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Yorodumi- PDB-3r76: Crystal structure of 2-amino-2-desoxyisochorismate synthase (ADIC... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3r76 | |||||||||
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Title | Crystal structure of 2-amino-2-desoxyisochorismate synthase (ADIC) synthase PhzE from Burkholderia lata 383 in complex with benzoate, pyruvate and glutamine | |||||||||
Components | Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I | |||||||||
Keywords | LYASE / BIOSYNTHETIC PROTEIN / ammonia channel / chorismate / type 1 glutamine amidotransferase / phenazine biosynthesis / synthase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information anthranilate synthase / anthranilate synthase activity / biosynthetic process / glutamine metabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Burkholderia sp. (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | Li, Q.A. / Mavrodi, D.V. / Thomashow, L.S. / Roessle, M. / Blankenfeldt, W. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011 Title: Ligand Binding Induces an Ammonia Channel in 2-Amino-2-desoxyisochorismate (ADIC) Synthase PhzE. Authors: Li, Q.A. / Mavrodi, D.V. / Thomashow, L.S. / Roessle, M. / Blankenfeldt, W. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3r76.cif.gz | 480.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3r76.ent.gz | 394.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3r76.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/3r76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/3r76 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3r74C 3r75SC 3r77C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 70292.352 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia sp. (bacteria) / Strain: 383 / Gene: Bcep18194_B1570 / Plasmid: pET19modTEV / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta 2 pLysS / References: UniProt: Q396C7, anthranilate synthase |
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-Non-polymers , 5 types, 251 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 276 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.1 Details: 0.1 M HEPES, 0.2 M Mg-chloride, 22% isopropanol, pre-incubation on ice for 30' with 50 mM Mg-chloride, 20 mM glutamine, 20 mM chorismate, streak-seeding, pH 7.1, vapor diffusion, hanging ...Details: 0.1 M HEPES, 0.2 M Mg-chloride, 22% isopropanol, pre-incubation on ice for 30' with 50 mM Mg-chloride, 20 mM glutamine, 20 mM chorismate, streak-seeding, pH 7.1, vapor diffusion, hanging drop, temperature 276K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2009 / Details: SI(111) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→29.664 Å / Num. obs: 43071 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 47.384 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.71 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDB ENTRY 3R75 Resolution: 2.6→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 20.7 / SU ML: 0.204 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.841 / ESU R Free: 0.289 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 135.49 Å2 / Biso mean: 52.2518 Å2 / Biso min: 20.56 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→29.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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