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Yorodumi- PDB-2g06: X-ray structure of mouse pyrimidine 5'-nucleotidase type 1, with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2g06 | ||||||
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Title | X-ray structure of mouse pyrimidine 5'-nucleotidase type 1, with bound magnesium(II) | ||||||
Components | Cytosolic 5'-nucleotidase III | ||||||
Keywords | HYDROLASE / UniProt Q9D020 / UMPH-1 / Cytosolic 5'-nucleotidase III / Pyrimidine 5'-nucleotidase 1 / P5n-1 / NT5C3 PROTEIN / AAH38029 / BC038029 / MM.158936 / Lead Poisoning / STRUCTURAL GENOMICS FUNCTIONAL FOLLOW-UP STUDY / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG | ||||||
Function / homology | Function and homology information Pyrimidine catabolism / CMP catabolic process / dTMP catabolic process / UMP catabolic process / dCMP catabolic process / dUMP catabolic process / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine metabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase ...Pyrimidine catabolism / CMP catabolic process / dTMP catabolic process / UMP catabolic process / dCMP catabolic process / dUMP catabolic process / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine metabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / transferase activity / defense response to virus / nuclear body / nucleotide binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2006 Title: Structure of pyrimidine 5'-nucleotidase type 1. Insight into mechanism of action and inhibition during lead poisoning. Authors: Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / McCoy, J.G. / Phillips, G.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2g06.cif.gz | 152.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2g06.ent.gz | 117.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2g06.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/2g06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/2g06 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2bduSC 2g07C 2g08C 2g09C 2g0aC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 7 - 297 / Label seq-ID: 7 - 297
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Details | The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B). |
-Components
#1: Protein | Mass: 34163.926 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Nt5c3 / Plasmid: PVP 16 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834 P(RARE2) / References: UniProt: Q9D020, 5'-nucleotidase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.005 M BIS TRIS, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, PH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (20-25% PEG 8K, 0.10 M ...Details: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.005 M BIS TRIS, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, PH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (20-25% PEG 8K, 0.10 M PIPES PH 6.5) CRYSTALS SOAKED FOR 15 MINUTES IN WELL SOLUTION WITH 0.005 M magnesium chloride, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: BRUKER AXS MICROSTAR / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: BRUKER PROTEUM-R / Detector: CCD / Date: Jan 3, 2006 / Details: MONTEL OPTICS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Graded Multilayer / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→67.17 Å / Num. obs: 37523 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 17.82 % / Rmerge(I) obs: 0.1006 / Net I/σ(I): 20.61 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 2BDU Resolution: 2.25→67.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.206 / WRfactor Rwork: 0.147 / SU B: 10.501 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.198 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.072 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→67.17 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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