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Yorodumi- PDB-5akf: THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI Q42AK120M IN COMPLEX WITH ITS TAR... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5akf | ||||||
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Title | THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI Q42AK120M IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA NICKED IN THE CODING STRAND A AND IN THE PRESENCE OF 2MM MN | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / GENE TARGETING / GENETICS / PROTEIN-DNA INTERACTION / HOMING ENDONUCLEASES | ||||||
Function / homology | Function and homology information intein-mediated protein splicing / intron homing / endonuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds Similarity search - Function | ||||||
Biological species | DESULFUROCOCCUS MOBILIS (archaea) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Molina, R. / Marcaida, M.J. / Redondo, P. / Marenchino, M. / D'Abramo, M. / Montoya, G. / Prieto, J. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2015 Title: Engineering a Nickase on the Homing Endonuclease I-Dmoi Scaffold. Authors: Molina, R. / Marcaida, M.J. / Redondo, P. / Marenchino, M. / Duchateau, P. / D'Abramo, M. / Montoya, G. / Prieto, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5akf.cif.gz | 410.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5akf.ent.gz | 329.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5akf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5akf_validation.pdf.gz | 512.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5akf_full_validation.pdf.gz | 526.7 KB | Display | |
Data in XML | 5akf_validation.xml.gz | 29.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5akf_validation.cif.gz | 42.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/5akf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/5akf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ak9C 5akmC 5aknC 2vs7S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules AEI
#1: Protein | Mass: 23210.021 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) DESULFUROCOCCUS MOBILIS (archaea) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA PLYSS References: UniProt: P21505, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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-DNA chain , 3 types, 9 molecules BFJCGKDHL
#2: DNA chain | Mass: 4296.791 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #3: DNA chain | Mass: 3366.184 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #4: DNA chain | Mass: 7654.926 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
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-Non-polymers , 4 types, 309 molecules
#5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-ACT / | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 54 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.8929 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.8929 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→56.14 Å / Num. obs: 50841 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 51.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.58 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2VS7 Resolution: 2.45→42.65 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.209 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→42.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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