PDB-4j9w: Crystal structure of the complex of a hydroxyproline epimerase (T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j9w

タイトル

Crystal structure of the complex of a hydroxyproline epimerase (TARGET EFI-506499, PSEUDOMONAS FLUORESCENS PF-5) with the inhibitor pyrrole-2-carboxylate

要素

Proline racemase family protein

キーワード

Isomerase/Isomerase Inhibitor complex / EPIMERASE / PUTATIVE HYDROXYPROLINE EPIMERASE / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics / Isomerase-Isomerase Inhibitor complex complex

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxyproline epimerase / 4-hydroxyproline epimerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas protegens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of a hydroxyproline epimerase (TARGET EFI-506499, PSEUDOMONAS FLUORESCENS PF-5) with the inhibitor pyrrole-2-carboxylate
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Stead, ...

履歴

登録	2013年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j9w.cif.gz	260.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j9w.ent.gz	208.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j9w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/4j9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/4j9w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2azpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4j9x-d 4q2h-d 3l6b-1 2ghr-1 1smk-1 6zsp-d 1smk-3 4i1i-d 1r81-2 6g2g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-506499

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Proline racemase family protein

B: Proline racemase family protein

ヘテロ分子

72.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.174, 74.637, 87.048
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.460, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Proline racemase family protein 分子量: 36040.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas protegens (バクテリア) 株: Pf-5 / 遺伝子: PFL_1412 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4KGU2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PYC / PYRROLE-2-CARBOXYLATE / 1H-ピロ-ル-2-カルボキシラ-ト分子量: 110.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄NO₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 5.6 詳細: Protein (15 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 20 mM PYRROLE-2-CARBOXYLATE), Reservoir (0.17 M Ammonium Acetate, 0.085 M Sodium Citrate pH 5.6, 25.5 %(w/v) PEG 4000, 15 %(v/v) ...詳細: Protein (15 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 20 mM PYRROLE-2-CARBOXYLATE), Reservoir (0.17 M Ammonium Acetate, 0.085 M Sodium Citrate pH 5.6, 25.5 %(w/v) PEG 4000, 15 %(v/v) Glycerol), Soak 2 minutes in (Reservoir + 20% Ethylene Glycol, 20 mM PYRROLE-2-CARBOXYLATE), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.59 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 5.6
詳細: Protein (15 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 20 mM PYRROLE-2-CARBOXYLATE), Reservoir (0.17 M Ammonium Acetate, 0.085 M Sodium Citrate pH 5.6, 25.5 %(w/v) PEG 4000, 15 %(v/v) ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月14日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→83.898 Å / Num. all: 90740 / Num. obs: 90740 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.093 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.6-1.69	3.5	0.434	1.7	46795	13196	0.434	99.5
1.69-1.79	3.6	0.297	2.5	44794	12536	0.297	99.4
1.79-1.91	3.6	0.219	3.2	42150	11800	0.219	99.6
1.91-2.07	3.6	0.151	4.4	38949	10902	0.151	99.4
2.07-2.26	3.6	0.111	5.7	36023	10086	0.111	99.4
2.26-2.53	3.6	0.097	6.1	32987	9183	0.097	99.8
2.53-2.92	3.7	0.093	5.8	29877	8145	0.093	100
2.92-3.58	3.7	0.073	7.1	25373	6852	0.073	99.9
3.58-5.06	3.7	0.068	8.1	19264	5267	0.068	98.6
5.06-26.188	3.5	0.083	6.7	9759	2773	0.083	93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2AZP

2azp

解像度: 1.6→26.188 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.7835 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 27.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2318	4552	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1967	-	-	-
all	0.1985	90665	-	-
obs	0.1985	90665	99.24 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.52 Å² / B_iso mean: 22.2842 Å² / B_iso min: 6.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.188 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4708	0	36	537	5281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4855
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.079	6585
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	718
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	874
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.747	1748

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.3383	139	0.2886	2864	3003	99
1.6182-1.6372	0.3198	128	0.2674	2899	3027	99
1.6372-1.6572	0.2983	156	0.2665	2843	2999	99
1.6572-1.6782	0.3142	142	0.2559	2869	3011	99
1.6782-1.7002	0.2805	153	0.2424	2879	3032	99
1.7002-1.7235	0.2983	170	0.2321	2799	2969	100
1.7235-1.7481	0.2288	158	0.2248	2878	3036	99
1.7481-1.7742	0.2654	167	0.212	2857	3024	99
1.7742-1.8019	0.279	132	0.2194	2867	2999	100
1.8019-1.8315	0.2403	150	0.2109	2860	3010	99
1.8315-1.8631	0.2328	155	0.2021	2868	3023	99
1.8631-1.8969	0.2394	157	0.1993	2865	3022	99
1.8969-1.9334	0.1922	132	0.1933	2893	3025	99
1.9334-1.9728	0.2277	169	0.1888	2831	3000	99
1.9728-2.0157	0.2231	148	0.1942	2868	3016	99
2.0157-2.0626	0.2195	146	0.1888	2869	3015	100
2.0626-2.1142	0.2295	143	0.1936	2872	3015	99
2.1142-2.1713	0.2593	149	0.1912	2876	3025	99
2.1713-2.2352	0.2623	146	0.189	2866	3012	100
2.2352-2.3073	0.2548	145	0.1874	2883	3028	100
2.3073-2.3897	0.1974	155	0.1854	2900	3055	100
2.3897-2.4853	0.2383	145	0.2065	2888	3033	100
2.4853-2.5983	0.2587	168	0.2009	2873	3041	100
2.5983-2.7351	0.262	168	0.2033	2883	3051	100
2.7351-2.9063	0.2592	168	0.1945	2883	3051	100
2.9063-3.1304	0.2184	168	0.1933	2902	3070	100
3.1304-3.4448	0.1998	146	0.1779	2899	3045	100
3.4448-3.9418	0.2011	162	0.182	2905	3067	100
3.9418-4.9607	0.2043	156	0.1736	2866	3022	98
4.9607-26.188	0.2327	131	0.2137	2808	2939	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5982	-0.255	-0.1194	1.2456	-0.0273	0.9115	-0.0564	0.1176	0.1644	-0.0708	0.0042	-0.1088	-0.2821	0.3016	0.03	0.1133	-0.071	0.0116	0.1599	0.0247	0.1328	22.5374	25.3015	16.8055
2	0.6212	-0.0724	0.1732	0.9301	0.3351	1.2213	-0.0865	0.0725	0.1919	-0.1348	-0.0189	0.044	-0.3003	0.16	0.0786	0.1574	-0.0407	-0.0227	0.1175	0.0227	0.143	17.0893	30.6289	18.125
3	0.8839	-0.3357	-0.1598	1.8714	-1.1444	0.8646	-0.144	-0.0761	0.1925	0.2936	0.0551	-0.4327	-0.2983	0.4251	-0.0513	0.1083	-0.0494	-0.0533	0.2022	-0.0346	0.1938	29.2271	27.3371	30.5102
4	0.5591	-0.0066	0.1797	0.5099	0.0999	0.6464	-0.0382	-0.0407	-0.0315	-0.1024	-0.1596	0.2921	-0.0778	-0.3764	0.1054	0.1406	0.0186	-0.0241	0.2543	-0.1335	0.2704	2.7597	33.0345	39.6947
5	0.6562	-0.0542	0.597	1.1555	0.4482	0.9703	-0.1617	-0.0724	0.0437	-0.0883	-0.1474	0.2524	-0.0737	-0.4951	0.1468	0.1597	0.0156	0.0043	0.2242	-0.0801	0.166	3.3539	28.2324	38.4624
6	2.0048	0.5155	0.3242	2.5213	0.5928	2.7124	-0.2676	0.1869	0.1405	-0.2529	-0.2633	0.5501	-0.2052	-0.6449	-0.6376	0.196	-0.0356	-0.0477	0.4426	-0.1679	0.3003	-3.0799	22.5433	31.5193
7	0.8777	-0.6271	-0.0694	1.0382	-0.0245	1.3236	0.0277	0.1099	0.297	-0.1909	-0.2944	0.2038	-0.3681	-0.4583	0.1631	0.2505	0.0722	-0.0702	0.2311	-0.0733	0.2556	2.9115	33.3986	33.7122
8	0.5048	0.122	-0.1641	0.9073	1.0212	1.3315	-0.0366	-0.0615	-0.0051	0.1339	-0.0684	0.0819	0.2645	-0.1703	0.0549	0.1684	-0.0151	0.0072	0.1013	-0.0216	0.1149	10.9309	24.08	41.1209
9	0.9123	-0.6522	-0.0666	2.4098	0.8905	0.9433	0.0287	-0.07	0.2286	0.1849	0.1553	-0.2495	-0.1445	0.2825	-0.1045	0.2128	-0.0252	-0.0235	0.1317	-0.0431	0.1692	20.0834	32.3107	42.94
10	1.0966	0.1668	1.2603	1.3004	0.0342	1.8423	-0.0286	0.0102	0.069	-0.2426	0.058	0.0341	-0.0657	0.1646	-0.0467	0.0635	-0.0013	0.0387	0.1178	0.0118	0.0904	16.6995	18.6026	10.7522
11	0.9862	-0.1024	0.2039	1.1818	-0.5959	0.5367	0.0527	0.1057	-0.1238	-0.1515	0.0336	-0.092	0.203	0.2786	0.2155	0.0819	0.0575	0.0264	0.1618	-0.0435	0.1087	21.5645	2.359	14.2565
12	0.794	0.4236	0.2938	0.922	0.1353	1.3478	0.0243	0.0125	-0.1497	0.0473	-0.0082	-0.0351	0.2581	0.109	-0.0225	0.1085	0.0419	0.0164	0.1003	-0.01	0.1122	16.7574	-3.2289	16.9741
13	0.8509	0.5823	0.8359	1.2258	0.4054	1.0815	-0.0129	0.0166	-0.0081	-0.0905	0.0138	0.0791	0.0932	-0.0625	0.0004	0.1069	0.0068	0.0202	0.0909	-0.0147	0.0912	3.3136	-1.7737	6.0554
14	1.5116	-0.1635	0.2161	1.8925	0.8888	0.8727	0.0332	-0.535	0.4014	0.5037	-0.0858	0.0973	0.1474	-0.2387	-0.0654	0.2234	-0.0229	0.0182	0.4265	-0.167	0.2312	-7.0571	4.9745	20.9397
15	1.4696	0.2766	0.3983	1.2902	-0.4792	1.5325	0.0205	-0.4091	-0.1657	0.069	-0.2061	-0.0349	0.2939	-0.2038	0.1336	0.1918	-0.0778	0.0261	0.2057	0.0038	0.1607	-4.2199	-5.8698	15.2375
16	0.9444	0.5409	0.2902	0.9633	0.7338	0.6613	-0.1519	-0.068	0.2464	-0.1622	-0.0353	0.1906	-0.1335	-0.1374	0.1176	0.151	0.0092	-0.0361	0.0964	-0.0266	0.1531	-3.449	3.4938	4.3904
17	0.9064	0.9604	0.0574	1.9938	0.1444	0.6244	-0.0435	0.2092	-0.2118	-0.2196	0.0999	-0.0401	0.0805	0.1643	-0.0052	0.2128	-0.0069	-0.0413	0.1278	-0.0395	0.1563	2.0163	-4.3858	-3.2277
18	0.5452	-0.3002	0.7471	0.891	-0.1354	2.9038	-0.0119	0.0768	-0.1013	0.0815	0.0512	-0.06	0.1079	0.1729	-0.0215	0.0654	0.0024	0.0139	0.1118	0.0051	0.1235	21.418	8.99	22.7055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 30 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 88 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 89 through 128 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 129 through 154 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 155 through 175 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 176 through 196 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 197 through 213 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 214 through 267 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 268 through 287 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 288 through 310 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 30 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 31 through 88 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 89 through 175 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 176 through 196 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 197 through 213 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 214 through 267 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 268 through 287 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 288 through 310 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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