PDB-7lt5: CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lt5

タイトル

CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA and Cofactor SAH

要素

DNA Strand 1デオキシリボ核酸
DNA Strand 2デオキシリボ核酸
Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)DNAメチルトランスフェラーゼ

キーワード

TRANSFERASE/DNA /

DNA Adenine Methylation (DNAメチル化) /

PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) /

TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

N-methyltransferase activity /

Damメチラーゼ /

site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity /

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Horton, J.R. / Cheng, X. / Zhou, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Clostridioides difficile specific DNA adenine methyltransferase CamA squeezes and flips adenine out of DNA helix.
著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.

履歴

登録	2021年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lt5.cif.gz	901.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lt5.ent.gz	656.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/7lt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/7lt5	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (1)
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DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

E: DNA Strand 2

D: DNA Strand 1

F: DNA Strand 1

G: DNA Strand 2

H: DNA Strand 1

I: DNA Strand 2

ヘテロ分子

234 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

E: DNA Strand 2

D: DNA Strand 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
78 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

F: DNA Strand 1

G: DNA Strand 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

H: DNA Strand 1

I: DNA Strand 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.418, 160.856, 230.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / DNAメチルトランスフェラーゼ / CamA methyltransferase 分子量: 68887.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル) 株: 630 / 遺伝子: CD630_27580 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q183J3, Damメチラーゼ

#1: タンパク質

Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) /

DNAメチルトランスフェラーゼ / CamA methyltransferase

分子量: 68887.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
株: 630 / 遺伝子: CD630_27580 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q183J3,

Damメチラーゼ

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 EGIDFH

#2: DNA鎖	DNA Strand 2 / デオキシリボ核酸分子量: 4325.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
#3: DNA鎖	DNA Strand 1 / デオキシリボ核酸分子量: 4232.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)

-
非ポリマー , 3種, 347分子

#4: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.08 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.3, 23% PEG 3350, 0.27 M Potassium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→45.1 Å / Num. obs: 88557 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 40.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.179 / R_pim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.54→2.64 Å / R_merge(I) obs: 1.498 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 8168 / CC_1/2: 0.564 / R_pim(I) all: 0.478 / % possible all: 83.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 7LNJ

7lnj

解像度: 2.54→45.1 Å / SU ML: 0.3178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5208
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	2000	2.26 %
R_work	0.1771	86478	-
obs	0.1779	88478	88.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54→45.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13895	1686	114	335	16030

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	16193
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4912	22179
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0406	2444
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	2483
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.3812	6119

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.54-2.61	0.3374	125	0.2849	5411	X-RAY DIFFRACTION	78.87
2.61-2.68	0.2896	132	0.2598	5707	X-RAY DIFFRACTION	82.82
2.68-2.76	0.3164	133	0.2508	5721	X-RAY DIFFRACTION	83.01
2.76-2.85	0.2939	132	0.2423	5719	X-RAY DIFFRACTION	82.71
2.85-2.95	0.2973	132	0.2342	5704	X-RAY DIFFRACTION	82.7
2.95-3.06	0.2744	134	0.231	5788	X-RAY DIFFRACTION	83.48
3.06-3.2	0.2934	135	0.2245	5861	X-RAY DIFFRACTION	84.36
3.2-3.37	0.2503	137	0.1945	5914	X-RAY DIFFRACTION	85.29
3.37-3.58	0.2293	141	0.168	6103	X-RAY DIFFRACTION	87.62
3.58-3.86	0.2135	148	0.1688	6377	X-RAY DIFFRACTION	91.08
3.86-4.25	0.166	155	0.1407	6750	X-RAY DIFFRACTION	96.55
4.25-4.86	0.1672	162	0.1276	6993	X-RAY DIFFRACTION	99.28
4.86-6.12	0.1561	164	0.1505	7083	X-RAY DIFFRACTION	99.89
6.13-45.1	0.161	170	0.1612	7347	X-RAY DIFFRACTION	99.58

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.18961085557	-2.51087178344	2.03190880923	6.7735494739	-2.02718023526	2.59482678067	0.0776066180973	0.144163220348	0.0780864905124	-0.767981696898	-0.109435881641	0.556633031915	0.11977812257	-0.447776297476	0.0248242492127	0.459311232217	-0.0307978961716	0.0116931796232	0.41246502506	-0.0930368340134	0.396644481008	-39.0685986578	-5.6458978241	22.0392829264
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6	6	chain 'A' and (resid 429 through 535 )	A	A	429 - 535	420 - 526
7	7	chain 'A' and (resid 536 through 577 )	A	A	536 - 577	527 - 568
8	8	chain 'B' and (resid 2 through 130 )	B	E	2 - 130	1 - 129
9	9	chain 'B' and (resid 131 through 311 )	B	E	131 - 311	130 - 310
10	10	chain 'B' and (resid 312 through 577 )	B	E	312 - 577	311 - 576
11	11	chain 'C' and (resid 7 through 44 )	C	F	7 - 44	1 - 38
12	12	chain 'C' and (resid 45 through 301 )	C	F	45 - 301	39 - 284
13	13	chain 'C' and (resid 302 through 381 )	C	F	302 - 381	285 - 364
14	14	chain 'C' and (resid 382 through 428 )	C	F	382 - 428	365 - 411
15	15	chain 'C' and (resid 429 through 535 )	C	F	429 - 535	412 - 518
16	16	chain 'C' and (resid 536 through 577 )	C	F	536 - 577	519 - 560
17	17	chain 'E' and (resid 2 through 14 )	E	G	2 - 14
18	18	chain 'D' and (resid 1 through 14 )	D	H	1 - 14
19	19	chain 'F' and (resid 1 through 14 )	F	I	1 - 14
20	20	chain 'G' and (resid 1 through 14 )	G	J	1 - 14
21	21	chain 'H' and (resid 1 through 14 )	H	K	1 - 14
22	22	chain 'I' and (resid 1 through 14 )	I	L	1 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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