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万見
- PDB-2aq3: Crystal structure of T-cell receptor V beta domain variant comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aq3
タイトルCrystal structure of T-cell receptor V beta domain variant complexed with superantigen SEC3
要素
  • Enterotoxin type C-3
  • T-cell receptor beta chain V
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-CELL RECEPTOR V BETA DOMAIN / STAPHLOCOCCAL ENTEROTOXIN C3 / COMPLEX STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell receptor complex / toxin activity / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / : / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / : / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell receptor beta chain V region C5 / Enterotoxin type C-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cho, S. / Swaminathan, C.P. / Yang, J. / Kerzic, M.C. / Guan, R. / Kieke, M.C. / Kranz, D.M. / Mariuzza, R.A. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Structural basis of affinity maturation and intramolecular cooperativity in a protein-protein interaction.
著者: Cho, S. / Swaminathan, C.P. / Yang, J. / Kerzic, M.C. / Guan, R. / Kieke, M.C. / Kranz, D.M. / Mariuzza, R.A. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2005年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 600HETEROGEN PORTIONS OF THE DENSITY WAS COMPRISED OF PEG BUT THE COMPLETE MOLECULE COULD NOT BE TRACED.
Remark 999SEQUENCE NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE FOR THE CHAINS A, C, E and G AT THE ...SEQUENCE NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE FOR THE CHAINS A, C, E and G AT THE TIME OF PROCESSING THIS ENTRY. TWO SEC3 WILD TYPE RESIDUES AT POSITIONS 100 AND 101 IN THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE (NV) WERE REMOVED IN CHAINS B, D, F AND H.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell receptor beta chain V
B: Enterotoxin type C-3
C: T-cell receptor beta chain V
D: Enterotoxin type C-3
E: T-cell receptor beta chain V
F: Enterotoxin type C-3
G: T-cell receptor beta chain V
H: Enterotoxin type C-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,1258
ポリマ－158,1258
非ポリマー00
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.160, 70.460, 98.370
Angle α, β, γ (deg.)74.18, 75.76, 88.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
T-cell receptor beta chain V


分子量: 12121.383 Da / 分子数: 4 / 変異: G17E, L81S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P04213
#2: タンパク質
Enterotoxin type C-3 / SEC3


分子量: 27409.756 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: entC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0L5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M tri-ammonium citrate, 0.3% dioxane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 63758 / % possible obs: 73.66 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / % possible all: 73.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 13.176 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Due to the limited electron densities in a few regions, some adjacent residues in the structure appear to be linked by long C-N linkages. ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Due to the limited electron densities in a few regions, some adjacent residues in the structure appear to be linked by long C-N linkages. These include G63 and Y65 in chains A, C, E; residues Y101 and F108 in chains A, C, E; residues V101 and V102 in chain H.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 3394 5.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.212 ---
obs0.209 63758 94.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.433 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.66 Å2-1.17 Å20.63 Å2
2--0.57 Å20.54 Å2
3----2.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10965 0 0 198 11163
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0420.02211296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.5311.96215201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.7851357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.16925.238546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.317151968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2041532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2240.21604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.028524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.320.25354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3430.27057
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2510.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3650.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.330.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7951.57229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.865210965
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.48135030
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2244.54236
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 180 -
Rwork0.286 3699 -
all-3879 -
obs--73.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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