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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tk5 | ||||||
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Title | Crystal Structure of human Tankyrase 2 in complex with EB47. | ||||||
![]() | Tankyrase-2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / poly(ADP-ribosylation) polymerase (PARP) | ||||||
Function / homology | ![]() XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases ...XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qiu, W. / Lam, R. / Romanov, V. / Gordon, R. / Gebremeskel, S. / Vodsedalek, J. / Thompson, C. / Beletskaya, I. / Battaile, K.P. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: Insights into the binding of PARP inhibitors to the catalytic domain of human tankyrase-2. Authors: Qiu, W. / Lam, R. / Voytyuk, O. / Romanov, V. / Gordon, R. / Gebremeskel, S. / Vodsedalek, J. / Thompson, C. / Beletskaya, I. / Battaile, K.P. / Pai, E.F. / Rottapel, R. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 289.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 43.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 61.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4pmlC ![]() 4pnlC ![]() 4pnmC ![]() 4pnnC ![]() 4pnqC ![]() 4pnrC ![]() 4pnsC ![]() 4pntC ![]() 4tjuC ![]() 4tjwC ![]() 4tjyC ![]() 4tk0C ![]() 4tkfC ![]() 4tkgC ![]() 4tkiC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Details | 1 |
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Components
#1: Protein | Mass: 25986.291 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: PARP, catalytic domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-UHB / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.2M NaCl, 0.1M Sodium, Hepes buffer at pH7.5, 12-15% iso-propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Oct 7, 2009 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.02→79.62 Å / Num. obs: 60172 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 13.95 % / Biso Wilson estimate: 30.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 26.39 / Num. measured all: 843685 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.02→29.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9501 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9342 / SU R Cruickshank DPI: 0.179 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.151
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Displacement parameters | Biso max: 119.17 Å2 / Biso mean: 34.46 Å2 / Biso min: 5.53 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.233 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.02→29.57 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.02→2.07 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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