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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p5p | ||||||
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タイトル | Pyrazole Carboxylic Acid Inhibitors of KEAP1:NRF2 interaction | ||||||
要素 | Kelch-like ECH-associated protein 1 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / protein ubiquitination / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / oxidative stress (酸化ストレス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to carbohydrate stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 ...cellular response to carbohydrate stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / 接着結合 / disordered domain specific binding / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein ubiquitination / negative regulation of gene expression / focal adhesion / regulation of DNA-templated transcription / 小胞体 / protein-containing complex / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Davies, T.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Fragment-Guided Discovery of Pyrazole Carboxylic Acid Inhibitors of the Kelch-like ECH-Associated Protein 1: Nuclear Factor Erythroid 2 Related Factor 2 (KEAP1:NRF2) Protein-Protein Interaction. 著者: Norton, D. / Bonnette, W.G. / Callahan, J.F. / Carr, M.G. / Griffiths-Jones, C.M. / Heightman, T.D. / Kerns, J.K. / Nie, H. / Rich, S.J. / Richardson, C. / Rumsey, W. / Sanchez, Y. / Verdonk, ...著者: Norton, D. / Bonnette, W.G. / Callahan, J.F. / Carr, M.G. / Griffiths-Jones, C.M. / Heightman, T.D. / Kerns, J.K. / Nie, H. / Rich, S.J. / Richardson, C. / Rumsey, W. / Sanchez, Y. / Verdonk, M.L. / Willems, H.M.G. / Wixted, W.E. / Wolfe 3rd, L. / Woolford, A.J. / Wu, Z. / Davies, T.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p5p.cif.gz | 132.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p5p.ent.gz | 107 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p5p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/7p5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/7p5p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35251.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z2X8 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-5RB / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.3M (NH4)2SO4 1M Li2SO4 0.1M pH=5.6 Na3 citrate/HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54187 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→35.08 Å / Num. obs: 26615 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.23 / Num. unique obs: 1125 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.85→35.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.13 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.47 Å2 / Biso mean: 23.812 Å2 / Biso min: 7.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→35.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.893 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 22.893 Å / Origin y: 61.5071 Å / Origin z: 37.8679 Å
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