+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rea | ||||||
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Title | Apo Hemophilin from A. baumannii | ||||||
Components | Hemophilin | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / Heme Binding / Secreted | ||||||
Function / homology | Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii NIPH 201 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.49 Å | ||||||
Authors | Bateman, T.J. / Shah, M. / Moraes, T.F. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: A Slam-dependent hemophore contributes to heme acquisition in the bacterial pathogen Acinetobacter baumannii. Authors: Bateman, T.J. / Shah, M. / Ho, T.P. / Shin, H.E. / Pan, C. / Harris, G. / Fegan, J.E. / Islam, E.A. / Ahn, S.K. / Hooda, Y. / Gray-Owen, S.D. / Chen, W. / Moraes, T.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7rea.cif.gz | 106.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7rea.ent.gz | 78.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7rea.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7rea_validation.pdf.gz | 398.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7rea_full_validation.pdf.gz | 398.9 KB | Display | |
Data in XML | 7rea_validation.xml.gz | 13.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7rea_validation.cif.gz | 20.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7rea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7rea | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7re4C 7redSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25128.086 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii NIPH 201 (bacteria) Gene: F922_02812 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: N9GH75 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.5 Details: 30% (w/v) PEG8K, 0.1M sodium acetate pH 4.5, 0.2 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 105 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08B1-1 / Wavelength: 0.9789 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jul 19, 2016 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9789 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.49→37.57 Å / Num. obs: 35995 / % possible obs: 99.99 % / Redundancy: 14 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.43 |
Reflection shell | Resolution: 1.49→1.53 Å / Num. unique obs: 3549 / CC1/2: 0.91 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7RED Resolution: 1.49→37.566 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 15.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 53.76 Å2 / Biso mean: 12.2915 Å2 / Biso min: 3.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.49→37.566 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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