PDB-5dq8: Crystal structure of human transcription factor TEAD2 in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dq8

タイトル

Crystal structure of human transcription factor TEAD2 in complex with flufenamic acid

要素

Transcriptional enhancer factor TEF-4

キーワード

TRANSCRIPTION / flufenamates / cancer therapy / Hippo pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.305 Å

データ登録者

Han, X. / Luo, X.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Targeting the Central Pocket in Human Transcription Factor TEAD as a Potential Cancer Therapeutic Strategy.
著者: Pobbati, A.V. / Han, X. / Hung, A.W. / Weiguang, S. / Huda, N. / Chen, G.Y. / Kang, C. / Chia, C.S. / Luo, X. / Hong, W. / Poulsen, A.

履歴

登録	2015年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.2	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dq8.cif.gz	255 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dq8.ent.gz	211.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dq8_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dq8_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5dq8_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	5dq8_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dq8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dqeC 3l15S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3p0q-1 5nxe-2 5fpf-2 6cdy-1 4hmh-d 4uvt-1 3l15-1 4uuh-d 6tkm-2 5aku-1 4buu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

55.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.819, 61.446, 80.416
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.55, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2 分子量: 27489.096 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 217-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物	ChemComp-FLF / 2-[[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO] BENZOIC ACID / FLUFENAMIC ACID / フルフェナム酸分子量: 281.230 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₀F₃NO₂ / コメント: 抗炎症剤, 阻害剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.2, 2.4 M sodium formate / PH範囲: 7.0-7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20054 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.39 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1951)	精密化
Coot		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHASER		位相決定
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3L15

3l15

解像度: 2.305→33.661 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	1003	5 %
R_work	0.1705	-	-
obs	0.1735	20053	86.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.305→33.661 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3301	0	60	85	3446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	3443
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.553	4651
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.068	1263
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	493
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	594

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3049-2.4264	0.3143	91	0.2186	1718	X-RAY DIFFRACTION	55
2.4264-2.5783	0.2654	114	0.2136	2177	X-RAY DIFFRACTION	69
2.5783-2.7773	0.2624	136	0.2104	2579	X-RAY DIFFRACTION	82
2.7773-3.0566	0.2736	162	0.2034	3086	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0566-3.4985	0.2711	166	0.17	3144	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4985-4.4062	0.1996	166	0.1406	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4062-33.6646	0.1955	168	0.1566	3189	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5775	-0.6785	-1.4311	1.9524	-0.6654	3.0346	0.1032	0.1134	0.079	0.0129	0.1716	0.2865	-0.3266	-0.1608	-0.18	0.2567	0.0716	0.084	0.1463	0.0324	0.2919	37.6556	50.6105	-16.4845
2	1.9444	-0.4092	-2.0592	0.4976	0.4259	2.3702	-0.0544	-0.4755	0.0353	0.0063	0.1824	0.1341	0.0446	0.3094	-0.1456	0.2536	0.1159	0.0281	0.2896	0.0365	0.2508	40.7155	44.1172	-6.1868
3	2.3892	0.5493	-1.2487	0.7215	-0.3789	3.0284	0.163	-0.2605	0.0669	0.094	0.0783	0.1627	-0.3144	0.2556	-0.0742	0.2043	0.1181	0.0755	0.0767	0.0691	0.2504	44.3207	46.7858	-20.621
4	3.1156	0.638	0.6173	2.6559	1.046	1.3835	-0.2515	0.1189	0.8513	-0.0013	0.5343	0.1899	-0.5323	-0.1507	0.34	0.4241	0.0686	0.0887	0.1434	0.0949	0.3936	39.924	59.6062	-20.0462
5	2.9639	0.5164	2.1371	0.679	0.1462	3.0033	0.2073	-0.3128	-0.3341	0.0316	-0.0492	-0.152	0.2881	-0.0647	-0.0761	0.1735	0.029	-0.0323	0.2102	-0.0232	0.1616	47.0558	17.0159	-7.6599
6	2.0271	0.2402	0.368	0.9924	-0.0015	1.458	0.0408	-0.3915	-0.2198	0.0777	-0.0208	-0.0052	0.6072	-0.5389	0.0196	0.2155	-0.0147	-0.0374	0.3235	-0.0503	0.2164	37.4581	11.9939	-14.0972
7	1.6677	-0.0114	0.949	2.927	-0.2089	2.2249	-0.0676	0.4127	0.4202	-0.4094	-0.0283	-0.2026	-0.0459	0.0899	0.0626	0.1888	0.0065	-0.0345	0.3201	0.0635	0.2801	61.9344	26.7928	-18.8389
8	1.9359	0.1948	0.2134	1.3214	0.087	1.6314	-0.1066	-0.0194	-0.1091	-0.2618	0.0508	-0.0786	0.3273	-0.1142	-0.2323	0.1848	0.0316	-0.0681	0.0779	-0.0076	0.1573	47.9577	15.5996	-18.5349
9	0.6406	-0.0034	0.9233	0.4517	0.3442	2.7516	0.1345	-0.2255	0.1095	-0.0475	-0.0477	-0.0511	-0.1312	-0.0987	0.0091	0.1727	0.0824	-0.0538	0.2396	-0.007	0.1504	45.6122	25.2884	-10.0598
10	0.8001	-0.4991	-0.7713	1.1113	0.6589	1.9524	-0.0821	0.0776	0.0649	-0.2657	0.1115	-0.0081	-0.0922	0.0633	-0.4885	0.0708	0.2758	-0.1459	0.2242	-0.0142	0.2189	45.2677	31.76	-14.1184
11	2.0256	0.09	1.8656	0.9743	0.297	4.1159	-0.1499	-0.3419	-0.1206	-0.1523	0.0371	-0.2792	-0.0554	-0.5329	-0.082	0.106	0.0141	0.0157	0.3631	-0.0225	0.1844	40.0519	22.6997	-2.2605
12	4.0236	-1.8086	-2.0857	7.0174	5.5143	8.4389	0.0886	0.2372	-0.0491	-0.5801	-0.2498	0.3772	-0.4645	-0.4714	0.0994	0.2623	0.0159	0.0068	0.2695	-0.0151	0.1221	37.6312	20.3947	-30.7194
13	1.0944	0.9342	1.0279	2.3881	2.6277	6.202	-0.0086	-0.0392	0.1142	-0.0728	0.0308	-0.1572	0.1538	-0.0768	-0.0157	0.1008	0.0439	-0.0231	0.0595	-0.0215	0.1607	50.5242	22.3686	-19.1376
14	2.2639	0.4548	-0.3516	1.9911	-0.3017	2.0636	-0.0218	-0.0387	-0.4274	-0.1025	0.1282	-0.2996	0.6342	0.2859	-0.0629	0.2369	0.0653	-0.0297	0.1295	-0.0151	0.2606	54.5181	11.4816	-18.3753

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 222 through 325 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 326 through 380 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 381 through 430 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 431 through 446 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 220 through 238 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 239 through 267 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 268 through 293 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 294 through 325 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 326 through 351 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 352 through 362 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 363 through 380 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 381 through 395 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 396 through 430 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 431 through 448 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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