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- PDB-3zgc: crystal structure of the KEAP1-NEH2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zgc
タイトルcrystal structure of the KEAP1-NEH2 complex
要素
  • KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1
  • NUCLEAR FACTOR ERYTHROID 2-RELATED FACTOR 2
キーワードTRANSCRIPTION / PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / integrated stress response signaling / Regulation of HMOX1 expression and activity / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / positive regulation of ERAD pathway / PERK-mediated unfolded protein response / regulation of removal of superoxide radicals ...positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / integrated stress response signaling / Regulation of HMOX1 expression and activity / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / positive regulation of ERAD pathway / PERK-mediated unfolded protein response / regulation of removal of superoxide radicals / regulation of cellular response to oxidative stress / cellular response to laminar fluid shear stress / regulation of epidermal cell differentiation / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / mediator complex / cellular response to fluid shear stress / cellular response to methionine / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of NFE2L2 gene expression / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / negative regulation of ferroptosis / regulation of innate immune response / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / cellular response to angiotensin / regulation of embryonic development / positive regulation of blood coagulation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / transcription regulator inhibitor activity / cellular response to glucose starvation / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / reactive oxygen species metabolic process / cell redox homeostasis / cellular response to copper ion / response to ischemia / transcription coregulator binding / positive regulation of D-glucose import across plasma membrane / actin filament / molecular condensate scaffold activity / Heme signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / protein-DNA complex / positive regulation of neuron projection development / RNA polymerase II transcription regulator complex / centriolar satellite / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of angiogenesis / disordered domain specific binding / cellular response to tumor necrosis factor / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / response to oxidative stress / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to hypoxia / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / Ub-specific processing proteases / regulation of autophagy / protein ubiquitination / ciliary basal body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / inflammatory response / protein domain specific binding / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated ...: / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / 6 Propeller / Neuraminidase / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Kelch-like ECH-associated protein 1 / Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hoerer, S. / Reinert, D. / Ostmann, K. / Hoevels, Y. / Nar, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Crystal-Contact Engineering to Obtain a Crystal Form of the Kelch Domain of Human Keap1 Suitable for Ligand-Soaking Experiments.
著者: Horer, S. / Reinert, D. / Ostmann, K. / Hoevels, Y. / Nar, H.
履歴
登録2012年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1
B: KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1
C: NUCLEAR FACTOR ERYTHROID 2-RELATED FACTOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,00813
ポリマ－68,4173
非ポリマー59010
水9,908550
1
A: KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1
C: NUCLEAR FACTOR ERYTHROID 2-RELATED FACTOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8136
ポリマ－34,5772
非ポリマー2364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-2.1 kcal/mol
Surface area11970 Å2
手法PISA
2
B: KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1957
ポリマ－33,8411
非ポリマー3546
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.103, 76.064, 207.541
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.001113, -0.8131, -0.5821), (-1, -0.003351, 0.002768), (-0.004201, 0.5821, -0.8131)
ベクター: 15.5, -2.317, 40.87)

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要素

#1: タンパク質 KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1 / CYTOSOLIC INHIBITOR OF NRF2 / INRF2 / KELCH-LIKE PROTEIN 19


分子量: 33840.848 Da / 分子数: 2 / 断片: KELCH DOMAIN OF HUMAN KEAP1, RESIDUES 321-609 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q14145
#2: タンパク質・ペプチド NUCLEAR FACTOR ERYTHROID 2-RELATED FACTOR 2 / NF-E2-RELATED FACTOR 2 / NFE2-RELATED FACTOR 2 / HEBP1 / NUCLEAR FACTOR / ERYTHROID DERIVED 2 / ...NF-E2-RELATED FACTOR 2 / NFE2-RELATED FACTOR 2 / HEBP1 / NUCLEAR FACTOR / ERYTHROID DERIVED 2 / LIKE 2 / NEH2-DERIVED PEPTIDE


分子量: 735.652 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 76-82 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q16236
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細E540A E542A CHAIN C IS CYCLIZED VIA GLYCINE 76

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 4.0 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→76.88 Å / Num. obs: 61950 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 44.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U6D

1u6d


解像度: 2.2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9552 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9489 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.14 / SU Rfree Blow DPI: 0.122 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.118
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1883 3097 5 %RANDOM
Rwork0.1724 ---
obs0.1732 61947 99.81 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4114 Å20 Å20 Å2
2--3.6312 Å20 Å2
3---0.7802 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.239 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4422 0 40 550 5012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084562HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.026202HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1498SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes102HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes702HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4562HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.16
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion564SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5310SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2275 227 5 %
Rwork0.2211 4309 -
all0.2215 4536 -
obs--99.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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