[日本語] English
万見
- PDB-6ug4: Open Dimer of Y77A Mutant Putative Ryanodine Receptor from Bacter... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ug4
タイトルOpen Dimer of Y77A Mutant Putative Ryanodine Receptor from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
要素Putative ryanodine receptor
キーワードMETAL TRANSPORT / Alpha Fold / PSI-BIOLOGY / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Complex Structure
機能・相同性Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / : / calcium ion transport / metal ion binding / CAFFEINE / PYRUVIC ACID / Ryanodine receptor
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.295 Å
データ登録者Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Open Dimer of Y77A Mutant Putative Ryanodine Receptor from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
著者: Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2019年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative ryanodine receptor
B: Putative ryanodine receptor
C: Putative ryanodine receptor
D: Putative ryanodine receptor
E: Putative ryanodine receptor
F: Putative ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,23531
ポリマ－72,0066
非ポリマー3,22925
水2,378132
1
A: Putative ryanodine receptor
B: Putative ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,05710
ポリマ－24,0022
非ポリマー1,0558
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area10420 Å2
手法PISA
2
C: Putative ryanodine receptor
D: Putative ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,04110
ポリマ－24,0022
非ポリマー1,0398
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
3
E: Putative ryanodine receptor
F: Putative ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,13711
ポリマ－24,0022
非ポリマー1,1359
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7130 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.201, 84.201, 229.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Putative ryanodine receptor


分子量: 12001.018 Da / 分子数: 6 / 変異: Y77A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_2247 / プラスミド: PLASMID / 詳細 (発現宿主): PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q8A5J2

-
非ポリマー , 5種, 157分子

#2: 化合物
ChemComp-CFF / CAFFEINE / 3,7-DIHYDRO-1,3,7-TRIMETHYL-1H-PURINE-2,6-DIONE / カフェイン


分子量: 194.191 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.17 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane:NaOH pH 7.0, 2.5 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 41451 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 41.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Χ2: 2.064 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 321203
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.2480.72520741.005198.1
2.24-2.288.10.63220741.023198
2.28-2.328.20.56620431.06197.7
2.32-2.378.10.49420501.084197.7
2.37-2.4280.47120791.078197.5
2.42-2.4880.46220701.091197.1
2.48-2.5480.34620471.176197.3
2.54-2.6180.28820491.234196.6
2.61-2.697.90.2620421.33196.6
2.69-2.777.80.24420591.374196.4
2.77-2.877.80.20120531.447196.4
2.87-2.997.60.15520561.591196.4
2.99-3.127.60.13320811.759196.5
3.12-3.297.50.10920462.018195.7
3.29-3.497.30.09120782.367195.7
3.49-3.767.20.08520562.744195.4
3.76-4.147.10.08420793.241195.3
4.14-4.746.80.07720923.498194.8
4.74-5.977.30.0821464.118195.1
5.97-508.90.08121776.677190.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575_1309精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.295→42.101 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 1850 4.98 %
Rwork0.1973 --
obs0.1992 37120 97.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.95 Å2 / Biso mean: 54.4683 Å2 / Biso min: 26.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.295→42.101 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4636 0 218 132 4986
Biso mean--57.35 55.11 -
残基数----563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.054994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4146756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06690
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008862
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.9451915
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.295-2.35680.33211420.2409263297
2.3568-2.42620.23081310.2378267198
2.4262-2.50450.2791420.2446266098
2.5045-2.5940.28281480.2241266598
2.594-2.69780.30411570.2319268198
2.6978-2.82060.3011450.2298269899
2.8206-2.96920.29741440.2185269399
2.9692-3.15520.23821310.2088273399
3.1552-3.39870.21951380.1988273899
3.3987-3.74060.2131590.1763268197
3.7406-4.28140.20021390.1626273497
4.2814-5.39230.19321450.1746275697
5.3923-42.1010.24511290.204292896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7030.56540.50760.3583-0.59121.820.1762-0.0233-0.14150.02270.00590.2872-0.1722-0.3757-0.15750.43110.00270.06260.3562-0.0250.491420.6023-6.0425-13.8464
21.3414-0.1234-0.52412.67790.87265.0002-0.0873-0.0895-0.13310.4014-0.0606-0.34150.09140.38240.21960.39240.0221-0.0580.26020.0010.356341.5999-7.7079-8.0948
33.1050.3079-0.16184.09390.6451.9010.0074-0.50650.31121.71990.2907-0.06880.26010.2803-0.26040.87690.0572-0.06720.4694-0.04930.412939.2542-1.42949.1094
44.75382.90993.48145.8877-1.27686.3372-0.2011-0.7821-0.66860.79390.0542-0.99760.83110.61840.19820.73560.1884-0.13910.5314-0.00470.3941.7269-14.09240.4902
52.5968-0.51891.18654.4045-2.50136.274-0.028-0.1499-0.08020.1937-0.04860.41570.21370.0840.05570.37440.00880.03720.2338-0.0330.292331.0794-9.6515-10.9469
66.9602-6.0624-1.06338.04742.74792.53610.73780.18670.1809-2.007-0.0079-0.454-0.41070.6648-0.5580.7124-0.03940.01010.4241-0.02970.391935.9861-5.0241-26.9892
71.6072-0.15970.31642.9181-0.02282.63120.0184-0.13690.22220.3256-0.0532-0.1011-0.0915-0.08550.06750.3646-0.0095-0.00420.2024-0.06060.27932.3867-1.5278-8.2108
82.27930.00080.12235.8732-2.8633.65990.0796-0.70150.01980.2944-0.0951-0.10860.2487-0.35290.19230.7103-0.06820.17410.623-0.04940.386424.2653-6.09226.801
92.9589-1.4159-1.51882.65641.62934.4756-0.1041-0.14280.03660.2617-0.06720.2919-0.3967-0.06680.1040.42770.0068-0.00350.24-0.01080.364834.22793.0541-8.3338
102.9285-5.00144.65159.0788-9.0079.2644-0.38331.61760.3391-1.71850.0928-0.03590.70990.28470.0470.6608-0.13860.12470.5115-0.12030.481936.9443-2.6469-26.985
112.71620.94622.23041.5224-0.28261.96480.1573-0.7450.38850.5805-0.13370.4470.0313-0.69260.02150.46310.01890.05520.4481-0.05040.446823.579426.6053-7.519
122.60930.15721.38621.54830.95123.09450.02030.33860.1226-0.38050.00550.01740.03630.0935-0.02670.44660.00760.0870.27750.02120.307832.135527.1223-28.2071
132.5246-0.1627-0.24513.19241.71912.67330.20640.7201-0.2629-0.0709-0.06510.25310.1919-0.4044-0.03670.59450.0044-0.0490.5253-0.00790.396221.267625.3447-35.7402
141.9559-0.82581.26053.3322-2.43433.9228-0.1507-0.04440.14980.14830.2190.2091-0.1855-0.1125-0.04830.3655-0.03860.0330.2632-0.06710.345827.980430.7079-17.5994
155.66565.9574-1.979.4854-1.77894.6263-0.3423-0.1361-0.750.72590.1106-1.95040.19841.16290.15060.51810.0595-0.15610.55580.07540.615443.125325.4469-8.9476
160.6665-1.70742.28794.3501-5.82787.7769-0.03221.2406-0.38-0.44350.01410.85811.22940.1529-0.58030.93180.0524-0.060.8389-0.13410.710530.785327.2229-41.9046
179.2912-2.24814.57298.3385-4.52072.01160.43211.02980.4778-0.66090.2456-0.5928-1.03291.09640.0290.69830.04540.16420.61070.10340.424740.223124.5053-30.8944
181.69750.9727-5.0290.4259-2.47332.01740.1311-0.0321-0.0308-1.2241-0.3676-0.89970.94810.77210.19060.60360.07160.09420.3346-0.02190.539243.500116.5171-20.8649
194.2868-0.78941.16852.56130.31.95830.0325-0.3231-0.04820.2927-0.16740.28630.1812-0.22440.07410.3904-0.05140.08310.2701-0.03150.34523.740620.9484-14.259
202.9916-0.06870.06084.4904-0.01341.9296-0.09220.0218-0.0057-0.5198-0.12430.673-0.0429-0.44710.06650.4235-0.0186-0.05760.4306-0.10680.575810.16526.3499-24.7427
217.08172.02330.91154.62460.52991.32180.11220.2432-0.4259-0.4526-0.0040.0580.159-0.1081-0.03540.43620.0336-0.00430.24840.01910.318828.82617.4305-21.2826
222.9597-3.5454.14264.8054-5.73916.7122-0.642-0.64130.11520.8881-0.2649-1.5489-0.2250.69940.27360.44410.05090.01080.5233-0.08690.829743.436723.1485-9.6947
233.63171.2691.67121.01650.98451.26240.38250.0144-0.3730.5139-0.3295-0.6147-0.02570.466-0.10760.5984-0.0159-0.120.46950.12530.627244.617950.4995-5.2897
243.9331.3807-3.24843.851-2.29713.38-0.0490.3219-0.3278-0.3389-0.0872-0.08510.2418-0.09950.14840.36540.0196-0.03010.266-0.04050.293937.885547.8954-25.5919
252.66140.378-0.31113.2324-0.41693.88960.10240.24070.4372-0.23150.3024-0.4113-0.19850.2062-0.24760.44950.03780.14930.42670.00330.534753.628855.4828-33.3473
263.456-0.9792-2.5646.066-3.3619.14880.24340.3062-0.1893-1.11110.20080.08810.4586-0.2998-0.24470.54260.01080.03520.3074-0.03250.520245.778542.5308-31.1033
273.7141-1.7987-2.57244.29532.96864.6933-0.1871-0.1211-0.22210.18880.0797-0.40680.20510.2530.13640.3416-0.0244-0.00270.27390.01320.361941.170246.4888-15.695
287.00686.49052.78582.33534.57476.7561-0.1007-0.2079-0.32070.2996-0.0291.12130.1489-0.83210.17870.5170.03450.00340.41440.00820.678324.913451.0393-11.7347
291.78561.0918-1.18450.6493-1.0682.8480.25440.73130.0261-0.5169-0.1605-0.0411-0.0063-0.25650.03150.68670.0648-0.06950.4976-0.0370.44533.750954.33-31.006
305.2841-0.68-0.51193.5819-0.89232.10940.0945-0.25810.1729-0.0277-0.1463-0.67870.0820.45670.0580.39450.0123-0.06420.32120.01070.32749.647253.9758-14.03
310.37790.70010.07183.1066-2.25152.4366-0.02670.10730.65010.218-0.1063-1.67050.15250.65630.08730.39420.0248-0.06610.45450.00910.516657.084955.1437-16.5185
327.743.07160.1364.60580.6591.32680.21130.32640.4748-0.1526-0.10950.186-0.0030.0475-0.08890.36280.0294-0.00960.25220.00530.268538.928158.2826-21.2491
333.0818-0.85660.78562.23488.34697.3176-0.2397-0.9166-0.38010.0537-0.35710.9438-0.4194-0.08440.46490.5752-0.0684-0.01990.5272-0.01690.49624.896253.2376-13.4981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 21 )A7 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 45 )A22 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 46 through 65 )A46 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 71 )A66 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 72 through 91 )A72 - 91
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 92 through 100 )A92 - 100
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 7 through 51 )B7 - 51
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 52 through 66 )B52 - 66
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 67 through 91 )B67 - 91
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 92 through 100 )B92 - 100
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 8 through 21 )C8 - 21
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 22 through 50 )C22 - 50
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 51 through 71 )C51 - 71
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 72 through 91 )C72 - 91
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 92 through 100 )C92 - 100
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 6 through 10 )D6 - 10
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 11 through 15 )D11 - 15
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 16 through 21 )D16 - 21
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 22 through 46 )D22 - 46
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 47 through 66 )D47 - 66
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 67 through 91 )D67 - 91
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 92 through 100 )D92 - 100
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 7 through 21 )E7 - 21
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 22 through 44 )E22 - 44
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 45 through 64 )E45 - 64
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 65 through 71 )E65 - 71
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 72 through 91 )E72 - 91
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 92 through 100 )E92 - 100
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 7 through 21 )F7 - 21
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 22 through 56 )F22 - 56
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 57 through 71 )F57 - 71
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 72 through 91 )F72 - 91
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 92 through 99 )F92 - 99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る