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Yorodumi- PDB-5akn: THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI Q42AK120M IN COMPLEX WITH ITS TAR... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5akn | ||||||
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Title | THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI Q42AK120M IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA NICKED IN THE non-CODING STRAND B AND IN THE PRESENCE OF 2MM MN | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / HYDROLASE / GENE TARGETING / GENETICS / PROTEIN-DNA INTERACTION / HOMING ENDONUCLEASES | ||||||
Function / homology | Function and homology information intein-mediated protein splicing / intron homing / endonuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds Similarity search - Function | ||||||
Biological species | DESULFUROCOCCUS MOBILIS (archaea) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Molina, R. / Marcaida, M.J. / Redondo, P. / Marenchino, M. / D'Abramo, M. / Montoya, G. / Prieto, J. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2015 Title: Engineering a Nickase on the Homing Endonuclease I-Dmoi Scaffold. Authors: Molina, R. / Marcaida, M.J. / Redondo, P. / Marenchino, M. / Duchateau, P. / D'Abramo, M. / Montoya, G. / Prieto, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5akn.cif.gz | 411.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5akn.ent.gz | 329.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5akn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5akn_validation.pdf.gz | 504.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5akn_full_validation.pdf.gz | 523 KB | Display | |
Data in XML | 5akn_validation.xml.gz | 29.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5akn_validation.cif.gz | 41.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/5akn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/5akn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ak9C 5akfC 5akmC 2vs7S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules AFK
#1: Protein | Mass: 23210.021 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) DESULFUROCOCCUS MOBILIS (archaea) / Production host: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): ROSETTA PLYSS References: UniProt: P21505, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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-DNA chain , 6 types, 10 molecules BGCDEJOHML
#2: DNA chain | Mass: 4296.791 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #3: DNA chain | | Mass: 3366.184 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #4: DNA chain | | Mass: 4554.962 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #5: DNA chain | Mass: 3055.007 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #6: DNA chain | Mass: 7966.104 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #7: DNA chain | | Mass: 8896.710 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
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-Non-polymers , 2 types, 198 molecules
#8: Chemical | ChemComp-MN / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 54 % |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.8929 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.8929 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→46.5 Å / Num. obs: 68711 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 51.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.9 Å / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2VS7 Resolution: 2.75→46.49 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.3 / Phase error: 23.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.21 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→46.49 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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