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Yorodumi- PDB-7ovo: Heterodimeric murine tRNA-guanine transglycosylase in complex wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ovo | ||||||
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Title | Heterodimeric murine tRNA-guanine transglycosylase in complex with queuine | ||||||
Components | (Queuine tRNA-ribosyltransferase ...) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / TRANSGLYCOSYLASE / TIM BARREL / DIMER / TGT | ||||||
Function / homology | Function and homology information tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / transferase complex / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / mitochondrial outer membrane / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion ...tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / transferase complex / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / mitochondrial outer membrane / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Sebastiani, M. / Heine, A. / Reuter, K. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2022 Title: Structural and Biochemical Investigation of the Heterodimeric Murine tRNA-Guanine Transglycosylase. Authors: Sebastiani, M. / Behrens, C. / Dorr, S. / Gerber, H.D. / Benazza, R. / Hernandez-Alba, O. / Cianferani, S. / Klebe, G. / Heine, A. / Reuter, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ovo.cif.gz | 370.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ovo.ent.gz | 249.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ovo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7ovo_validation.pdf.gz | 813 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7ovo_full_validation.pdf.gz | 821 KB | Display | |
Data in XML | 7ovo_validation.xml.gz | 29.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7ovo_validation.cif.gz | 43 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovo | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6h62SC 7b2iC 7ov9C 7ovsC 7owzC 6fv5S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Queuine tRNA-ribosyltransferase ... , 2 types, 2 molecules AC
#1: Protein | Mass: 46710.465 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: M1del Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Qtrt2, Qtrtd1 / Plasmid: pETDuet-1 / Production host: Vibrio natriegens (bacteria) / Variant (production host): Vmax References: UniProt: B8ZXI1, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase |
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#2: Protein | Mass: 43428.980 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: M1_L10del Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Qtrt1, Tgt, Tgut / Plasmid: pETDuet-1 / Production host: Vibrio natriegens (bacteria) / Variant (production host): Vmax References: UniProt: Q9JMA2, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase |
-Non-polymers , 5 types, 250 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-DMS / | #6: Chemical | ChemComp-QEI / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 100 mM Citrate pH 6.5, 700 mM Ammonium sulfate, 1 M Lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 28, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 61375 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 44.15 Å2 / Rsym value: 7.5 / Net I/σ(I): 20.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.23 Å / Num. unique obs: 9724 / CC1/2: 0.894 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6H62, 6FV5 Resolution: 2.1→48.74 Å / SU ML: 0.2446 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.5356 / Stereochemistry target values: CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→48.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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