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万見
- PDB-7p5e: Pyrazole Carboxylic Acid Inhibitors of KEAP1:NRF2 interaction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p5e
タイトルPyrazole Carboxylic Acid Inhibitors of KEAP1:NRF2 interaction
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / protein ubiquitination / protein-protein interaction / oxidative stress
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body ...regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite / disordered domain specific binding / midbody / cellular response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of autophagy / protein ubiquitination / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5VX / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.874 Å
データ登録者Davies, T.G. / Cleasby, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Fragment-Guided Discovery of Pyrazole Carboxylic Acid Inhibitors of the Kelch-like ECH-Associated Protein 1: Nuclear Factor Erythroid 2 Related Factor 2 (KEAP1:NRF2) Protein-Protein Interaction.
著者: Norton, D. / Bonnette, W.G. / Callahan, J.F. / Carr, M.G. / Griffiths-Jones, C.M. / Heightman, T.D. / Kerns, J.K. / Nie, H. / Rich, S.J. / Richardson, C. / Rumsey, W. / Sanchez, Y. / Verdonk, ...著者: Norton, D. / Bonnette, W.G. / Callahan, J.F. / Carr, M.G. / Griffiths-Jones, C.M. / Heightman, T.D. / Kerns, J.K. / Nie, H. / Rich, S.J. / Richardson, C. / Rumsey, W. / Sanchez, Y. / Verdonk, M.L. / Willems, H.M.G. / Wixted, W.E. / Wolfe 3rd, L. / Woolford, A.J. / Wu, Z. / Davies, T.G.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7694
ポリマ－35,2511
非ポリマー5183
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area390 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.569, 103.569, 56.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2


分子量: 35251.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-5VX / 1-[6-[3-(dimethylcarbamoyl)phenyl]pyridin-2-yl]-5-(trifluoromethyl)pyrazole-4-carboxylic acid


分子量: 404.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H15F3N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.3M (NH4)2SO4 1M Li2SO4 0.1M pH=5.6 Na3 citrate/HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→89.693 Å / Num. obs: 26614 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.874→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.346 / Num. unique obs: 665

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.874→89.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.109 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2033 1353 5.1 %RANDOM
Rwork0.1602 ---
obs0.1624 25282 94.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.78 Å2 / Biso mean: 26.589 Å2 / Biso min: 10.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0.24 Å2-0 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---1.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.874→89.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2219 0 48 310 2577
Biso mean--23.55 36.48 -
残基数----289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0152324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.331.7473172
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4931.7234566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8885294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.45519.517120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.7415312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4971521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.0212717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02451
LS精密化 シェル解像度: 1.874→1.923 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 69 -
Rwork0.265 1372 -
all-1441 -
obs--69.25 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.9219 Å / Origin y: 61.6516 Å / Origin z: 38.0034 Å
111213212223313233
T0.0263 Å20.0051 Å2-0.0165 Å2-0.0037 Å2-0.0017 Å2--0.0579 Å2
L2.3128 °2-0.5865 °2-0.5216 °2-3.3351 °20.3962 °2--1.2492 °2
S-0.0247 Å °-0.0381 Å °-0.0983 Å °0.1403 Å °0.0226 Å °0.249 Å °0.0306 Å °0.038 Å °0.0021 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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