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- PDB-6iwt: Crystal structure of methyltransferase COMT-S in P. praeruptorum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iwt
タイトルCrystal structure of methyltransferase COMT-S in P. praeruptorum
要素Pmethyltransferase pCOMT-S
キーワードTRANSFERASE / O-methyltransferase / O-methylation / evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


8-hydroxyfuranocoumarin 8-O-methyltransferase / 5-hydroxyfuranocoumarin 5-O-methyltransferase / coumarin biosynthetic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / response to UV / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / response to hydrogen peroxide / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / Plant O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Plant methyltransferase dimerisation / Plant O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Esculetin O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Peucedanum praeruptorum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Wang, N.N. / Zeng, Z.X.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: The Molecular and Structural Basis ofO-methylation Reaction in Coumarin Biosynthesis inPeucedanum praeruptorumDunn.
著者: Zhao, Y. / Wang, N. / Sui, Z. / Huang, C. / Zeng, Z. / Kong, L.
履歴
登録2018年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pmethyltransferase pCOMT-S
B: Pmethyltransferase pCOMT-S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2574
ポリマ－80,0452
非ポリマー2122
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8750 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area28670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.370, 70.390, 59.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.870, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 17 - 362 / Label seq-ID: 17 - 362

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Pmethyltransferase pCOMT-S


分子量: 40022.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Peucedanum praeruptorum (植物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A0A4P8DY91*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES monohydrate pH 6.0, 22% v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→66.59 Å / Num. obs: 27497 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 74.43 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.53→2.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.586 / Num. unique obs: 7085 / CC1/2: 0.735 / Rpim(I) all: 0.372

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11_2567精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KYZ

1kyz


解像度: 2.53→66.589 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 1391 5.06 %
Rwork0.1886 --
obs0.1923 27488 95.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 156.67 Å2 / Biso mean: 82.536 Å2 / Biso min: 36.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.53→66.589 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5304 0 14 4 5322
Biso mean--74.54 60.63 -
残基数----692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0717362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059824
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6663282
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3142X-RAY DIFFRACTION14.835TORSIONAL
12B3142X-RAY DIFFRACTION14.835TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5301-2.62050.34791460.2996263298
2.6205-2.72540.35741310.2971252093
2.7254-2.84950.33511460.2843256595
2.8495-2.99970.32731250.2445263297
2.9997-3.18760.31341320.2269271199
3.1876-3.43380.32791650.228259097
3.4338-3.77930.27741400.2032256295
3.7793-4.32610.22981380.1756253493
4.3261-5.450.24921340.1599267597
5.45-100.21061340.1537267695
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 65.2208 Å / Origin y: -2.2881 Å / Origin z: 56.1644 Å
111213212223313233
T0.5564 Å2-0.0074 Å20.0081 Å2-0.3984 Å2-0.141 Å2--0.3417 Å2
L3.1312 °2-0.8853 °20.2843 °2-1.6947 °2-0.8435 °2--1.4846 °2
S0.2499 Å °0.1201 Å °0.0643 Å °-0.0767 Å °-0.2096 Å °-0.0101 Å °-0.034 Å °0.2597 Å °-0.032 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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