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- PDB-6oih: Crystal structure of O-antigen polysaccharide ABC-transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oih
タイトルCrystal structure of O-antigen polysaccharide ABC-transporter
要素
  • ABC transporterATP-binding cassette transporter
  • Transport permease protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / O-antigen polysaccharide ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide transport / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Wzt, C-terminal / Wzt C-terminal domain / : / ABC transporter integral membrane type-2 domain profile. / ABC transporter, teichoic acids export TagH-like / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Wzt, C-terminal / Wzt C-terminal domain / : / ABC transporter integral membrane type-2 domain profile. / ABC transporter, teichoic acids export TagH-like / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter / Transport permease protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Bi, Y. / Zimmer, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Architecture of a channel-forming O-antigen polysaccharide ABC transporter.
著者: Bi, Y. / Mann, E. / Whitfield, C. / Zimmer, J.
履歴
登録2019年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年4月17日ID: 6AN7
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter
B: ABC transporter
D: Transport permease protein
C: Transport permease protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,80712
ポリマ－114,9714
非ポリマー1,8358
水0
1
A: ABC transporter
D: Transport permease protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1745
ポリマ－57,4862
非ポリマー6883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ABC transporter
C: Transport permease protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6337
ポリマ－57,4862
非ポリマー1,1475
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)228.116, 228.116, 228.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter / ATP-binding cassette transporter


分子量: 27660.098 Da / 分子数: 2 / 断片: nucleotide-binding domain (UNP residues 3-236) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: abcT4, aq_1094 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67181
#2: タンパク質 Transport permease protein


分子量: 29825.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: abcT3, aq_1095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67182
#3: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド / Lauryldimethylamine oxide


分子量: 229.402 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 32% PEG400, 0.05 M sodium acetate, 0.1 M magnesium acetate, 3.6 mM decyl beta-D-maltoside

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月24日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.85→25 Å / Num. obs: 19830 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.6 % / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 3.85→4.22 Å / Num. unique obs: 4618 / Rpim(I) all: 0.727

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.85→24.889 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2966 1007 5.11 %
Rwork0.2188 --
obs0.2226 19719 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.85→24.889 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7968 0 52 0 8020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70211136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8534792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031338
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8504-4.05250.37481520.33482625X-RAY DIFFRACTION100
4.0525-4.30520.35731610.3072586X-RAY DIFFRACTION100
4.3052-4.63570.28441480.26362604X-RAY DIFFRACTION100
4.6357-5.09860.28691340.23562654X-RAY DIFFRACTION100
5.0986-5.82810.3581390.26192664X-RAY DIFFRACTION100
5.8281-7.31170.36851480.26632704X-RAY DIFFRACTION100
7.3117-24.890.2221250.14732875X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5627-3.1588-4.69658.95050.7175.68711.1430.29961.3393-0.56660.28260.7889-0.3547-0.9549-1.3021.4154-0.1029-0.14981.92610.14991.9807-6.338725.279766.1582
29.3271-3.323.0655.22843.19347.1711-0.7353-0.8723-0.9658-0.96571.04490.0924-0.547-0.6103-0.61641.1397-0.32970.34811.2113-0.05751.93298.254912.829159.9536
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52.93721.219-0.21212.9884-0.98860.4192-0.3156-2.28940.53210.29110.0366-2.56960.44730.0893-0.19382.0242-0.29350.41452.3279-0.60142.144710.8655-7.112857.5357
68.3931-2.9353-6.16946.7218-2.06998.1581-0.9013-2.1074-2.36360.2953-0.3182-1.5951.97211.63340.14661.11430.2353-0.3841.8178-0.3872.550318.24397.79867.3897
77.89613.11652.60575.38363.39863.2507-1.08460.71680.0520.77990.3082-1.36911.57460.98580.09362.13270.3229-0.28470.86960.2151.3031-15.8042-26.706375.4563
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93.24371.62940.2536.4440.47595.48880.2376-0.1959-0.72871.9515-0.7976-2.1678-1.2666-0.26550.0481.5509-0.2766-0.7921.5517-0.14211.1228-12.33581.192681.8274
109.18983.0475-4.983.336-3.64454.4086-0.7863-1.50560.07252.96980.4662-2.1174-0.96322.39610.16971.5226-0.327-0.65842.3818-0.43432.2796-10.44535.913593.6008
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128.862-2.41191.31694.60293.31924.941.05833.0627-1.04990.135-2.5706-0.8006-1.5364-1.7421.36961.64220.3498-0.60252.2922-0.03591.6886-1.889-9.431487.0918
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156.60696.32417.46386.06867.09098.5823-1.02671.0378-2.28741.22893.4652-1.0259-1.08893.9159-2.59231.88980.5951-0.51432.3924-0.16171.70090.3927-29.030285.72
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21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 166 through 193 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 194 through 203 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 204 through 223 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 224 through 255 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 2 through 29 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 30 through 57 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 58 through 99 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 100 through 133 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 134 through 255 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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