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- PDB-5etf: Structure of dead kinase MAPK14 with bound the KIM domain of MKK6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5etf
タイトルStructure of dead kinase MAPK14 with bound the KIM domain of MKK6
要素
  • Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
  • Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / MAPK14 / MKk6 / KIM domain / peptide-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sorbitol / ovulation cycle process / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / JUN kinase kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase / positive regulation of prostaglandin secretion / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / negative regulation of cold-induced thermogenesis ...cellular response to sorbitol / ovulation cycle process / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / JUN kinase kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase / positive regulation of prostaglandin secretion / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / regulation of synaptic membrane adhesion / CD163 mediating an anti-inflammatory response / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / positive regulation of myoblast fusion / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation / cellular response to UV-B / positive regulation of muscle cell differentiation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / Platelet sensitization by LDL / Myogenesis / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / D-glucose import / PI5P Regulates TP53 Acetylation / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / fatty acid oxidation / MAP kinase kinase activity / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / response to dietary excess / Uptake and function of anthrax toxins / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / signal transduction in response to DNA damage / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / skeletal muscle tissue development / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cardiac muscle contraction / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / regulation of signal transduction by p53 class mediator / response to ischemia / positive regulation of D-glucose import / cellular response to ionizing radiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / stem cell differentiation / response to insulin / placenta development / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / cell morphogenesis / PKR-mediated signaling / bone development / cellular response to virus / platelet activation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of protein import into nucleus / Interleukin-1 signaling / glucose metabolic process / spindle pole / chemotaxis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / osteoblast differentiation / cellular senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / secretory granule lumen / Oxidative Stress Induced Senescence / angiogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pellegrini, E. / Palencia, A. / Braun, L. / Kapp, U. / Bougdour, A. / Belrhali, H. / Bowler, M.W. / Hakimi, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Subversion of MAP Kinase Signaling by an Intrinsically Disordered Parasite Secreted Agonist.
著者: Pellegrini, E. / Palencia, A. / Braun, L. / Kapp, U. / Bougdour, A. / Belrhali, H. / Bowler, M.W. / Hakimi, M.A.
履歴
登録2015年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22017年1月18日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9992
ポリマ－42,9992
非ポリマー00
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area17640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.383, 82.383, 123.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-406-

HOH

21A-586-

HOH

31A-615-

HOH

41A-616-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / ...MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / MAX-interacting protein 2 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Stress-activated protein kinase 2a / SAPK2a


分子量: 41371.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2, SAPK2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 / MAPKK 6 / MAPK/ERK kinase 6 / MEK 6 / Stress-activated protein kinase kinase 3 / SAPKK3


分子量: 1628.015 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 4-18 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P52564, mitogen-activated protein kinase kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% (w/v) PEG 3350 and 0.1 mM Bis-Tris pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 32069 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→46.655 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.78 / 位相誤差: 22.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 1634 5.1 %
Rwork0.1629 --
obs0.1662 32069 87.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2790 0 0 223 3013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082918
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9293962
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6291769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.47070.2991840.26111403X-RAY DIFFRACTION49
2.4707-2.55040.33291010.24571664X-RAY DIFFRACTION58
2.5504-2.64160.2887820.24022006X-RAY DIFFRACTION68
2.6416-2.74730.26881570.22432436X-RAY DIFFRACTION85
2.7473-2.87240.27641290.20522824X-RAY DIFFRACTION98
2.8724-3.02380.29811880.19952859X-RAY DIFFRACTION99
3.0238-3.21320.22751540.1912852X-RAY DIFFRACTION99
3.2132-3.46120.24631520.16772873X-RAY DIFFRACTION99
3.4612-3.80940.22321540.13832861X-RAY DIFFRACTION99
3.8094-4.36020.17351430.12232908X-RAY DIFFRACTION99
4.3602-5.49210.18561520.12142878X-RAY DIFFRACTION100
5.4921-46.66380.20181380.14392871X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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