PDB-7lnj: CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lnj

タイトル

CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA

要素

DNA Strand 1
DNA Strand 2
Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

キーワード

TRANSFERASE/DNA / DNA Adenine Methylation / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Horton, J.R. / Cheng, X. / Zhou, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Clostridioides difficile specific DNA adenine methyltransferase CamA squeezes and flips adenine out of DNA helix.
著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.

履歴

登録	2021年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lnj.cif.gz	858.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lnj.ent.gz	624.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnj	HTTPS FTP

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関連構造データ

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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

E: DNA Strand 2

D: DNA Strand 1

F: DNA Strand 1

G: DNA Strand 2

H: DNA Strand 1

I: DNA Strand 2

232 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

E: DNA Strand 2

D: DNA Strand 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
77.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

F: DNA Strand 1

G: DNA Strand 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

H: DNA Strand 1

I: DNA Strand 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.4 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.253, 161.361, 230.633
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / CamA methyltransferase 分子量: 68887.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD630_27580 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q183J3, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
#2: DNA鎖	DNA Strand 2 分子量: 4325.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA Strand 1 分子量: 4232.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.66 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.7, 23% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.3 M potassium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→44.35 Å / Num. obs: 75973 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 10.3 % / B_iso Wilson estimate: 56.88 Å² / R_merge(I) obs: 0.224 / R_pim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.68→2.79 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 2.04 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 6312 / CC_1/2: 0.384 / R_pim(I) all: 0.69 / % possible all: 73.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 7LNI

7lni

解像度: 2.68→44.35 Å / SU ML: 0.4054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6037
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2507	3871	5.1 %
R_work	0.2103	72102	-
obs	0.2123	75973	87.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→44.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13239	1686	0	124	15049

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	15409
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4314	21145
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0389	2337
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0026	2363
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5501	5790

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.68-2.71	0.5044	116	0.4501	1768	X-RAY DIFFRACTION	61.29
2.71-2.75	0.4467	129	0.4031	2110	X-RAY DIFFRACTION	72.53
2.75-2.78	0.3911	105	0.3593	2229	X-RAY DIFFRACTION	76.73
2.78-2.82	0.3337	123	0.3406	2267	X-RAY DIFFRACTION	78.1
2.82-2.86	0.3939	117	0.3171	2379	X-RAY DIFFRACTION	81.49
2.86-2.9	0.3395	124	0.3143	2403	X-RAY DIFFRACTION	82.23
2.9-2.95	0.3677	121	0.3038	2425	X-RAY DIFFRACTION	82.39
2.95-3	0.3481	131	0.2911	2480	X-RAY DIFFRACTION	85.24
3-3.05	0.3474	107	0.2813	2524	X-RAY DIFFRACTION	84.93
3.05-3.1	0.3424	131	0.2929	2529	X-RAY DIFFRACTION	87.36
3.1-3.16	0.3223	126	0.2855	2545	X-RAY DIFFRACTION	85.42
3.16-3.23	0.3408	150	0.2899	2522	X-RAY DIFFRACTION	87.78
3.23-3.3	0.3202	142	0.284	2554	X-RAY DIFFRACTION	86.52
3.3-3.38	0.2363	134	0.2383	2530	X-RAY DIFFRACTION	87.92
3.38-3.46	0.2425	134	0.212	2566	X-RAY DIFFRACTION	86.76
3.46-3.55	0.2806	111	0.2009	2603	X-RAY DIFFRACTION	87.29
3.55-3.66	0.24	120	0.198	2555	X-RAY DIFFRACTION	86.74
3.66-3.78	0.2491	144	0.2012	2538	X-RAY DIFFRACTION	86.24
3.78-3.91	0.2575	131	0.1971	2589	X-RAY DIFFRACTION	87.71
3.91-4.07	0.2254	162	0.1833	2581	X-RAY DIFFRACTION	88.83
4.07-4.25	0.2033	163	0.1639	2646	X-RAY DIFFRACTION	90.12
4.25-4.48	0.2067	158	0.1593	2732	X-RAY DIFFRACTION	93.08
4.48-4.76	0.1862	152	0.151	2890	X-RAY DIFFRACTION	96.51
4.76-5.12	0.2162	166	0.165	2954	X-RAY DIFFRACTION	99.24
5.12-5.64	0.2282	165	0.1727	2974	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.64-6.45	0.21	155	0.1858	3028	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.45-8.12	0.2198	178	0.196	3022	X-RAY DIFFRACTION	99.69
8.12-44.35	0.22	176	0.191	3159	X-RAY DIFFRACTION	99.23

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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22	0.719409417806	-1.0295715653	-0.509810926442	1.43152315587	-0.406682607473	0.954088995538	0.289659036573	-0.159940213322	0.147639099751	-0.0306427125367	-0.0537877365282	-0.276169778106	-0.762139977997	0.358452206193	0.000423505393356	0.460056700365	-0.0884725317832	0.0576076092566	0.454172822908	0.00934747319125	0.402230287939	4.87658821678	-2.59267120716	-25.6756464302
23	0.574324456501	-0.383581098812	0.745217392772	0.098350679691	-0.610748241178	0.824945652204	-0.260490029175	-0.0504176801275	0.32167335245	-0.187590315147	0.156162820142	-0.251452113701	0.0487911325335	0.222595946666	-1.3070706892E-7	0.524603953411	-0.0909390751091	0.157683249234	0.352969117214	0.0604958305986	0.547989786919	7.85371367284	-0.101593410607	-28.6296479635
24	0.690604563924	-0.682893140325	0.701328318725	1.02162535374	0.100366637848	0.936953733647	-0.100789288247	0.0777744266039	-0.104960431396	-0.281959285048	-0.119673562215	-1.13275004109	-0.0795427544175	0.639873431876	0.00164009300007	0.711571050545	-0.110159699616	0.134370511486	0.584729668509	0.133490397676	0.913350284474	31.7328381994	32.6899065488	-41.7477625284
25	1.17974371917	-1.23749428375	-0.165860100311	1.16575273394	0.295529338209	1.2070142664	-0.0809035172171	-1.21609075863	0.958882571046	-0.167538697793	-0.60837735291	-0.154908360123	-0.382451253868	1.08704206909	-0.08002660774	0.570662205252	-0.209855790575	-0.0883796549789	0.653906538402	0.0461293749176	0.996900677645	35.0343532799	36.5138887803	-41.3831711244

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 26 through 66 )	A	A	26 - 66	1 - 41
2	2	chain 'A' and (resid 67 through 130 )	A	A	67 - 130	42 - 105
3	3	chain 'A' and (resid 131 through 273 )	A	A	131 - 273	106 - 239
4	4	chain 'A' and (resid 274 through 359 )	A	A	274 - 359	240 - 325
5	5	chain 'A' and (resid 360 through 428 )	A	A	360 - 428	326 - 394
6	6	chain 'A' and (resid 429 through 535 )	A	A	429 - 535	395 - 501
7	7	chain 'A' and (resid 536 through 577 )	A	A	536 - 577	502 - 543
8	8	chain 'B' and (resid 28 through 97 )	B	B	28 - 97	1 - 70
9	9	chain 'B' and (resid 98 through 143 )	B	B	98 - 143	71 - 116
10	10	chain 'B' and (resid 144 through 273 )	B	B	144 - 273	117 - 246
11	11	chain 'B' and (resid 274 through 577 )	B	B	274 - 577	247 - 550
12	12	chain 'C' and (resid 28 through 66 )	C	C	28 - 66	1 - 39
13	13	chain 'C' and (resid 67 through 97 )	C	C	67 - 97	40 - 70
14	14	chain 'C' and (resid 98 through 259 )	C	C	98 - 259	71 - 221
15	15	chain 'C' and (resid 260 through 320 )	C	C	260 - 320	222 - 282
16	16	chain 'C' and (resid 321 through 381 )	C	C	321 - 381	283 - 343
17	17	chain 'C' and (resid 382 through 428 )	C	C	382 - 428	344 - 390
18	18	chain 'C' and (resid 429 through 535 )	C	C	429 - 535	391 - 497
19	19	chain 'C' and (resid 536 through 577 )	C	C	536 - 577	498 - 539
20	20	chain 'E' and (resid 2 through 14 )	E	D	2 - 14
21	21	chain 'D' and (resid 1 through 14 )	D	E	1 - 14
22	22	chain 'F' and (resid 1 through 14 )	F	F	1 - 14
23	23	chain 'G' and (resid 1 through 14 )	G	G	1 - 14
24	24	chain 'H' and (resid 1 through 14 )	H	H	1 - 14
25	25	chain 'I' and (resid 1 through 14 )	I	I	1 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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