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Yorodumi- PDB-6i72: Structure of Fragaria ananassa O-methyltransferase in complex wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6i72 | ||||||
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Title | Structure of Fragaria ananassa O-methyltransferase in complex with S-adenosylhomocysteine and caffeic acid | ||||||
Components | O-methyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / fruit ripening / strawberry / volatiles / O-methyltransferase / SAM / SAH / caffeic acid / ferulic acid / protocatechuic aldehyde / vanillin / furaneol / furaneol methyl ether | ||||||
Function / homology | Function and homology information caffeate O-methyltransferase / lignin biosynthetic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Fragaria ananassa (strawberry) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Heldner, A. / Schiefner, A. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Structural insights into enzymatic formation of the strawberry flavor compound 2,5-dimethyl-4-methoxy-3(2H)-furanone Authors: Heldner, A. / Schiefner, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6i72.cif.gz | 309.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6i72.ent.gz | 247.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6i72.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6i72_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6i72_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 6i72_validation.xml.gz | 35 KB | Display | |
Data in CIF | 6i72_validation.cif.gz | 53.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/6i72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/6i72 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6i70C 6i71C 6i73SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 39718.074 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fragaria ananassa (strawberry) / Gene: omt1 / Plasmid: pASK75 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q9M602 |
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-Non-polymers , 5 types, 730 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.41 % / Description: bipyramidal |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.4-0.6 M Ammonium sulfate, 1 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium malonate PH range: 5.5-6.25 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.3 / Wavelength: 0.8943 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 23, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si-111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8943 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→29.36 Å / Num. obs: 136500 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 9.26 % / Biso Wilson estimate: 26.484 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 1.076 / Net I/σ(I): 19.55 / Num. measured all: 1263944 / Scaling rejects: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6I73 Resolution: 1.5→29.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.171 / SU ML: 0.04 / SU R Cruickshank DPI: 0.0564 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.058 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.08 Å2 / Biso mean: 23.02 Å2 / Biso min: 12.3 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→29.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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