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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o4c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PASTA domains of the Penicillin-Binding Protein 1 (PBP1) from Staphylococcus aureus | ||||||
要素 | Penicillin-binding protein 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Cell division (細胞分裂) / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / peptidoglycan synthesis (ペプチドグリカン) / transpeptidase / penicillin-binding protein (ペニシリン結合タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å | ||||||
データ登録者 | Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021 タイトル: Integrative structural biology of the penicillin-binding protein-1 from Staphylococcus aureus , an essential component of the divisome machinery. 著者: Martinez-Caballero, S. / Mahasenan, K.V. / Kim, C. / Molina, R. / Feltzer, R. / Lee, M. / Bouley, R. / Hesek, D. / Fisher, J.F. / Munoz, I.G. / Chang, M. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o4c.cif.gz | 113.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o4c.ent.gz | 86.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o4c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o4c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12647.298 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: pbp1, SACOL1194 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2WVW5 #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: PEG 400 HEPES free acid/sodium hydroxide PEG 3000 Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→42.51 Å / Num. obs: 46753 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.012 / Net I/σ(I): 30.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.687 / Num. unique obs: 2309 / Rpim(I) all: 0.193 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5OAU 解像度: 1.51→40.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.456 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 169.98 Å2 / Biso mean: 31.602 Å2 / Biso min: 14.79 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.51→40.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.51→1.549 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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