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Yorodumi- PDB-4rjv: Crystal Structure of a De Novo Designed Ferredoxin Fold, Northeas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rjv | ||||||
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Title | Crystal Structure of a De Novo Designed Ferredoxin Fold, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR461 | ||||||
Components | OR461 | ||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR461 / Ferredoxin Fold | ||||||
Function / homology | Ribosomal protein S10 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.523 Å | ||||||
Authors | O'Connell, P.T. / Lin, Y.-R. / Guan, R. / Koga, N. / Koga, R. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Everett, J.K. ...O'Connell, P.T. / Lin, Y.-R. / Guan, R. / Koga, N. / Koga, R. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Northeast Structural Genomics Consortium Target OR461 Authors: O'Connell, P.T. / Lin, Y.-R. / Guan, R. / Koga, N. / Koga, R. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / ...Authors: O'Connell, P.T. / Lin, Y.-R. / Guan, R. / Koga, N. / Koga, R. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rjv.cif.gz | 142.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4rjv.ent.gz | 114.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rjv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/4rjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/4rjv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4pwwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9951.331 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pET21_NESG / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.7 Details: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Reservoir solution: 0.5M ADA pH 5.7, 15% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4C / Wavelength: 0.97917 Å |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Jun 19, 2014 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97917 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.52277→30.1717 Å / Num. obs: 42569 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 18.205 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1985 |
Reflection shell | Resolution: 1.52→1.55 Å / Redundancy: 1.2 % / % possible all: 67 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB Entry 4PWW Resolution: 1.523→30.1717 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.11 / Phase error: 27.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94 Å2 / Biso mean: 37.204 Å2 / Biso min: 12.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.523→30.1717 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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