+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7red | ||||||
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Title | Holo Hemophilin from A. baumannii | ||||||
Components | Hemophilin | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / Heme Binding / Secreted | ||||||
Function / homology | Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii NIPH 201 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.53 Å | ||||||
Authors | Bateman, T.J. / Shah, M. / Moraes, T.F. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: A Slam-dependent hemophore contributes to heme acquisition in the bacterial pathogen Acinetobacter baumannii. Authors: Bateman, T.J. / Shah, M. / Ho, T.P. / Shin, H.E. / Pan, C. / Harris, G. / Fegan, J.E. / Islam, E.A. / Ahn, S.K. / Hooda, Y. / Gray-Owen, S.D. / Chen, W. / Moraes, T.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7red.cif.gz | 105.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7red.ent.gz | 79.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7red.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7red_validation.pdf.gz | 785.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7red_full_validation.pdf.gz | 785.3 KB | Display | |
Data in XML | 7red_validation.xml.gz | 12.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7red_validation.cif.gz | 19.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7red ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7red | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25128.086 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii NIPH 201 (bacteria) Gene: F922_02812 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: N9GH75 |
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#2: Chemical | ChemComp-HEM / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 36.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.15 Details: 100 mM sodium acetate pH 4.15, 3.25 M sodium formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 105 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.9796 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jul 19, 2016 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.53→38.692 Å / Num. obs: 29892 / % possible obs: 99.99 % / Redundancy: 14.4 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 31.93 |
Reflection shell | Resolution: 1.53→1.585 Å / Num. unique obs: 2914 / CC1/2: 0.979 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.53→38.692 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 15.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 43.85 Å2 / Biso mean: 12.247 Å2 / Biso min: 4.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.53→38.692 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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