tight thermal0.070.5
22P968tight thermal0.070.5
11A663loose thermal0.0710
11C663loose thermal0.0610
11E663loose thermal0.0710
11G663loose thermal0.0710
11I663loose thermal0.0710
11K663loose thermal0.0710
11M663loose thermal0.0710
11O663loose thermal0.0810
22B443loose thermal0.0610
22D443loose thermal0.0710
22F443loose thermal0.0710
22H443loose thermal0.0710
22J443loose thermal0.0710
22L443loose thermal0.0810
22N443loose thermal0.0810
22P443loose thermal0.0610
LS精密化 シェル解像度: 2.952→3.029 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 256 -
Rwork0.292 4687 -
obs--96.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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