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Yorodumi- PDB-6ug5: Closed Dimer of Y77A Mutant Putative Ryanodine Receptor from Bact... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6ug5 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Closed Dimer of Y77A Mutant Putative Ryanodine Receptor from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 | ||||||
Components | Putative ryanodine receptor | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / Alpha Fold / PSI-BIOLOGY / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
| Function / homology | Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / : / calcium ion transport / metal ion binding / Ryanodine receptor Function and homology information | ||||||
| Biological species | Bacteroides thetaiotaomicron (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.357 Å | ||||||
Authors | Wu, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Closed Dimer of Y77A Mutant Putative Ryanodine Receptor from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 Authors: Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6ug5.cif.gz | 246.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6ug5.ent.gz | 202 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6ug5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6ug5_validation.pdf.gz | 465.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6ug5_full_validation.pdf.gz | 471.3 KB | Display | |
| Data in XML | 6ug5_validation.xml.gz | 23.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 6ug5_validation.cif.gz | 31.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ug5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ug5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 11885.885 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: Y77A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (bacteria)Strain: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / Gene: BT_2247 / Plasmid: pMCSG50 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.13 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 1.5M sodium citrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97927 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 23, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97927 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.357→50 Å / Num. obs: 36401 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 29.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.884 / Net I/σ(I): 11.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.357→36.974 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.97
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 122.97 Å2 / Biso mean: 40.52 Å2 / Biso min: 11.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.357→36.974 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Bacteroides thetaiotaomicron (bacteria)
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