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Yorodumi- PDB-7lnj: CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lnj | ||||||
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Title | CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / DNA Adenine Methylation / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Clostridioides difficile (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.68 Å | ||||||
Authors | Horton, J.R. / Cheng, X. / Zhou, J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Clostridioides difficile specific DNA adenine methyltransferase CamA squeezes and flips adenine out of DNA helix. Authors: Zhou, J. / Horton, J.R. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7lnj.cif.gz | 858.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7lnj.ent.gz | 624.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7lnj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7lniSC 7lt5C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 68887.172 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridioides difficile (bacteria) / Strain: 630 / Gene: CD630_27580 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta References: UniProt: Q183J3, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) #2: DNA chain | Mass: 4325.825 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | Mass: 4232.795 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 62.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.7 Details: 0.1 M Bis-Tris pH 6.7, 23% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.3 M potassium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 20, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.68→44.35 Å / Num. obs: 75973 / % possible obs: 87.8 % / Redundancy: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 56.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.224 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 16.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.68→2.79 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 2.04 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 6312 / CC1/2: 0.384 / Rpim(I) all: 0.69 / % possible all: 73.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 7LNI Resolution: 2.68→44.35 Å / SU ML: 0.4054 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.6037 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.68→44.35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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