PDB-2vdj: Crystal Structure of Homoserine O-acetyltransferase (metA) from B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vdj

タイトル

Crystal Structure of Homoserine O-acetyltransferase (metA) from Bacillus Cereus with Homoserine

要素

HOMOSERINE O-SUCCINYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / METHIONINE BIOSYNTHESIS / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / HOMOSERINE TRANSACETYLASE / HOMOSERINE TRANSSUCCINYLASE / HOMOSERINE / ACYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

homoserine O-succinyltransferase activity / : / homoserine O-acetyltransferase / homoserine O-acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS CEREUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zubieta, C. / Arkus, K.A.J. / Cahoon, R.E. / Jez, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: A Single Amino Acid Change is Responsible for Evolution of Acyltransferase Specificity in Bacterial Methionine Biosynthesis.
著者: Zubieta, C. / Arkus, K.A.J. / Cahoon, R.E. / Jez, J.M.

履歴

登録	2007年10月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type
改定 1.3	2019年4月10日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.1	2023年12月13日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vdj.cif.gz	73.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vdj.ent.gz	53.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vdj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/2vdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/2vdj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ghrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ghr-1 4psp-2 3akk-2 4ni3-2 3akj-d 4j9w-d 3vpo-d 5wt1-1 3l6b-1 6bm7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HOMOSERINE O-SUCCINYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HOMOSERINE O-SUCCINYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: HOMOSERINE O-SUCCINYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.390, 96.390, 75.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

#1: タンパク質	HOMOSERINE O-SUCCINYLTRANSFERASE / HOMOSERINE O-TRANSSUCCINYLASE / HTSHOMOSERINE O-ACETYLTRANSFERASE 分子量: 35392.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: PROTEIN IS A PHYSIOLOGICAL DIMER, DIMER FORMED BY CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD 由来: (組換発現) BACILLUS CEREUS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL-21 CODON PLUS / 参照: UniProt: Q72X44, homoserine O-succinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HSE / L-HOMOSERINE / ホモセリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	SULFATE ION (SO4): SULFATE FROM CRYSTALLIZATION CONDITIONS L-HOMOSERINE (HSE): CO-CRYSTALLIZED WITH ...SULFATE ION (SO4): SULFATE FROM CRYSTALLIZATION CONDITIONS L-HOMOSERINE (HSE): CO-CRYSTALLIZED WITH HOMOSERINE 10MM
配列の詳細	RESIDUES 1-16 AND 298-301 WERE NOT VISIBLE IN XTAL STRUCTURE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 1.6M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS, PH 8, 10MM HOMOSERINE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→100 Å / Num. obs: 22903 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16.85
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0021	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GHR

2ghr

解像度: 2→19.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 8.837 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	1144	5 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.201	21729	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2217	0	13	163	2393

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.987	1.946	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.724	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.739	24.355	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.225	15	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.797	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.173	0.2	948
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.154	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.183	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.017	3	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.669	5	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.53	7	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.697	9	932
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.314	86
R_work	0.275	1645

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4595	-18.9459	-4.8843	39.8878	2.6672	28.5877	0.033	1.1846	-1.4164	0.5619	-1.0937	2.1625	0.5538	-1.3124	1.0607	0.0644	-0.217	0.0157	0.0783	-0.1467	0.1264	-26.115	-47.924	-19.648
2	4.2004	1.196	-0.3273	2.877	-1.214	6.4764	-0.0804	0.1169	0.1038	-0.1509	0.0615	0.226	0.1512	-0.7378	0.0189	-0.1342	-0.0524	-0.031	0.2127	-0.0303	-0.0459	-40.455	-22.265	6.432
3	0.6057	0.176	0.0881	1.3353	0.2047	1.5303	0.0108	-0.0174	-0.0669	-0.0462	-0.026	-0.0647	-0.0338	-0.0089	0.0152	0.0336	0.0045	0.0061	0.0692	-0.0378	-0.0325	-23.698	-14.411	6.982

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	30 - 102
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	103 - 297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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