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万見
- PDB-4tk5: Crystal Structure of human Tankyrase 2 in complex with EB47. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tk5
タイトルCrystal Structure of human Tankyrase 2 in complex with EB47.
要素Tankyrase-2
キーワードTRANSFERASE / poly(ADP-ribosylation) polymerase (PARP)
機能・相同性
機能・相同性情報


XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity ...XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...Ankyrin repeat / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UHB / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Qiu, W. / Lam, R. / Romanov, V. / Gordon, R. / Gebremeskel, S. / Vodsedalek, J. / Thompson, C. / Beletskaya, I. / Battaile, K.P. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Insights into the binding of PARP inhibitors to the catalytic domain of human tankyrase-2.
著者: Qiu, W. / Lam, R. / Voytyuk, O. / Romanov, V. / Gordon, R. / Gebremeskel, S. / Vodsedalek, J. / Thompson, C. / Beletskaya, I. / Battaile, K.P. / Pai, E.F. / Rottapel, R. / Chirgadze, N.Y.
履歴
登録2014年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tankyrase-2
B: Tankyrase-2
C: Tankyrase-2
D: Tankyrase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,29211
ポリマ－103,9454
非ポリマー2,3467
水14,466803
1
A: Tankyrase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5893
ポリマ－25,9861
非ポリマー6032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tankyrase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5893
ポリマ－25,9861
非ポリマー6032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tankyrase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5893
ポリマ－25,9861
非ポリマー6032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Tankyrase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5242
ポリマ－25,9861
非ポリマー5381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.020, 79.620, 153.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細1

-
要素

#1: タンパク質
Tankyrase-2 / TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / ...TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein


分子量: 25986.291 Da / 分子数: 4 / 断片: PARP, catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-UHB / 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide


分子量: 537.528 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N9O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 803 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Sodium, Hepes buffer at pH7.5, 12-15% iso-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→79.62 Å / Num. obs: 60172 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.95 % / Biso Wilson estimate: 30.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 26.39 / Num. measured all: 843685
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. possibleNum. unique obsNet I/σ(I) obs% possible all
2.02-2.128.680.403101352.1596.5
2.03-2.074.240.388341131913.4193.6
2.07-2.1110.810.415314931476.0699.9
2.11-2.1614.960.373359735967.56100
2.16-2.2114.980.339328732878.49100
2.21-2.2614.70.2833021302110.45100
2.26-2.3214.870.2613284328311.37100
2.32-2.39150.2333399339912.68100
2.39-2.4614.980.2013032303214.76100
2.46-2.5414.990.1833079307916.02100
2.54-2.6414.980.1583352335218.35100
2.64-2.7514.940.1353179317921.09100
2.75-2.8814.960.1083104310425.44100
2.88-3.0414.960.0893161316129.9100
3.04-3.2414.90.0663119311938.22100
3.24-3.514.820.0523071307145.49100
3.5-3.8614.70.0453017301753.43100
3.86-4.4414.50.0383045304562.94100
4.44-5.6514.450.0363044304365.35100
5.65-79.6213.370.0383015301161.0999.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS2005/3データ削減
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BUSTER2.10.0精密化
XPREPデータ削減
精密化解像度: 2.02→29.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9501 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9342 / SU R Cruickshank DPI: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.151
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 980 1.63 %RANDOM
Rwork0.1767 ---
obs0.1772 60027 99.61 %-
原子変位パラメータBiso max: 119.17 Å2 / Biso mean: 34.46 Å2 / Biso min: 5.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0812 Å20 Å20 Å2
2---2.9139 Å20 Å2
3---4.9951 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.233 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→29.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6532 0 159 803 7494
Biso mean--37.8 44.11 -
残基数----811
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2753SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes150HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1031HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7000HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion802SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8044SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7000HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9531HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.13
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2262 53 1.27 %
Rwork0.1981 4130 -
all0.1984 4183 -
obs--99.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8928-0.1841-0.05590.5614-0.51942.41980.06890.15330.04710.0732-0.064-0.011-0.17170.0902-0.005-0.001-0.01370.0155-0.04650.0096-0.065918.679849.2401-1.2457
21.3458-0.10380.12080.9148-0.45111.8985-0.0254-0.2166-0.046-0.04140.0308-0.0406-0.00570.0091-0.0055-0.06340.0049-0.0023-0.04270.0081-0.067317.2605-9.387436.5433
30.9922-0.4275-0.07361.1636-0.19211.6082-0.0029-0.13270.0058-0.06820.0661-0.0301-0.0130.0401-0.0632-0.056-0.0260.0084-0.06170.0021-0.054918.841631.983331.431
40.9677-0.48420.514700.13272.4624-0.070.25870.10710.0334-0.0453-0.0139-0.14010.27360.11530.0331-0.0922-0.00140.00930.0313-0.058618.44118.09394.3741
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A960 - 1160
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B954 - 1160
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C953 - 1160
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D962 - 1160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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