+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6i70 | ||||||
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Title | Structure of Fragaria ananassa O-methyltransferase - apo form | ||||||
Components | O-methyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / fruit ripening / strawberry / volatiles / O-methyltransferase / SAM / SAH / caffeic acid / ferulic acid / protocatechuic aldehyde / vanillin / furaneol / furaneol methyl ether | ||||||
Function / homology | Function and homology information caffeate O-methyltransferase / lignin biosynthetic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Fragaria ananassa (strawberry) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Heldner, A. / Schiefner, A. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Structural insights into enzymatic formation of the strawberry flavor compound 2,5-dimethyl-4-methoxy-3(2H)-furanone Authors: Heldner, A. / Schiefner, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6i70.cif.gz | 285.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6i70.ent.gz | 231.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6i70.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6i70_validation.pdf.gz | 450.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6i70_full_validation.pdf.gz | 458.6 KB | Display | |
Data in XML | 6i70_validation.xml.gz | 26.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6i70_validation.cif.gz | 37.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/6i70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/6i70 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6i71C 6i72C 6i73SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 14 - 364 / Label seq-ID: 11 - 361
|
-Components
#1: Protein | Mass: 39718.074 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fragaria ananassa (strawberry) / Gene: omt1 / Plasmid: pASK75 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: Q9M602 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.36 % / Description: cuboid |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 20-30 % (w/v) PEG3350, 0.2 M Lithium nitrate, 0.1 M Hepes/Sodium PH range: 7.0-7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Aug 30, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: KMC-2 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→34.73 Å / Num. obs: 42203 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 10.45 % / Biso Wilson estimate: 50.056 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 24.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6I73 Resolution: 2.1→34.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 12.463 / SU ML: 0.155 / SU R Cruickshank DPI: 0.2418 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.18 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 156.55 Å2 / Biso mean: 54.529 Å2 / Biso min: 26.85 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→34.73 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 10547 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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