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Yorodumi- PDB-6h62: QTRT1, the catalytic subunit of murine tRNA-Guanine Transglycosylase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6h62 | ||||||
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Title | QTRT1, the catalytic subunit of murine tRNA-Guanine Transglycosylase | ||||||
Components | Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Transglycosylase / TIM Barrel | ||||||
Function / homology | Function and homology information tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / transferase complex / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / mitochondrial outer membrane / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.684 Å | ||||||
Authors | Behrens, C. / Heine, A. / Reuter, K. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2022 Title: Structural and Biochemical Investigation of the Heterodimeric Murine tRNA-Guanine Transglycosylase. Authors: Sebastiani, M. / Behrens, C. / Dorr, S. / Gerber, H.D. / Benazza, R. / Hernandez-Alba, O. / Cianferani, S. / Klebe, G. / Heine, A. / Reuter, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6h62.cif.gz | 279 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6h62.ent.gz | 230.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6h62.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h62 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44145.824 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Qtrt1, Tgt, Tgut / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9JMA2, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 10.5 Details: 100mM CAPS pH 10.5, 200 mM Sodium chloride, 20% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Entry-ID: 6H62
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Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.684→47.985 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 24.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.684→47.985 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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