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- PDB-7ovs: Heterodimeric murine tRNA-guanine transglycosylase in the presenc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ovs | ||||||
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Title | Heterodimeric murine tRNA-guanine transglycosylase in the presence of Anderson-Evans type (TEW) and Strandberg type polyoxometalate (POM) | ||||||
![]() | (Queuine tRNA-ribosyltransferase ...) x 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TRANSGLYCOSYLASE / TIM BARREL / DIMER / TGT | ||||||
Function / homology | ![]() tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / transferase complex / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / mitochondrial outer membrane / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion ...tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / transferase complex / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / mitochondrial outer membrane / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sebastiani, M. / Heine, A. / Reuter, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and Biochemical Investigation of the Heterodimeric Murine tRNA-Guanine Transglycosylase. Authors: Sebastiani, M. / Behrens, C. / Dorr, S. / Gerber, H.D. / Benazza, R. / Hernandez-Alba, O. / Cianferani, S. / Klebe, G. / Heine, A. / Reuter, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 239.7 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6h62SC ![]() 7b2iC ![]() 7ov9C ![]() 7ovoC ![]() 7owzC ![]() 6fv5S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Queuine tRNA-ribosyltransferase ... , 2 types, 2 molecules AC
#1: Protein | Mass: 46710.465 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: M1del Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: B8ZXI1, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase |
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#2: Protein | Mass: 43428.980 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: M1_L10del Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9JMA2, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase |
-Non-polymers , 4 types, 55 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/TEW.gif)
![](data/chem/img/2I2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TEW.gif)
![](data/chem/img/2I2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-2I2 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM Na/K phosphate pH 6.8, 200 mM Sodium chloride, 14 % (w/v) PEG 1000, 1 mM TEW |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 11, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→48.56 Å / Num. obs: 61920 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 57.53 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 17.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.76 Å / Num. unique obs: 9959 / CC1/2: 0.833 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6H62, 6FV5 Resolution: 2.6→48.56 Å / SU ML: 0.3421 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.6581 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→48.56 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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