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- PDB-7lpy: Crystal structures and ribonuclease activity of the Flavivirus ho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lpy
タイトルCrystal structures and ribonuclease activity of the Flavivirus host factor ERI3 that is involved in viral RNA synthesis define the ERI subfamily of structure-specific 3-prime - 5-prime exoribonucleases
要素ERI1 exoribonuclease 3
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE METAL BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / エキソヌクレアーゼ / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / : / ERI1 exoribonuclease 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Thapar, R. / Andrew, A.S. / Tainer, J.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Robert A. Welch Foundation 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA220430 米国
Other privateGAP Award (to R.T., J.A.T) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures and ribonuclease activity of the Flavivirus host factor ERI3 that is involved in viral RNA synthesis define the ERI subfamily of structure-specific 3' - 5' exoribonucleases
著者: Thapar, R. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
履歴
登録2021年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ERI1 exoribonuclease 3
B: ERI1 exoribonuclease 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1429
ポリマ－50,1362
非ポリマー1,0067
水2,846158
1
A: ERI1 exoribonuclease 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5254
ポリマ－25,0681
非ポリマー4573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ERI1 exoribonuclease 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6175
ポリマ－25,0681
非ポリマー5494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.555, 74.639, 96.709
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and resid 136 through 503)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METLYSA1 - 200
d_12ens_1AMPAMPB
d_13ens_1MNMNC
d_21ens_1METLYSE1 - 200
d_22ens_1AMPAMPF
d_23ens_1MNMNG

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.0219057580138, 0.116957329073, 0.992895322248), (0.205951107689, 0.971304874946, -0.118957896537), (-0.978317064661, 0.207093754331, -0.00281032192661)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.0219057580138, 0.116957329073, 0.992895322248), (0.205951107689, 0.971304874946, -0.118957896537), (-0.978317064661, 0.207093754331, -0.00281032192661)
ベクター: 46.8625541359, 18.1390559779, 41.4894644022)

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要素

#1: タンパク質 ERI1 exoribonuclease 3 / Prion interactor 1 / Prion protein-interacting protein


分子量: 25068.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERI3, PINT1, PRNPIP, PRNPIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O43414, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 35% PEG 3350, 20% saturated KCl, 200 mM Imidazole / Malate buffer pH 8.0, 5mM MnCl2, 18mM AMP, 3.3 mM N-{2-[4-(thiophen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]ethyl}-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-2- ...詳細: 35% PEG 3350, 20% saturated KCl, 200 mM Imidazole / Malate buffer pH 8.0, 5mM MnCl2, 18mM AMP, 3.3 mM N-{2-[4-(thiophen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]ethyl}-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-2-carboxamide (from Life Chemicals)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→37.32 Å / Num. obs: 240157 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.54 % / Biso Wilson estimate: 39.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.16
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / Num. unique obs: 5775 / CC1/2: 0.679

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XRI

2xri


解像度: 1.85→37.32 Å / SU ML: 0.2545 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.0151
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2051 3156 5.04 %
Rwork0.1789 59494 -
obs0.1802 62650 89.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→37.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3222 0 56 158 3436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7944569
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0495490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.09631258
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.605110735492 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.880.45491070.41421910X-RAY DIFFRACTION66.79
1.88-1.910.44531130.38552025X-RAY DIFFRACTION69.87
1.91-1.940.40491040.34582125X-RAY DIFFRACTION74.47
1.94-1.970.34641170.34542231X-RAY DIFFRACTION77.16
1.97-2.010.32271210.30742236X-RAY DIFFRACTION77.94
2.01-2.050.32061270.30152346X-RAY DIFFRACTION81.97
2.05-2.090.34171240.27332425X-RAY DIFFRACTION82.79
2.09-2.130.26971270.27322428X-RAY DIFFRACTION85.17
2.13-2.180.21671350.25642470X-RAY DIFFRACTION85.75
2.18-2.240.27621360.22782613X-RAY DIFFRACTION90.64
2.24-2.30.3061410.2332667X-RAY DIFFRACTION92.55
2.3-2.370.26521400.22312733X-RAY DIFFRACTION94.6
2.37-2.440.24391440.21562767X-RAY DIFFRACTION95.98
2.44-2.530.27331510.21082819X-RAY DIFFRACTION97.63
2.53-2.630.22271530.21172811X-RAY DIFFRACTION97.98
2.63-2.750.2031510.1952844X-RAY DIFFRACTION98.49
2.75-2.90.26341500.21442814X-RAY DIFFRACTION97.73
2.9-3.080.25351580.20422878X-RAY DIFFRACTION99.44
3.08-3.310.24681510.18842864X-RAY DIFFRACTION99.6
3.32-3.650.20921510.16782875X-RAY DIFFRACTION99.93
3.65-4.180.15021590.14172866X-RAY DIFFRACTION99.38
4.18-5.260.16711460.12562869X-RAY DIFFRACTION99.97
5.26-37.320.13071500.13942878X-RAY DIFFRACTION99.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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