PDB-6i70: Structure of Fragaria ananassa O-methyltransferase - apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i70

タイトル

Structure of Fragaria ananassa O-methyltransferase - apo form

要素

O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / fruit ripening / strawberry / volatiles / O-methyltransferase / SAM / SAH / caffeic acid / ferulic acid / protocatechuic aldehyde / vanillin / furaneol / furaneol methyl ether

機能・相同性

機能・相同性情報

caffeate O-methyltransferase / lignin biosynthetic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Fragaria ananassa (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Heldner, A. / Schiefner, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into enzymatic formation of the strawberry flavor compound 2,5-dimethyl-4-methoxy-3(2H)-furanone
著者: Heldner, A. / Schiefner, A.

履歴

登録	2018年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i70.cif.gz	285.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i70.ent.gz	231.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i70.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i70_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i70_full_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示
XML形式データ	6i70_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	6i70_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/6i70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/6i70	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i71C 6i72C 6i73SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6iwt-d 6i6k-d 6i6l-d 6i72-d 6yjw-d 6i6n-d 6neh-d 1kyw-1 1t4b-d 5ice-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: O-methyltransferase

B: O-methyltransferase

ヘテロ分子

79.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.203, 147.098, 131.057
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 14 - 364 / Label seq-ID: 11 - 361

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	O-methyltransferase 分子量: 39718.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fragaria ananassa (植物) / 遺伝子: omt1 / プラスミド: pASK75 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9M602
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.36 % / 解説: cuboid
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20-30 % (w/v) PEG3350, 0.2 M Lithium nitrate, 0.1 M Hepes/Sodium PH範囲: 7.0-7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月30日

放射

モノクロメーター: KMC-2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→34.73 Å / Num. obs: 42203 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.45 % / B_iso Wilson estimate: 50.056 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 1.002 / Net I/σ(I): 24.16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.2	10.129	1.267	1.89	5430	0.707	1.336	100
2.2-2.3	10.72	0.712	3.46	4533	0.892	0.748	100
2.3-2.5	10.971	0.392	6.31	7052	0.968	0.412	100
2.5-3	10.433	0.156	14.5	10462	0.995	0.164	100
3-4	10.491	0.046	41.85	8397	0.999	0.049	100
4-6	9.891	0.027	68.01	4401	1	0.029	100
6-8	10.098	0.024	71.84	1091	1	0.025	100
8-10	10.707	0.02	87.05	406	1	0.022	100
10-34.73	9.053	0.024	77.08	431	1	0.025	96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6I73

6i73

解像度: 2.1→34.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 12.463 / SU ML: 0.155 / SU R Cruickshank DPI: 0.2418 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.18
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	2138	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2021	-	-	-
obs	0.2034	40065	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 156.55 Å² / B_iso mean: 54.529 Å² / B_iso min: 26.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→34.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5370	0	8	173	5551
B_iso mean	-	-	68.66	48.14	-
残基数	-	-	-	-	702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.014	5522
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5170
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.504	1.643	7480
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.925	1.639	12095
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.48	5	706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.676	24.141	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.92	15	961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.264	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	717
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	996

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10547 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.422	157	-
R_work	0.425	2930	-
all	-	3087	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6864	2.3307	0.0841	0.9596	0.0399	0.0209	-0.1502	0.0715	0.0621	-0.0663	0.0574	0.0578	-0.0124	-0.0153	0.0928	0.3776	-0.0217	-0.0016	0.3733	0.0038	0.4481	-33.3908	-62.112	-10.1132
2	1.8732	0.3083	-0.3825	4.007	-0.2477	3.2835	-0.4284	0.6444	0.2485	-1.11	0.2315	0.2579	-0.1298	-0.3338	0.1969	0.4288	-0.1234	-0.149	0.3133	0.0564	0.0715	-23.9784	-43.8396	-31.2732
3	2.5955	0.0728	0.0922	1.9164	-0.5611	1.4245	-0.1281	0.0144	0.111	0.0099	0.0809	-0.0725	-0.3508	0.1568	0.0472	0.1606	-0.0199	-0.0496	0.1243	-0.0124	0.0319	-7.9746	-35.7303	-12.0077
4	1.0865	0.7616	-0.0894	5.3633	-0.2435	1.6921	0.127	0.0376	0.402	-0.1081	-0.2064	-0.0692	-0.5883	0.1768	0.0794	0.2918	0.0025	0.0141	0.1769	0.011	0.1864	-19.0653	-18.0993	-4.5807
5	4.4367	0.3344	-0.4406	7.4698	0.7709	6.4384	-0.0218	-0.2443	0.4423	0.3266	-0.1187	0.509	-0.408	-0.2659	0.1405	0.1671	-0.0333	0.0663	0.1187	-0.0328	0.1677	-25.4356	-23.1082	3.7262
6	1.5146	0.5549	-0.6379	2.6507	0.5557	3.4144	-0.159	-0.0745	0.0041	0.0701	0.0324	-0.0718	0.2818	0.0441	0.1266	0.0601	0.0183	-0.0021	0.0547	-0.0068	0.0121	-18.6739	-49.8991	-4.5939
7	4.7885	-3.3502	-3.8249	3.4699	4.983	8.1487	0.4448	0.0139	-1.0575	0.1724	0.8952	-0.4794	1.1834	1.7723	-1.34	1.1057	0.3657	-0.1373	0.7877	-0.8346	1.9003	-0.4816	-57.57	-23.2607
8	2.9001	-0.4665	1.1855	3.6513	-1.19	3.4556	-0.1478	0.0975	-0.4407	-0.3086	0.1073	-0.1622	0.3225	0.0546	0.0406	0.344	-0.0665	0.1788	0.1825	-0.061	0.1436	-15.5346	-76.7139	-24.9169
9	6.1008	0.9251	-3.2307	3.993	-0.0069	4.2658	0.0872	-0.0384	-0.0388	-0.1049	-0.0116	0.141	-0.0591	0.0335	-0.0757	0.227	-0.0547	-0.0327	0.1895	-0.0093	0.1093	-22.9056	-55.1713	-24.5189
10	3.9837	-0.8125	0.4305	8.5353	0.3093	5.6252	-0.2265	0.0996	-0.3143	-0.2226	0.2316	0.8068	0.2991	-0.3781	-0.0051	0.2839	-0.0814	0.0084	0.31	-0.0426	0.1235	-26.1515	-71.2497	-32.5966

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 119
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	120 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	184 - 323
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	324 - 364
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	14 - 154
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	155 - 171
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	172 - 303
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	304 - 324
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	325 - 364

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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