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- PDB-3owe: Crystal Structure of Staphylococcal Enterotoxin G (SEG) in Comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3owe
タイトルCrystal Structure of Staphylococcal Enterotoxin G (SEG) in Complex with a High Affinity Mutant Mouse T-cell Receptor Chain
要素
  • Beta-chain
  • Enterotoxin SEG
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-CELL RECEPTOR V BETA DOMAIN / COMPLEX STRUCTURE / IgG domains / B grasp / virulence factors
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell receptor complex / toxin activity / adaptive immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal ...Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-chain / Enterotoxin SEG / Enterotoxin type Gv
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Fernandez, M.M. / Cho, S. / Robinson, H. / Mariuzza, R.A. / Malchiodi, M.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of staphylococcal enterotoxin G (SEG) in complex with a mouse T-cell receptor {beta} chain.
著者: Fernandez, M.M. / Cho, S. / De Marzi, M.C. / Kerzic, M.C. / Robinson, H. / Mariuzza, R.A. / Malchiodi, E.L.
履歴
登録2010年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-chain
B: Enterotoxin SEG
C: Beta-chain
D: Enterotoxin SEG
E: Beta-chain
F: Enterotoxin SEG
G: Beta-chain
H: Enterotoxin SEG
I: Beta-chain
J: Enterotoxin SEG
K: Beta-chain
L: Enterotoxin SEG
M: Beta-chain
N: Enterotoxin SEG
O: Beta-chain
P: Enterotoxin SEG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,51216
ポリマ－313,51216
非ポリマー00
水3,261181
1
A: Beta-chain
B: Enterotoxin SEG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1892
ポリマ－39,1892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Beta-chain
D: Enterotoxin SEG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1892
ポリマ－39,1892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Beta-chain
F: Enterotoxin SEG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1892
ポリマ－39,1892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Beta-chain
H: Enterotoxin SEG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1892
ポリマ－39,1892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Beta-chain
J: Enterotoxin SEG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1892
ポリマ－39,1892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Beta-chain
L: Enterotoxin SEG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1892
ポリマ－39,1892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: Beta-chain
N: Enterotoxin SEG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1892
ポリマ－39,1892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
O: Beta-chain
P: Enterotoxin SEG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1892
ポリマ－39,1892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.205, 141.205, 255.751
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
Beta-chain


分子量: 12100.324 Da / 分子数: 8 / 断片: VARIABLE DOMAIN
変異: G17E, A52V, S54N, K66E, Q72H, E80V, L81S, T87S, G96V
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A2NTY6
#2: タンパク質
Enterotoxin SEG


分子量: 27088.725 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pET 22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (D13) / 参照: UniProt: D0EMB6, UniProt: Q9ZNF2*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium citrate, 30% iso-propanol and 0.1 M sodium cacodylate, Protein concentration: 3.25 mg/ml in the drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.5

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月1日
詳細: Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror.
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 152700 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(F): 2.046 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.111

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AQ3

2aq3


解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 8.387 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 7666 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs-144940 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.069 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21499 0 0 181 21680
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.02222011
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6631.95229748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.47452651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.22124.7081043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.026153782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5951580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.180.23195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.29443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3370.215022
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.21035
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2790.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3040.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6531.513795
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.692221592
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.83239625
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5134.58156
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 523 -
Rwork0.306 10462 -
obs--97.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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