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- PDB-5hgu: Crystal structure of human transcription factor TEAD2 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hgu
タイトルCrystal structure of human transcription factor TEAD2 in complex with palmitate
要素Transcriptional enhancer factor TEF-4
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription Factor / palmitoylation / Hippo Pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis ...TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis / embryonic organ development / vasculogenesis / cellular response to retinoic acid / neural tube closure / transcription coactivator binding / disordered domain specific binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein-containing complex assembly / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : ...Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Transcriptional enhancer factor TEF-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.046 Å
データ登録者Luo, X. / Xiao, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM107415 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Autopalmitoylation of TEAD proteins regulates transcriptional output of the Hippo pathway.
著者: Chan, P. / Han, X. / Zheng, B. / DeRan, M. / Yu, J. / Jarugumilli, G.K. / Deng, H. / Pan, D. / Luo, X. / Wu, X.
履歴
登録2016年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22016年3月30日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-4
B: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7724
ポリマ－54,2592
非ポリマー5132
水2,792155
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3862
ポリマ－27,1301
非ポリマー2561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3862
ポリマ－27,1301
非ポリマー2561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.486, 61.146, 80.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2


分子量: 27129.654 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 217-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.2, 2.4 M sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→40 Å / Num. obs: 28795 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 26.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L15

3l15


解像度: 2.046→36.101 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 24.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 1440 5 %
Rwork0.1848 --
obs0.1866 28795 85.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.046→36.101 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3291 0 36 155 3482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153400
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4814576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1861276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006584
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0461-2.11930.2838880.22281682X-RAY DIFFRACTION53
2.1193-2.20410.24281140.20162155X-RAY DIFFRACTION68
2.2041-2.30440.21541270.20192421X-RAY DIFFRACTION77
2.3044-2.42590.23411420.20652688X-RAY DIFFRACTION85
2.4259-2.57780.27431500.20652864X-RAY DIFFRACTION90
2.5778-2.77680.26371580.21652985X-RAY DIFFRACTION94
2.7768-3.05610.2541620.20893077X-RAY DIFFRACTION97
3.0561-3.4980.22151650.18463136X-RAY DIFFRACTION99
3.498-4.40580.19021670.15313178X-RAY DIFFRACTION99
4.4058-36.10630.19531670.16933169X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9563-0.9005-2.32243.3243-0.55874.3158-0.01070.33510.1454-0.26120.15870.5129-0.2595-0.5998-0.06970.23370.0294-0.00150.21930.03010.2185-18.418619.526991.1514
22.49270.4234-1.76131.0293-0.31664.50470.0888-0.2830.13840.02260.04230.1621-0.14240.2255-0.07260.18990.0599-0.00360.08470.01430.1931-12.715318.074992.5489
33.3550.22752.1241.5715-0.53654.57930.3729-0.5265-0.7388-0.0042-0.1967-0.39180.6805-0.0021-0.14330.09420.0213-0.05820.2143-0.02790.2195-6.0184-12.954399.7306
44.58210.75322.08832.01670.95474.2626-0.25020.2969-0.0666-0.24750.1426-0.17560.05110.36040.11150.18860.03760.01030.13670.0390.1278-4.2855-10.983290.1273
52.01780.2471.61.35620.8235.28190.0266-0.30070.3086-0.036-0.1844-0.105-0.08040.12520.1310.0830.034-0.02340.1669-0.01120.188-8.7651-4.555997.2623
64.52181.8398-3.89734.6084-0.99284.4377-0.0155-0.20920.2099-0.69590.17940.14660.29890.1579-0.04650.28110.1614-0.03930.1980.0020.2286-9.30931.988293.3827
75.85680.0164.67831.35730.51024.13830.0266-0.907-0.30850.1586-0.0326-0.02320.2777-0.611-0.13380.16130.03140.04250.32870.00890.1984-14.146-7.1671104.9776
85.59380.0838-1.34843.7514.69896.3724-0.10270.45970.0657-0.5896-0.40040.3363-0.2317-0.67380.30710.28190.0541-0.02880.24430.00160.1181-16.6141-9.273476.7917
92.34610.86661.1782.03721.55786.9888-0.0722-0.10050.0962-0.2738-0.067-0.1905-0.1062-0.06690.17430.06390.0963-0.00510.06940.05140.2059-3.8957-7.551388.2184
107.00893.69471.90177.11931.92344.043-0.05230.1066-1.2683-0.12360.4386-0.49120.6580.5217-0.2450.36970.11390.06790.05370.01860.2379-2.6274-19.599588.4424
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 222 through 293 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 294 through 446 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 219 through 238 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 239 through 325 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 326 through 351 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 352 through 362 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 363 through 380 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 381 through 395 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 396 through 430 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 431 through 446 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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